More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4916 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  82.68 
 
 
410 aa  718    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
410 aa  837    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  79.4 
 
 
403 aa  676    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  81.22 
 
 
410 aa  709    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2611  extracellular solute-binding protein family 1  35.04 
 
 
453 aa  194  2e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058641  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  31.73 
 
 
411 aa  172  1e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  32.1 
 
 
410 aa  169  6e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4930  extracellular solute-binding protein family 1  30.96 
 
 
419 aa  164  3e-39  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.265943  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2582  extracellular solute-binding protein family 1  29.18 
 
 
416 aa  150  3e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  29.7 
 
 
429 aa  150  5e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  28.67 
 
 
410 aa  149  7e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  28.67 
 
 
410 aa  149  7e-35  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  29.07 
 
 
404 aa  147  2.0000000000000003e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.36 
 
 
407 aa  143  6e-33  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 
415 aa  139  8.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  26.48 
 
 
402 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3595  extracellular solute-binding protein family 1  29.77 
 
 
428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.931004  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0729  extracellular solute-binding protein family 1  28.81 
 
 
443 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000254304  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
399 aa  130  5.0000000000000004e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  29.45 
 
 
414 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 
423 aa  127  5e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
411 aa  127  5e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0501  extracellular solute-binding protein family 1  27.88 
 
 
433 aa  127  5e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000488029  hitchhiker  0.0000184856 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27.87 
 
 
415 aa  124  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 
424 aa  123  5e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.45 
 
 
426 aa  123  5e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  26.8 
 
 
504 aa  122  1.9999999999999998e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  26.01 
 
 
423 aa  120  4.9999999999999996e-26  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0476  ABC transporter, substrate-binding protein  28 
 
 
427 aa  120  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
420 aa  120  6e-26  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0781  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 
395 aa  119  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000729506  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  27.21 
 
 
406 aa  118  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
412 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 
461 aa  117  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  26.33 
 
 
420 aa  117  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  24.94 
 
 
446 aa  117  3.9999999999999997e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0596  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
390 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  decreased coverage  0.00439649  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1614  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
391 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000159886  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1552  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 
391 aa  114  2.0000000000000002e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000398035  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01810  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.99 
 
 
415 aa  114  2.0000000000000002e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  26.97 
 
 
455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 
415 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 
430 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  24.51 
 
 
430 aa  114  4.0000000000000004e-24  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0984  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
392 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.000118485  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  28.13 
 
 
442 aa  113  7.000000000000001e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.46 
 
 
411 aa  112  8.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 
428 aa  112  8.000000000000001e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0966  extracellular solute-binding protein  26.95 
 
 
392 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000011003  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  28.43 
 
 
410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.48 
 
 
410 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  28.57 
 
 
412 aa  111  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  27.64 
 
 
430 aa  110  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  26.02 
 
 
419 aa  110  4.0000000000000004e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  26.82 
 
 
432 aa  110  4.0000000000000004e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.15 
 
 
412 aa  110  6e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  28.32 
 
 
441 aa  110  7.000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
411 aa  109  8.000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  25.47 
 
 
445 aa  108  1e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  27.76 
 
 
411 aa  109  1e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0701  extracellular solute-binding protein family 1  29.92 
 
 
432 aa  108  1e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  28.29 
 
 
412 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  28.5 
 
 
420 aa  108  2e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1020  extracellular solute-binding protein  26.13 
 
 
459 aa  107  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000124434  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  28.18 
 
 
447 aa  107  3e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 
421 aa  107  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  26.82 
 
 
445 aa  106  6e-22  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4320  extracellular solute-binding protein family 1  28.24 
 
 
425 aa  106  7e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.811375  hitchhiker  0.00841489 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
411 aa  106  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0075  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 
441 aa  106  8e-22  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  27.34 
 
 
420 aa  106  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  24.61 
 
 
444 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00380  extracellular solute-binding protein family 1  26.11 
 
 
422 aa  106  1e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
436 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  25.34 
 
 
412 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1807  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 
402 aa  105  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 
436 aa  104  3e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  26.52 
 
 
366 aa  104  3e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 
410 aa  103  4e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 
401 aa  103  4e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  26.12 
 
 
430 aa  103  5e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 
410 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1696  extracellular solute-binding protein  25.7 
 
 
436 aa  103  5e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00506774  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  25.32 
 
 
424 aa  103  7e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0721  extracellular solute-binding protein  25.34 
 
 
437 aa  103  7e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.540981  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1899  extracellular solute-binding protein, putative  26.25 
 
 
416 aa  102  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.41529  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1634  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  26.56 
 
 
416 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  29.35 
 
 
433 aa  102  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 
411 aa  102  1e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0854  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 
398 aa  101  2e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.124504  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 
456 aa  102  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  26.08 
 
 
433 aa  100  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  25.27 
 
 
431 aa  100  4e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3216  extracellular solute-binding protein  28.12 
 
 
425 aa  100  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.949389 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  23.28 
 
 
425 aa  100  4e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0289  extracellular solute-binding protein  25.29 
 
 
437 aa  100  5e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000019091  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4688  extracellular solute-binding protein family 1  27.33 
 
 
418 aa  99.8  7e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.733472 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  24.8 
 
 
446 aa  99.8  8e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
414 aa  99.8  9e-20  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
433 aa  99.4  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>