200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3985 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 631 aa  1302    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  28.42 
 
 		 414 aa  177  6e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.42 
 
 		 380 aa  169  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  26.08 
 
 		 408 aa  151  3e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 408 aa  151  3e-35  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  26.42 
 
 		 417 aa  150  9e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  26.43 
 
 		 413 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  26.43 
 
 		 399 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  27.25 
 
 		 410 aa  144  5e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  25.65 
 
 		 417 aa  140  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  24.13 
 
 		 408 aa  140  7e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  27.88 
 
 		 422 aa  135  1.9999999999999998e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 412 aa  134  6e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 412 aa  134  6e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 		 412 aa  133  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  26.46 
 
 		 412 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 420 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 420 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 419 aa  131  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 419 aa  130  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  24.93 
 
 		 419 aa  130  8.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  24.86 
 
 		 421 aa  128  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  24.73 
 
 		 419 aa  127  7e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  24.51 
 
 		 420 aa  119  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  22.41 
 
 		 417 aa  117  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  25.85 
 
 		 441 aa  117  8.999999999999998e-25  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  25.27 
 
 		 424 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  27.87 
 
 		 445 aa  115  4.0000000000000004e-24  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 424 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  24.34 
 
 		 414 aa  112  2.0000000000000002e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  25.45 
 
 		 445 aa  106  1e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  23.72 
 
 		 432 aa  105  3e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  23.4 
 
 		 446 aa  99.8  1e-19  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  23.21 
 
 		 427 aa  99  3e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  23.98 
 
 		 445 aa  92.4  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  23.49 
 
 		 438 aa  88.2  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 		 427 aa  86.3  0.000000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.41 
 
 		 435 aa  82  0.00000000000003  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  25.26 
 
 		 435 aa  79  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.32 
 
 		 438 aa  76.3  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  25.79 
 
 		 434 aa  75.5  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  26.51 
 
 		 434 aa  74.7  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  24.55 
 
 		 424 aa  73.9  0.000000000008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 435 aa  73.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  25.21 
 
 		 434 aa  72.4  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 		 448 aa  71.2  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  24.06 
 
 		 414 aa  66.6  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  22.27 
 
 		 434 aa  65.9  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  24.32 
 
 		 442 aa  65.1  0.000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  23.32 
 
 		 419 aa  64.3  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  24.12 
 
 		 431 aa  63.9  0.000000009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  21.25 
 
 		 441 aa  63.5  0.00000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  22.39 
 
 		 431 aa  62.4  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0115  extracellular solute-binding protein family 1  24.52 
 
 		 478 aa  62.4  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.132691  normal  0.193469 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  23.38 
 
 		 420 aa  62  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 		 429 aa  61.6  0.00000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  21.69 
 
 		 441 aa  60.8  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0809  hypothetical protein  23.79 
 
 		 237 aa  60.1  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  23.44 
 
 		 495 aa  59.3  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  23.18 
 
 		 422 aa  58.9  0.0000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  26.3 
 
 		 428 aa  59.3  0.0000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  23.02 
 
 		 441 aa  59.3  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  23.79 
 
 		 432 aa  59.3  0.0000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  23.84 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  22.77 
 
 		 433 aa  58.5  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  22.14 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6532  extracellular solute-binding protein family 1  23.35 
 
 		 427 aa  58.2  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0178193 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  24.73 
 
 		 428 aa  58.2  0.0000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  24.53 
 
 		 466 aa  57.8  0.0000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  0.0000395876 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  20.55 
 
 		 470 aa  57.8  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  21.76 
 
 		 428 aa  57  0.000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  32.95 
 
 		 468 aa  56.6  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3207  extracellular solute-binding protein  27.85 
 
 		 467 aa  56.6  0.000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  23.79 
 
 		 427 aa  55.8  0.000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5608  extracellular solute-binding protein family 1  22.96 
 
 		 427 aa  55.1  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.959607  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 425 aa  54.7  0.000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 425 aa  54.7  0.000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  33.04 
 
 		 439 aa  54.3  0.000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  20.85 
 
 		 439 aa  54.7  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  27.66 
 
 		 451 aa  54.3  0.000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4033  extracellular solute-binding protein  33.94 
 
 		 429 aa  54.3  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  24.59 
 
 		 452 aa  53.9  0.000008  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 422 aa  53.9  0.000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  29.58 
 
 		 402 aa  53.9  0.000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 		 416 aa  53.1  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  26.36 
 
 		 420 aa  53.1  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  40 
 
 		 423 aa  53.1  0.00002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2472  extracellular solute-binding protein  32.73 
 
 		 419 aa  52.8  0.00002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  26.34 
 
 		 414 aa  53.1  0.00002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2983  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 467 aa  52.8  0.00002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.105062 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1485  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  36.23 
 
 		 429 aa  52.4  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  21.28 
 
 		 427 aa  52.8  0.00002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  24.48 
 
 		 418 aa  52.8  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  25.58 
 
 		 429 aa  52.8  0.00002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  27.91 
 
 		 417 aa  52  0.00003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1941  extracellular solute-binding protein family 1  24.54 
 
 		 487 aa  52.4  0.00003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.948884  normal  0.342758 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 435 aa  52  0.00003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  26.23 
 
 		 417 aa  52  0.00004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3613  extracellular solute-binding protein family 1  22.36 
 
 		 429 aa  51.6  0.00004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.249837  normal  0.747368 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>