More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2146 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012854  Rleg_6528  extracellular solute-binding protein family 1  84.73 
 
 		 415 aa  696    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0147922 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2146  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 414 aa  840    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4159  extracellular solute-binding protein  43.07 
 
 		 421 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.119299  normal  0.873951 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3910  extracellular solute-binding protein family 1  41.5 
 
 		 412 aa  328  1.0000000000000001e-88  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3622  extracellular solute-binding protein family 1  41.3 
 
 		 412 aa  319  5e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2832  extracellular solute-binding protein family 1  36.27 
 
 		 417 aa  254  2.0000000000000002e-66  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.617934  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3842  extracellular solute-binding protein family 1  32.74 
 
 		 429 aa  233  4.0000000000000004e-60  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0316121  normal  0.0422385 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4993  extracellular solute-binding protein family 1  33.42 
 
 		 432 aa  230  4e-59  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0450999  normal  0.012477 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4147  extracellular solute-binding protein family 1  33.25 
 
 		 441 aa  199  7e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.892231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0690  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 402 aa  143  7e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.678935  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  25.28 
 
 		 414 aa  111  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4520  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 415 aa  109  8.000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  22.67 
 
 		 423 aa  108  1e-22  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3146  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 424 aa  107  4e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0629231  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1680  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 		 430 aa  105  1e-21  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.173253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0118  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0116  extracellular solute-binding protein  26.44 
 
 		 420 aa  105  2e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3422  ABC-type sugar transport systems permease component  22.86 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19770  extracellular solute-binding protein family 1  24.33 
 
 		 423 aa  102  1e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3226  Transcriptional regulator  22.86 
 
 		 410 aa  102  1e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.101031  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0748  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein, putative  26.59 
 
 		 411 aa  99  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.537127  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11620  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.71 
 
 		 426 aa  99.4  1e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 		 436 aa  97.4  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.73 
 
 		 407 aa  97.4  4e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3895  extracellular solute-binding protein  25.87 
 
 		 411 aa  97.1  5e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1484  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 		 444 aa  95.9  1e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000980441  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0698  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.86 
 
 		 366 aa  95.1  2e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436581  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  30.55 
 
 		 411 aa  91.7  2e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0446  extracellular solute-binding protein family 1  26.39 
 
 		 424 aa  91.7  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.900099  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  30.55 
 
 		 411 aa  91.3  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0954  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 399 aa  90.9  4e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0450213  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 466 aa  90.5  5e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0829  extracellular solute-binding protein family 1  25.72 
 
 		 504 aa  90.1  7e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3709  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 437 aa  89.7  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4016  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.1 
 
 		 437 aa  89.7  8e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3575  carbohydrate ABC transporter periplasmic-binding protein  26.1 
 
 		 437 aa  89.7  8e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2714  extracellular solute-binding protein family 1  28.52 
 
 		 414 aa  89  1e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.36636  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5802  extracellular solute-binding protein family 1  22.32 
 
 		 444 aa  89.4  1e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0809589 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2315  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 455 aa  89  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.271919 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1696  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 436 aa  89  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00506774  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0910  extracellular solute-binding protein family 1  30.53 
 
 		 466 aa  88.6  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.764586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3572  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 		 427 aa  87.8  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.405751  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06340  maltose-binding periplasmic protein  28.2 
 
 		 409 aa  87  6e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.211092  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1941  sugar ABC transporter, sugar-binding protein, putative  25.28 
 
 		 434 aa  85.5  0.000000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4644  extracellular solute-binding protein  28.9 
 
 		 409 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0265502  normal  0.0904039 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  25.79 
 
 		 420 aa  85.5  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0523  extracellular solute-binding protein  24.49 
 
 		 416 aa  85.5  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4693  extracellular solute-binding protein family 1  29.36 
 
 		 457 aa  85.5  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.363745 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0063  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 		 475 aa  84.3  0.000000000000003  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1105  extracellular solute-binding protein family 1  25.67 
 
 		 443 aa  84.3  0.000000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.698754  normal  0.0706181 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.9 
 
