More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_1807 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013093  Amir_1807  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
402 aa  800    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 
411 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  30.55 
 
 
410 aa  135  9.999999999999999e-31  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2611  extracellular solute-binding protein family 1  28.91 
 
 
453 aa  131  3e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.058641  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6904  extracellular solute-binding protein family 1  29.44 
 
 
404 aa  129  1.0000000000000001e-28  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.000382644  hitchhiker  0.00751503 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2582  extracellular solute-binding protein family 1  30.41 
 
 
416 aa  129  1.0000000000000001e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  28.09 
 
 
410 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  27.41 
 
 
403 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  27.85 
 
 
410 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 
410 aa  114  3e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2108  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 
430 aa  107  4e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.553068 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  26.17 
 
 
431 aa  106  9e-22  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 
423 aa  103  4e-21  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1886  extracellular solute-binding protein family 1  27.25 
 
 
435 aa  103  5e-21  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.23125 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.54 
 
 
426 aa  102  1e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  27.01 
 
 
428 aa  100  3e-20  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  27.59 
 
 
430 aa  99.8  8e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3595  extracellular solute-binding protein family 1  28.84 
 
 
428 aa  99.8  8e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.931004  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00780  extracellular solute-binding protein family 1  24.72 
 
 
411 aa  99.4  1e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0480859  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0747  extracellular solute-binding protein  27.36 
 
 
433 aa  98.6  2e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190936 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0753  extracellular solute-binding protein  23.88 
 
 
429 aa  98.6  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00037903  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  28.61 
 
 
444 aa  97.8  3e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  26.68 
 
 
420 aa  97.4  3e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0803  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
433 aa  97.4  4e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.437157  normal 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  26.45 
 
 
410 aa  96.7  6e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2832  extracellular solute-binding protein family 1  29.14 
 
 
417 aa  96.7  6e-19  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  26.45 
 
 
410 aa  96.7  6e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  26.7 
 
 
432 aa  96.3  8e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.82 
 
 
407 aa  94.4  3e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 
455 aa  94  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  23.47 
 
 
414 aa  93.6  6e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  26.14 
 
 
461 aa  93.2  7e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  27 
 
 
415 aa  91.7  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3538  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  27.56 
 
 
406 aa  90.5  4e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.385239  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4930  extracellular solute-binding protein family 1  28.65 
 
 
419 aa  90.1  6e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.265943  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  24.8 
 
 
399 aa  89.4  1e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  27.16 
 
 
411 aa  88.6  2e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  26.9 
 
 
411 aa  88.2  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  25.46 
 
 
410 aa  87.4  4e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5698  extracellular solute-binding protein family 1  22.85 
 
 
412 aa  86.3  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.145305  normal  0.141272 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4644  extracellular solute-binding protein  22.95 
 
 
409 aa  86.7  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0265502  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 
428 aa  85.5  0.000000000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 
436 aa  85.9  0.000000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3430  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 
415 aa  85.9  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3771  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 
421 aa  85.1  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 
410 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 
415 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.37 
 
 
410 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 
449 aa  84.7  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.3 
 
 
420 aa  84.3  0.000000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4697  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 
442 aa  84.3  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00367387  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 
424 aa  83.2  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  25.44 
 
 
446 aa  83.2  0.000000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0203  extracellular solute-binding protein family 1  28.43 
 
 
441 aa  82.8  0.000000000000009  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.346278  normal  0.123927 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4320  extracellular solute-binding protein family 1  26.9 
 
 
425 aa  82  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.811375  hitchhiker  0.00841489 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  23.89 
 
 
445 aa  82  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  26.05 
 
 
423 aa  81.6  0.00000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3394  ABC-type sugar transport systems permease component  25.8 
 
 
411 aa  81.3  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.498756  normal  0.24931 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 
425 aa  81.3  0.00000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1090  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 
436 aa  81.3  0.00000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.667729  normal  0.0232634 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2958  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 
410 aa  81.3  0.00000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.347864  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1522  extracellular solute-binding protein family 1  27.01 
 
 
421 aa  80.9  0.00000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.569671  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  23.36 
 
 
434 aa  80.5  0.00000000000005  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27 
 
 
419 aa  80.1  0.00000000000006  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  27.36 
 
 
445 aa  80.1  0.00000000000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01810  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.55 
 
 
415 aa  80.1  0.00000000000006  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0069  twin-arginine translocation pathway signal  25.5 
 
 
432 aa  80.1  0.00000000000007  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  29.34 
 
 
420 aa  79.7  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  24.55 
 
 
411 aa  79.7  0.00000000000008  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  24.52 
 
 
414 aa  79.7  0.00000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20470  extracellular solute-binding protein family 1  23.54 
 
 
406 aa  79  0.0000000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000403753  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  24.46 
 
 
402 aa  79  0.0000000000001  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  26.63 
 
 
456 aa  78.2  0.0000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 
415 aa  78.6  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  28.1 
 
 
423 aa  79  0.0000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4988  extracellular solute-binding protein  26.59 
 
 
414 aa  78.2  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.601947  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1698  extracellular solute-binding protein family 1  28.05 
 
 
447 aa  77  0.0000000000005  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1262  extracellular solute-binding protein  22.74 
 
 
408 aa  77  0.0000000000005  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.953049  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 
414 aa  77  0.0000000000005  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1321  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 
410 aa  76.6  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4563  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
439 aa  76.3  0.0000000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00880  ABC transporter sugar binding protein  24.57 
 
 
440 aa  76.3  0.0000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.106592  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1607  ABC transporter sugar-binding protein  24.52 
 
 
430 aa  76.3  0.0000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1550  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 
430 aa  75.5  0.000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0045  extracellular solute-binding protein family 1  24.5 
 
 
414 aa  75.9  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.713374  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23010  extracellular solute-binding protein family 1  24.02 
 
 
436 aa  75.5  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000978171  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0348  extracellular solute-binding protein family 1  28.65 
 
 
419 aa  75.5  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
424 aa  75.1  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0508  extracellular solute-binding protein family 1  24.33 
 
 
421 aa  74.3  0.000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000506303  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
427 aa  74.7  0.000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0944  extracellular solute-binding protein family 1  23.68 
 
 
433 aa  74.7  0.000000000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal  0.322748 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  22.74 
 
 
504 aa  74.7  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2014  extracellular solute-binding protein family 1  27.08 
 
 
455 aa  74.3  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.383085  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  24.84 
 
 
420 aa  74.3  0.000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2622  extracellular solute-binding protein family 1  25.73 
 
 
437 aa  73.6  0.000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0574924  normal  0.833644 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  21.81 
 
 
410 aa  73.6  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3944  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 
464 aa  73.2  0.000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.920276  normal  0.0416082 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3988  extracellular solute-binding protein family 1  24.16 
 
 
422 aa  73.2  0.000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
431 aa  73.2  0.000000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  25.48 
 
 
425 aa  73.2  0.000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>