More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4017 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 435 aa  884    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  32.91 
 
 		 495 aa  191  2e-47  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  30.26 
 
 		 435 aa  174  2.9999999999999996e-42  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  29.38 
 
 		 444 aa  167  2.9999999999999998e-40  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 		 422 aa  165  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 		 451 aa  160  5e-38  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  31.7 
 
 		 427 aa  160  5e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  28.47 
 
 		 420 aa  158  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  28.04 
 
 		 424 aa  157  3e-37  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  29.77 
 
 		 434 aa  155  1e-36  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  27.08 
 
 		 441 aa  155  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 441 aa  155  1e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  27.4 
 
 		 424 aa  152  1e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.62 
 
 		 426 aa  149  9e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  30.57 
 
 		 434 aa  149  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  27.76 
 
 		 442 aa  147  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  27.4 
 
 		 441 aa  144  3e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  28.39 
 
 		 419 aa  144  4e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  31.91 
 
 		 441 aa  142  8e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  29.87 
 
 		 451 aa  142  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 435 aa  141  1.9999999999999998e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  32.37 
 
 		 448 aa  140  3e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  30.29 
 
 		 434 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  29.86 
 
 		 433 aa  140  4.999999999999999e-32  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  30.35 
 
 		 428 aa  140  7e-32  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 435 aa  138  2e-31  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 		 431 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.67 
 
 		 438 aa  133  6.999999999999999e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  29.14 
 
 		 439 aa  131  2.0000000000000002e-29  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.39 
 
 		 435 aa  130  4.0000000000000003e-29  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  30.25 
 
 		 432 aa  130  4.0000000000000003e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  25.82 
 
 		 434 aa  129  1.0000000000000001e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  30.46 
 
 		 429 aa  128  2.0000000000000002e-28  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  30.66 
 
 		 442 aa  127  4.0000000000000003e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1136  extracellular solute-binding protein family 1  25.07 
 
 		 431 aa  126  8.000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  28.06 
 
 		 439 aa  125  1e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  24.3 
 
 		 468 aa  125  2e-27  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  31.52 
 
 		 441 aa  124  4e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 419 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  30.91 
 
 		 419 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 		 424 aa  120  3e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  30.56 
 
 		 427 aa  120  6e-26  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  29.88 
 
 		 431 aa  119  9.999999999999999e-26  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 420 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  29.03 
 
 		 428 aa  118  1.9999999999999998e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  29.48 
 
 		 420 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.81 
 
 		 434 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 		 417 aa  118  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  28.61 
 
 		 410 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  29.69 
 
 		 419 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  29.64 
 
 		 419 aa  116  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  27.22 
 
 		 431 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  28.86 
 
 		 413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  28.57 
 
 		 427 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  28.86 
 
 		 399 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  26.22 
 
 		 446 aa  115  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  31.02 
 
 		 445 aa  114  3e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  26.94 
 
 		 434 aa  112  1.0000000000000001e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  29.01 
 
 		 436 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0185  extracellular solute-binding protein family 1  28.33 
 
 		 436 aa  111  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.515223  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  29.05 
 
 		 437 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2502  extracellular solute-binding protein family 1  27.43 
 
 		 493 aa  110  4.0000000000000004e-23  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  28.18 
 
 		 421 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  28.53 
 
 		 417 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  29.47 
 
 		 412 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 412 aa  108  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 		 412 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  28.91 
 
 		 414 aa  107  3e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  28.3 
 
 		 445 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  28.72 
 
 		 422 aa  105  2e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  25.35 
 
 		 427 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 		 455 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4454  extracellular solute-binding protein family 1  27.11 
 
 		 466 aa  103  6e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  25.97 
 
 		 435 aa  103  7e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1941  extracellular solute-binding protein family 1  25.86 
 
 		 487 aa  102  1e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.948884  normal  0.342758 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0556  ABC transporter, solute-binding protein  26.91 
 
 		 461 aa  102  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  25.84 
 
 		 423 aa  102  2e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  27.45 
 
 		 444 aa  100  4e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 408 aa  100  4e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.6 
 
 		 380 aa  100  4e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2590  extracellular solute-binding protein family 1  27.65 
 
 		 464 aa  100  5e-20  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  25.38 
 
 		 408 aa  100  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0540  ABC transporter, substrate-binding protein  25.45 
 
 		 461 aa  99  1e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2754  extracellular solute-binding protein family 1  27.98 
 
 		 443 aa  98.6  2e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4033  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 		 429 aa  98.6  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 417 aa  97.4  4e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2115  extracellular solute-binding protein family 1  25.39 
 
 		 432 aa  96.7  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.845793  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 440 aa  96.3  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  27.37 
 
 		 424 aa  95.5  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4662  extracellular solute-binding protein family 1  27.23 
 
 		 417 aa  95.1  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917353 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0059  extracellular solute-binding protein  24.47 
 
 		 439 aa  94  5e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2337  ABC-type glucosylglycerol transport system substrate-binding protein  30.6 
 
 		 448 aa  93.6  6e-18  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.176838  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  28.44 
 
 		 441 aa  93.2  7e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  27.22 
 
 		 414 aa  92.4  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1792  extracellular solute-binding protein  30.17 
 
 		 462 aa  92.4  1e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 		 424 aa  92  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  23.64 
 
 		 408 aa  90.9  4e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  24.65 
 
 		 415 aa  90.5  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2983  extracellular solute-binding protein  27.62 
 
 		 467 aa  90.1  7e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.105062 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>