 		 419 aa  84.3  0.000000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.033461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0385  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 		 410 aa  84.3  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0390662 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.62 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5687  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 401 aa  83.2  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.627079  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1609  ABC-type sugar transport system periplasmic component  27.36 
 
 		 557 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.051709  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3983  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 456 aa  82.4  0.00000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2294  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 		 448 aa  82.8  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3121  extracellular solute-binding protein family 1  26.26 
 
 		 445 aa  82  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00116931 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6631  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 410 aa  81.6  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.325237 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15560  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 		 418 aa  81.3  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6732  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 		 425 aa  81.6  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.255639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3465  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 411 aa  80.9  0.00000000000004  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1420  extracellular solute-binding protein  22.8 
 
 		 424 aa  80.9  0.00000000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.979516  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3339  Maltose-binding periplasmic protein/domains- like protein  23.5 
 
 		 431 aa  80.5  0.00000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.202326 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0687  extracellular solute-binding protein  24.61 
 
 		 407 aa  80.5  0.00000000000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.376534  normal  0.15795 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1708  extracellular solute-binding protein family 1  25.3 
 
 		 458 aa  80.1  0.00000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.190784  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5398  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  23.21 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.14652  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_21150  carbohydrate-binding protein  26.83 
 
 		 428 aa  79.7  0.00000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.396929  normal  0.174783 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_02930  carbohydrate-binding protein  25.56 
 
 		 426 aa  79  0.0000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4930  extracellular solute-binding protein family 1  28.15 
 
 		 419 aa  79.3  0.0000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.265943  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1099  extracellular solute-binding protein  26.3 
 
 		 457 aa  78.2  0.0000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6240  ABC transporter substrate binding protein (maltose)  28.14 
 
 		 407 aa  78.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0994607  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1522  extracellular solute-binding protein family 1  25.16 
 
 		 421 aa  79  0.0000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.569671  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2511  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  25.57 
 
 		 425 aa  77.8  0.0000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.98381  normal  0.711564 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20470  extracellular solute-binding protein family 1  22.71 
 
 		 406 aa  78.2  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000403753  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  24.08 
 
 		 410 aa  77.8  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0753  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 437 aa  78.2  0.0000000000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1895  extracellular solute-binding protein  25.86 
 
 		 445 aa  78.2  0.0000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.854658  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4883  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.37 
 
 		 417 aa  77.8  0.0000000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.134037  normal  0.0630481 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  23.01 
 
 		 410 aa  77.4  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0514  extracellular solute-binding protein family 1  26.65 
 
 		 426 aa  77  0.0000000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1229  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 		 461 aa  77  0.0000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0257979  normal  0.868479 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  26.85 
 
 		 411 aa  77.4  0.0000000000005  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2526  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 		 520 aa  77  0.0000000000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000430481  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  23.7 
 
 		 422 aa  76.6  0.0000000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1748  extracellular solute-binding protein  24.28 
 
 		 481 aa  76.6  0.0000000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.922527  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1392  extracellular solute-binding protein family 1  24.05 
 
 		 445 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 455 aa  75.5  0.000000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6751  extracellular solute-binding protein family 1  25.45 
 
 		 441 aa  75.5  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0508  extracellular solute-binding protein family 1  23.26 
 
 		 514 aa  75.9  0.000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3957  extracellular solute-binding protein family 1  23.22 
 
 		 432 aa  75.9  0.000000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2417  transcriptional regulator, ABC transporter  24.78 
 
 		 421 aa  75.1  0.000000000002  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.0335393 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0922  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.42 
 
 		 447 aa  74.7  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.755265  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4863  extracellular solute-binding protein family 1  23.47 
 
 		 492 aa  75.1  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.426159 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5306  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 		 431 aa  75.5  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.457023 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 		 414 aa  75.5  0.000000000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2758  extracellular solute-binding protein family 1  26.89 
 
 		 423 aa  74.7  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.736779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  24.69 
 
 		 439 aa  74.7  0.000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4022  extracellular solute-binding protein  24.5 
 
 		 431 aa  74.3  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>