More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_0556 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_0556  ABC transporter, solute-binding protein  100 
 
 		 461 aa  938    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0540  ABC transporter, substrate-binding protein  97.83 
 
 		 461 aa  917    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2102  periplasmic protein  35.29 
 
 		 447 aa  277  2e-73  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.502645  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1792  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 		 462 aa  258  2e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0573  extracellular solute-binding protein  33.98 
 
 		 460 aa  252  8.000000000000001e-66  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0145  extracellular solute-binding protein family 1  31.75 
 
 		 442 aa  234  2.0000000000000002e-60  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2047  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  29.81 
 
 		 479 aa  189  5.999999999999999e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.5548  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1941  extracellular solute-binding protein family 1  28.79 
 
 		 487 aa  175  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.948884  normal  0.342758 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2983  extracellular solute-binding protein  28.88 
 
 		 467 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.105062 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3207  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 		 467 aa  171  2e-41  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5528  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  31.08 
 
 		 485 aa  162  1e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.217643  normal  0.1595 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23850  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.99 
 
 		 484 aa  155  2e-36  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2855  extracellular solute-binding protein family 1  28.22 
 
 		 483 aa  142  9.999999999999999e-33  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.830086 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7707  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  27.94 
 
 		 485 aa  134  3.9999999999999996e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.570568 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3996  extracellular solute-binding protein family 1  29.52 
 
 		 472 aa  123  6e-27  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0734403  normal  0.950841 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 435 aa  102  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 468 aa  92.8  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  29.09 
 
 		 422 aa  89.4  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  26.48 
 
 		 417 aa  88.2  3e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3651  hypothetical protein  25 
 
 		 437 aa  87  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.943877  normal  0.0762923 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  22.58 
 
 		 470 aa  84.7  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0200  extracellular solute-binding protein family 1  27.16 
 
 		 441 aa  84.3  0.000000000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1490  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  23.85 
 
 		 442 aa  82.8  0.00000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.095095  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  28.15 
 
 		 428 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  23.48 
 
 		 423 aa  82.4  0.00000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0625  extracellular solute-binding protein family 1  25.83 
 
 		 437 aa  82  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.393195 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1492  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.68 
 
 		 441 aa  82  0.00000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_01550  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.67 
 
 		 438 aa  81.3  0.00000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2308  extracellular solute-binding protein  25.36 
 
 		 440 aa  80.1  0.00000000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000253431  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0090  extracellular solute-binding protein  28.34 
 
 		 441 aa  79.7  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.214251  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1619  putative sugar-binding lipoprotein  26.33 
 
 		 434 aa  77.8  0.0000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.195944  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2351  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 		 421 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576024  normal  0.167209 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  25.88 
 
 		 419 aa  75.1  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  25.16 
 
 		 419 aa  74.3  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1215  extracellular solute-binding protein family 1  23.11 
 
 		 446 aa  73.6  0.000000000007  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.0000064062  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4577  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 		 419 aa  73.6  0.000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00216886 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 		 420 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  25.85 
 
 		 420 aa  73.6  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2472  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 		 419 aa  73.2  0.000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3941  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.35 
 
 		 436 aa  72.4  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.487085  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23430  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.43 
 
 		 435 aa  72.8  0.00000000001  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.969599  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3534  extracellular solute-binding protein family 1  26.71 
 
 		 445 aa  72  0.00000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.582574 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 		 495 aa  72  0.00000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1705  extracellular solute-binding protein  25.4 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.751939  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  24.74 
 
 		 431 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0891  extracellular solute-binding protein family 1  23.91 
 
 		 438 aa  70.9  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.0493428 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  25.57 
 
 		 417 aa  70.9  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4454  extracellular solute-binding protein family 1  23.95 
 
 		 466 aa  70.1  0.00000000008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  23.39 
 
 		 434 aa  69.3  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00840  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  25.41 
 
