More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5736 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  100 
 
 		 410 aa  843    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  56.37 
 
 		 414 aa  486  1e-136  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  57.97 
 
 		 413 aa  480  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  57.97 
 
 		 399 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  56.33 
 
 		 408 aa  464  1e-129  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  53.66 
 
 		 408 aa  461  9.999999999999999e-129  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  52.22 
 
 		 417 aa  450  1e-125  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  48.88 
 
 		 420 aa  411  1e-113  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  44.56 
 
 		 417 aa  344  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  45.15 
 
 		 419 aa  344  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 		 421 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  45.11 
 
 		 420 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  45.11 
 
 		 420 aa  342  5e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  45.13 
 
 		 419 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  44.87 
 
 		 419 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  45.38 
 
 		 419 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  43.41 
 
 		 417 aa  333  2e-90  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  41.35 
 
 		 422 aa  327  2.0000000000000001e-88  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  42.09 
 
 		 424 aa  320  1.9999999999999998e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  41.84 
 
 		 424 aa  320  3e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  41.41 
 
 		 408 aa  309  4e-83  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  42.32 
 
 		 412 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  40.97 
 
 		 412 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  40.97 
 
 		 412 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  39.4 
 
 		 380 aa  302  8.000000000000001e-81  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  41.51 
 
 		 412 aa  300  2e-80  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  35.83 
 
 		 414 aa  263  3e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  33.57 
 
 		 432 aa  226  4e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  30.2 
 
 		 441 aa  207  3e-52  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  30.69 
 
 		 446 aa  206  8e-52  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 445 aa  184  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  28.39 
 
 		 438 aa  181  2.9999999999999997e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  31.13 
 
 		 445 aa  174  1.9999999999999998e-42  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  32 
 
 		 445 aa  173  5.999999999999999e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  28.61 
 
 		 427 aa  157  3e-37  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 		 631 aa  144  3e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 		 419 aa  142  8e-33  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  0.0000395876 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  30.42 
 
 		 431 aa  128  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  27.95 
 
 		 441 aa  124  3e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  29.86 
 
 		 414 aa  123  5e-27  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  27.65 
 
 		 441 aa  122  9e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  31.31 
 
 		 428 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 441 aa  120  4.9999999999999996e-26  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  28.45 
 
 		 427 aa  119  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  29.45 
 
 		 434 aa  119  9e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  26.49 
 
 		 495 aa  119  9.999999999999999e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  28.81 
 
 		 424 aa  118  1.9999999999999998e-25  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  28.43 
 
 		 441 aa  118  1.9999999999999998e-25  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  28.61 
 
 		 435 aa  117  3.9999999999999997e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 		 448 aa  115  1.0000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.67 
 
 		 458 aa  114  3e-24  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.197851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  26.22 
 
 		 420 aa  114  4.0000000000000004e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  28.05 
 
 		 422 aa  113  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  29.5 
 
 		 429 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  27.2 
 
 		 434 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  26.65 
 
 		 434 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  26.05 
 
 		 434 aa  110  6e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 		 423 aa  107  4e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  26.53 
 
 		 424 aa  106  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2265  extracellular solute-binding protein family 1  26.93 
 
 		 418 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2466  extracellular solute-binding protein family 1  28.83 
 
 		 415 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0930087 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  24.55 
 
 		 424 aa  104  2e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  26.6 
 
 		 441 aa  104  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  23.9 
 
 		 442 aa  103  5e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  25.9 
 
 		 442 aa  103  6e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  28.48 
 
 		 429 aa  102  1e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 		 452 aa  101  2e-20  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  25.53 
 
 		 437 aa  101  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.06 
 
 		 438 aa  100  3e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  25 
 
 		 436 aa  100  4e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  26.51 
 
 		 415 aa  100  4e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  25.58 
 
 		 468 aa  100  4e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 		 435 aa  100  5e-20  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  23.68 
 
 		 452 aa  100  5e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  26.15 
 
 		 415 aa  100  7e-20  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  27.33 
 
 		 431 aa  99.8  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 		 435 aa  98.6  2e-19  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  28.2 
 
 		 433 aa  98.2  2e-19  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  25.97 
 
 		 427 aa  97.4  4e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.68 
 
 		 435 aa  97.1  5e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  25.73 
 
 		 451 aa  96.7  7e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  29.43 
 
 		 433 aa  96.3  9e-19  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  27.39 
 
 		 433 aa  95.5  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  25.86 
 
 		 415 aa  95.5  2e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 427 aa  93.2  7e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 		 434 aa  93.2  7e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  24.2 
 
 		 419 aa  93.2  7e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 		 423 aa  92.8  1e-17  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  27.01 
 
 		 432 aa  92.8  1e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  25.77 
 
 		 434 aa  92  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  24.11 
 
 		 432 aa  92  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  24.67 
 
 		 451 aa  91.7  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4425  extracellular solute-binding protein family 1  27.52 
 
 		 446 aa  91.7  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.446855  normal  0.265456 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 		 412 aa  91.3  3e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  25.91 
 
 		 434 aa  90.9  3e-17  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  23.8 
 
 		 435 aa  90.5  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  27.38 
 
 		 470 aa  90.5  5e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 		 425 aa  90.1  6e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  26.76 
 
 		 419 aa  90.1  6e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 		 432 aa  89.7  8e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>