More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3483 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 417 aa  862    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  72.88 
 
 		 414 aa  632  1e-180  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  69 
 
 		 420 aa  573  1.0000000000000001e-162  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  52.22 
 
 		 410 aa  450  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  49.88 
 
 		 408 aa  425  1e-118  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  48.77 
 
 		 408 aa  412  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  44.84 
 
 		 413 aa  371  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  46.39 
 
 		 399 aa  369  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  40.05 
 
 		 417 aa  317  3e-85  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  41.29 
 
 		 419 aa  316  6e-85  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  41.09 
 
 		 420 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  41.09 
 
 		 420 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  41.43 
 
 		 419 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  40.05 
 
 		 417 aa  311  2e-83  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  40.92 
 
 		 419 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  41.18 
 
 		 419 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  40.15 
 
 		 421 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  40.25 
 
 		 422 aa  297  2e-79  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  40.46 
 
 		 408 aa  294  2e-78  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  37.16 
 
 		 412 aa  274  3e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  37.16 
 
 		 412 aa  274  3e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  37.34 
 
 		 412 aa  271  2e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  37.08 
 
 		 412 aa  270  4e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  36.97 
 
 		 424 aa  266  7e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  36.49 
 
 		 424 aa  258  1e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.77 
 
 		 380 aa  256  4e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  31.51 
 
 		 414 aa  224  2e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3469  extracellular solute-binding protein family 1  29.93 
 
 		 446 aa  190  5e-47  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  31.66 
 
 		 441 aa  189  7e-47  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0616  extracellular solute-binding protein family 1  29.5 
 
 		 432 aa  183  6e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1001  extracellular solute-binding protein family 1  30.6 
 
 		 427 aa  179  5.999999999999999e-44  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.628257  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4906  extracellular solute-binding protein family 1  29.12 
 
 		 438 aa  167  2.9999999999999998e-40  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.507884  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7922  extracellular solute-binding protein family 1  30.6 
 
 		 445 aa  160  5e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  27.98 
 
 		 445 aa  152  1e-35  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  29.59 
 
 		 445 aa  147  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  22.41 
 
 		 631 aa  117  3e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  23.36 
 
 		 441 aa  110  5e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  26.79 
 
 		 441 aa  103  4e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  23.24 
 
 		 495 aa  103  7e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2265  extracellular solute-binding protein family 1  25.65 
 
 		 418 aa  99.4  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2999  extracellular solute-binding protein  25.63 
 
 		 419 aa  99  1e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.662901  hitchhiker  0.0000395876 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  24.04 
 
 		 419 aa  95.1  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  25.99 
 
 		 427 aa  95.5  2e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 		 448 aa  94.7  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  23.72 
 
 		 434 aa  94.7  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  25.21 
 
 		 424 aa  93.2  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  26.84 
 
 		 417 aa  89.7  9e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.21 
 
 		 427 aa  87.4  4e-16  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4662  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 		 417 aa  87  5e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917353 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 415 aa  87  6e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  22.83 
 
 		 414 aa  86.7  7e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  24.66 
 
 		 434 aa  86.3  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 		 422 aa  85.5  0.000000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  24.36 
 
 		 431 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.05 
 
 		 434 aa  85.5  0.000000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  24.05 
 
 		 433 aa  85.1  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2703  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 		 423 aa  84  0.000000000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.830349  normal  0.531916 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  26.07 
 
 		 434 aa  83.6  0.000000000000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 435 aa  83.2  0.000000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5608  extracellular solute-binding protein family 1  25.99 
 
 		 427 aa  80.5  0.00000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.959607  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  24.27 
 
 		 434 aa  80.1  0.00000000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  21.23 
 
 		 435 aa  79.7  0.00000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  23.13 
 
 		 442 aa  79.3  0.0000000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  22.73 
 
 		 423 aa  79  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  21.37 
 
 		 424 aa  78.6  0.0000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  22.16 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1588  extracellular solute-binding protein  22.72 
 
 		 452 aa  78.2  0.0000000000003  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  24.78 
 
 		 441 aa  78.2  0.0000000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.07 
 
 		 428 aa  77.4  0.0000000000004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3613  extracellular solute-binding protein family 1  25.72 
 
 		 429 aa  77  0.0000000000006  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.249837  normal  0.747368 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  23.29 
 
 		 435 aa  76.6  0.0000000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6532  extracellular solute-binding protein family 1  24.81 
 
 		 427 aa  76.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0178193 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  21.73 
 
 		 432 aa  75.9  0.000000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  24.18 
 
 		 425 aa  75.9  0.000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  24.32 
 
 		 423 aa  74.7  0.000000000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  22.26 
 
 		 441 aa  74.7  0.000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  22.86 
 
 		 451 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3276  extracellular solute-binding protein family 1  22.83 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.147153  normal  0.336546 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24620  carbohydrate-binding protein  24.61 
 
 		 424 aa  72.4  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  23.06 
 
 		 429 aa  72.4  0.00000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.4 
 
 		 426 aa  72.4  0.00000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  22.19 
 
 		 442 aa  72.8  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 		 414 aa  72.4  0.00000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.08 
 
 		 435 aa  71.6  0.00000000002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  21.9 
 
 		 424 aa  71.6  0.00000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  24.09 
 
 		 432 aa  71.6  0.00000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  23.26 
 
 		 439 aa  71.6  0.00000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4289  extracellular solute-binding protein  23.5 
 
 		 466 aa  71.6  0.00000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  23.53 
 
 		 431 aa  71.2  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  23.78 
 
 		 437 aa  70.9  0.00000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  20.83 
 
 		 415 aa  70.9  0.00000000004  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  25.31 
 
 		 429 aa  70.5  0.00000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  22.56 
 
 		 436 aa  69.3  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 		 432 aa  68.9  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  23.31 
 
 		 430 aa  68.9  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  24.03 
 
 		 416 aa  68.2  0.0000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2626  extracellular solute-binding protein family 1  25.23 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0491272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7725  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.06 
 
 		 420 aa  68.2  0.0000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  20 
 
 		 468 aa  67.8  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5673  extracellular solute-binding protein family 1  21.72 
 
 		 435 aa  67.8  0.0000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0285739  normal  0.0925972 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>