 		 451 aa  69.7  0.0000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1184  ABC transporter, substrate-binding protein  23.99 
 
 		 413 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.186568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  24.17 
 
 		 441 aa  69.3  0.0000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2818  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  23.99 
 
 		 399 aa  68.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2415  extracellular solute-binding protein family 1  25.96 
 
 		 433 aa  68.6  0.0000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0101  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 438 aa  68.6  0.0000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.494877  normal  0.060225 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  23.9 
 
 		 419 aa  68.9  0.0000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1060  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.34 
 
 		 408 aa  68.2  0.0000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.065415  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  23.96 
 
 		 451 aa  68.2  0.0000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05090  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  26.02 
 
 		 430 aa  67.8  0.0000000004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2345  extracellular solute-binding protein family 1  22.15 
 
 		 424 aa  67.8  0.0000000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.822896  normal  0.413258 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  23.62 
 
 		 444 aa  67.4  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1651  extracellular solute-binding protein  27.91 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.660801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  24.7 
 
 		 441 aa  67.4  0.0000000005  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1025  extracellular solute-binding protein family 1  26.57 
 
 		 444 aa  67  0.0000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000399953  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1316  extracellular solute-binding protein  26.68 
 
 		 423 aa  65.9  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3251  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 		 428 aa  66.2  0.000000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.292164  normal  0.0559218 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2706  extracellular solute-binding protein  27.55 
 
 		 422 aa  66.2  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.5087  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  26.14 
 
 		 419 aa  65.9  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2255  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.11 
 
 		 440 aa  65.9  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.190437  normal  0.413243 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  27.27 
 
 		 444 aa  66.2  0.000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 		 411 aa  66.2  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1243  extracellular solute-binding protein  25.24 
 
 		 444 aa  66.6  0.000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  26.67 
 
 		 434 aa  65.5  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2576  extracellular solute-binding protein family 1  26.59 
 
 		 614 aa  65.5  0.000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  23.28 
 
 		 455 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 448 aa  64.7  0.000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1105  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 		 442 aa  65.1  0.000000003  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.314126  normal  0.258829 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1846  extracellular solute-binding protein family 1  26.21 
 
 		 425 aa  64.3  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.169612  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3914  extracellular solute-binding protein  25.69 
 
 		 457 aa  64.3  0.000000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313486  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1874  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  31.85 
 
 		 427 aa  64.3  0.000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0756635  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  26.13 
 
 		 411 aa  63.9  0.000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1010  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.26 
 
 		 380 aa  63.9  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.283496  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  23.72 
 
 		 454 aa  63.5  0.000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4883  extracellular solute-binding protein family 1  23.48 
 
 		 436 aa  63.5  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.504344  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14550  extracellular solute-binding protein family 1  26.43 
 
 		 432 aa  63.5  0.000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000299418  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2590  extracellular solute-binding protein family 1  24.11 
 
 		 464 aa  63.5  0.000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  27.94 
 
 		 410 aa  63.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20630  extracellular solute-binding protein family 1  22.94 
 
 		 414 aa  62.8  0.00000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1685  extracellular solute-binding protein family 1  26.47 
 
 		 434 aa  62.8  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  26.47 
 
 		 411 aa  63.2  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  25.75 
 
 		 408 aa  63.2  0.00000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3153  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 		 417 aa  62.4  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000182033  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  24.76 
 
 		 422 aa  62  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3246  extracellular solute-binding protein family 1  23.8 
 
 		 443 aa  62  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0208  putative extracellular solute-binding protein  25.94 
 
 		 458 aa  62.4  0.00000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0085185  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0972  extracellular solute-binding protein family 1  28.87 
 
 		 442 aa  62  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0353052 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13200  extracellular solute-binding protein family 1  24.46 
 
 		 424 aa  62  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2983  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 		 425 aa  62  0.00000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009939  Dgeo_2919  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.35 
 
 		 407 aa  61.6  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>