More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2950 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2950  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 435 aa  885    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.110397  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1866  extracellular solute-binding protein family 1  73.3 
 
 		 434 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  72.57 
 
 		 434 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3985  putative ABC sugar transporter (substrate binding protein)  49.88 
 
 		 419 aa  415  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2762  extracellular solute-binding protein  44.6 
 
 		 431 aa  369  1e-101  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  43.24 
 
 		 427 aa  280  2e-74  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  38.48 
 
 		 495 aa  275  1.0000000000000001e-72  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2072  extracellular solute-binding protein family 1  36.19 
 
 		 431 aa  219  8.999999999999998e-56  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  decreased coverage  0.0000000238529  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  32.49 
 
 		 433 aa  210  5e-53  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  33.33 
 
 		 428 aa  209  6e-53  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2049  extracellular solute-binding protein  31.49 
 
 		 435 aa  203  4e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2719  extracellular solute-binding protein family 1  32.52 
 
 		 434 aa  201  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.233137 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  32.32 
 
 		 424 aa  198  1.0000000000000001e-49  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  32.8 
 
 		 429 aa  182  1e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3052  extracellular solute-binding protein family 1  29.91 
 
 		 427 aa  181  2e-44  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.854825  normal  0.208902 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0185  extracellular solute-binding protein family 1  31.09 
 
 		 436 aa  176  6e-43  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.515223  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0477  extracellular solute-binding protein family 1  30.03 
 
 		 432 aa  174  3.9999999999999995e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.838392  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3587  extracellular solute-binding protein family 1  30.54 
 
 		 441 aa  173  5e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.935518  normal  0.988969 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  30 
 
 		 420 aa  172  9e-42  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  29.44 
 
 		 427 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0614  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 		 435 aa  166  1.0000000000000001e-39  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0944  extracellular solute-binding protein  29.19 
 
 		 422 aa  149  1.0000000000000001e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.544942  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.87 
 
 		 426 aa  141  1.9999999999999998e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  29.1 
 
 		 435 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1133  extracellular solute-binding protein family 1  27.86 
 
 		 451 aa  138  2e-31  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  27.15 
 
 		 436 aa  137  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 		 441 aa  137  4e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1136  extracellular solute-binding protein family 1  26.52 
 
 		 431 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  27.53 
 
 		 444 aa  134  3.9999999999999996e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2754  extracellular solute-binding protein family 1  28.92 
 
 		 443 aa  133  6.999999999999999e-30  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0296  hypothetical protein  31.41 
 
 		 439 aa  132  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  26.87 
 
 		 437 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  27.97 
 
 		 448 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  31.09 
 
 		 441 aa  127  5e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.97 
 
 		 435 aa  125  1e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  29.97 
 
 		 441 aa  123  6e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  32.71 
 
 		 442 aa  122  9.999999999999999e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  27.65 
 
 		 424 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  28.53 
 
 		 441 aa  119  7e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  27.68 
 
 		 442 aa  119  9.999999999999999e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1529  extracellular solute-binding protein  25.51 
 
 		 439 aa  119  9.999999999999999e-26  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  27.2 
 
 		 438 aa  116  6.9999999999999995e-25  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  28.52 
 
 		 451 aa  116  8.999999999999998e-25  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  27.49 
 
 		 434 aa  113  7.000000000000001e-24  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  30.63 
 
 		 428 aa  107  6e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  30 
 
 		 417 aa  102  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  29.15 
 
 		 421 aa  100  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  23.76 
 
 		 424 aa  97.1  6e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  25.47 
 
 		 417 aa  96.3  9e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 420 aa  93.2  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 420 aa  93.2  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 419 aa  93.2  9e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 419 aa  93.2  9e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 		 419 aa  92.8  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  34.13 
 
 		 419 aa  92  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  23.8 
 
 		 410 aa  90.9  5e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  23.08 
 
 		 408 aa  90.1  7e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  23.33 
 
 		 408 aa  89.4  1e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  23.13 
 
 		 408 aa  88.2  3e-16  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  32.14 
 
 		 412 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  28.82 
 
 		 412 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 427 aa  84  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  31.55 
 
 		 412 aa  83.6  0.000000000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  25.2 
 
 		 422 aa  82.8  0.00000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  24.21 
 
 		 414 aa  82  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2115  extracellular solute-binding protein family 1  22.84 
 
 		 432 aa  79.3  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.845793  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  23.31 
 
 		 413 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.74 
 
 		 434 aa  79.7  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  23.31 
 
 		 399 aa  79.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3246  extracellular solute-binding protein family 1  24.47 
 
 		 443 aa  79  0.0000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.66 
 
 		 380 aa  79  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0598  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 		 446 aa  78.2  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.764573  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4425  extracellular solute-binding protein family 1  26.56 
 
 		 446 aa  77  0.0000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.446855  normal  0.265456 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  28.62 
 
 		 444 aa  76.6  0.0000000000009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3838  extracellular solute-binding protein  23.16 
 
 		 420 aa  75.1  0.000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.754768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3985  extracellular solute-binding protein  23.46 
 
 		 631 aa  73.9  0.000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0580929  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  28.2 
 
 		 432 aa  71.2  0.00000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  24.71 
 
 		 422 aa  71.6  0.00000000003  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1091  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 433 aa  70.9  0.00000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  26.61 
 
 		 431 aa  70.9  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0501  extracellular solute-binding protein family 1  26.56 
 
 		 433 aa  70.1  0.00000000007  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  decreased coverage  0.0000488029  hitchhiker  0.0000184856 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0381  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 421 aa  70.1  0.00000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4454  extracellular solute-binding protein family 1  23.66 
 
 		 466 aa  69.7  0.00000000009  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7906  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 420 aa  69.3  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.819994  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.36 
 
 		 458 aa  69.3  0.0000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.197851  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2151  extracellular solute-binding protein family 1  26.1 
 
 		 466 aa  68.6  0.0000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  27.21 
 
 		 419 aa  68.2  0.0000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_06270  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.22 
 
 		 426 aa  68.2  0.0000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 431 aa  67.8  0.0000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  24.66 
 
 		 434 aa  67  0.0000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  24.37 
 
 		 417 aa  67  0.0000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3483  extracellular solute-binding protein  23.41 
 
 		 417 aa  66.6  0.0000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1248  extracellular solute-binding protein family 1  22.14 
 
 		 414 aa  66.6  0.0000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.494424  normal  0.639356 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2267  extracellular solute-binding protein family 1  26.11 
 
 		 445 aa  65.9  0.000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00064551 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2504  extracellular solute-binding protein family 1  29.03 
 
 		 442 aa  66.2  0.000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  29.11 
 
 		 441 aa  65.1  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2201  extracellular solute-binding protein  23.56 
 
 		 420 aa  65.9  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.455559  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.12 
 
 		 441 aa  65.9  0.000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 		 433 aa  64.7  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>