More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_11540 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  100 
 
 		 428 aa  860    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  70.77 
 
 		 434 aa  620  1e-176  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  68.6 
 
 		 431 aa  605  9.999999999999999e-173  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  67.05 
 
 		 433 aa  595  1e-169  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0185  extracellular solute-binding protein family 1  52.04 
 
 		 436 aa  423  1e-117  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.515223  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  45.77 
 
 		 427 aa  366  1e-100  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  47.19 
 
 		 429 aa  362  6e-99  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  44.5 
 
 		 424 aa  354  2e-96  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  45.48 
 
 		 427 aa  354  2e-96  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  43.38 
 
 		 435 aa  349  6e-95  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  43.44 
 
 		 441 aa  336  3.9999999999999995e-91  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  38.79 
 
 		 432 aa  311  1e-83  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  37.93 
 
 		 495 aa  278  9e-74  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2754  extracellular solute-binding protein family 1  40.95 
 
 		 443 aa  270  2.9999999999999997e-71  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  37.63 
 
 		 427 aa  254  3e-66  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  32.99 
 
 		 431 aa  219  8.999999999999998e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 435 aa  209  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  33.5 
 
 		 434 aa  207  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  34.29 
 
 		 434 aa  207  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  32.9 
 
 		 419 aa  205  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  29.37 
 
 		 420 aa  179  1e-43  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  26.65 
 
 		 435 aa  148  1.0000000000000001e-34  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  30.35 
 
 		 435 aa  140  6e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 422 aa  139  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  27.72 
 
 		 451 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  25.4 
 
 		 441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 		 441 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  27.52 
 
 		 424 aa  126  6e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 451 aa  125  1e-27  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  31.31 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.41 
 
 		 438 aa  119  9.999999999999999e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.31 
 
 		 435 aa  119  9.999999999999999e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  28.5 
 
 		 442 aa  114  3e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  26.02 
 
 		 441 aa  113  5e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1136  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 431 aa  113  6e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 		 448 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  26.68 
 
 		 442 aa  109  1e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  25.39 
 
 		 434 aa  107  4e-22  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.03 
 
 		 426 aa  106  1e-21  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 		 444 aa  102  2e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  22.97 
 
 		 424 aa  101  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  27.44 
 
 		 413 aa  100  4e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  27.44 
 
 		 399 aa  100  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 		 424 aa  97.1  5e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  24.11 
 
 		 437 aa  97.1  6e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  29.7 
 
 		 441 aa  97.1  6e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  27.94 
 
 		 428 aa  94.7  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 408 aa  94.4  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  26.41 
 
 		 470 aa  91.7  2e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  23.96 
 
 		 439 aa  92  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25.92 
 
 		 436 aa  91.3  3e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  31.63 
 
 		 459 aa  91.3  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  24.36 
 
 		 417 aa  90.5  5e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  26.53 
 
 		 408 aa  90.5  5e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 		 423 aa  90.5  6e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0420  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  26.11 
 
 		 410 aa  90.5  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 		 445 aa  90.1  6e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  31.21 
 
 		 423 aa  90.1  7e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 427 aa  88.6  2e-16  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  25.95 
 
 		 439 aa  88.2  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  28.96 
 
 		 412 aa  88.2  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  27.57 
 
 		 444 aa  87.4  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  28.19 
 
 		 412 aa  86.7  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  25.93 
 
 		 422 aa  86.3  9e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 		 412 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  28.2 
 
 		 412 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  32.84 
 
 		 424 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  27.93 
 
 		 445 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  27.71 
 
 		 445 aa  84.7  0.000000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4057  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 		 410 aa  84.3  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  27.13 
 
 		 429 aa  83.2  0.000000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7208  extracellular solute-binding protein family 1  25.66 
 
 		 410 aa  83.2  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  25.48 
 
 		 433 aa  83.2  0.000000000000008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6971  extracellular solute-binding protein family 1  25.64 
 
 		 431 aa  81.3  0.00000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.487837  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  31.65 
 
 		 444 aa  81.3  0.00000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  26.24 
 
 		 417 aa  81.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1243  extracellular solute-binding protein  24.39 
 
 		 444 aa  80.9  0.00000000000004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3815  extracellular solute-binding protein  27.68 
 
 		 440 aa  80.9  0.00000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.725217  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2646  extracellular solute-binding protein family 1  26.82 
 
 		 419 aa  80.5  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0628324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  31.84 
 
 		 424 aa  80.5  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 420 aa  80.5  0.00000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  27.52 
 
 		 417 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 421 aa  79.7  0.00000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  25.07 
 
 		 417 aa  79.3  0.0000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  24.78 
 
 		 434 aa  79.7  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  31.32 
 
 		 452 aa  79.3  0.0000000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  29.29 
 
 		 466 aa  79.3  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 		 419 aa  78.2  0.0000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  25.06 
 
 		 428 aa  78.2  0.0000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3858  extracellular solute-binding protein  27.5 
 
 		 449 aa  77.4  0.0000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000022263  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6265  extracellular solute-binding protein family 1  27.19 
 
 		 443 aa  77.4  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4662  extracellular solute-binding protein family 1  27.18 
 
 		 417 aa  77.4  0.0000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917353 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 		 446 aa  77  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0059  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 		 439 aa  77  0.0000000000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1963  extracellular solute-binding protein family 1  24.38 
 
 		 449 aa  76.3  0.0000000000009  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.734467  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  24.68 
 
 		 425 aa  75.9  0.000000000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2906  extracellular solute-binding protein family 1  25.66 
 
 		 419 aa  75.5  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194008  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 420 aa  75.5  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.28 
 
 		 441 aa  75.5  0.000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>