250 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2399 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  80.29 
 
 
411 aa  672    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  79.81 
 
 
411 aa  669    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  100 
 
 
411 aa  835    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  78.83 
 
 
411 aa  644    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  58.39 
 
 
418 aa  479  1e-134  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  46.81 
 
 
412 aa  337  1.9999999999999998e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  43.07 
 
 
412 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  42.72 
 
 
412 aa  327  3e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  43.78 
 
 
414 aa  322  6e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  46.3 
 
 
409 aa  305  7e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  41.16 
 
 
411 aa  300  3e-80  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  36.65 
 
 
417 aa  259  7e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  37.25 
 
 
415 aa  254  2.0000000000000002e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381076  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  39.79 
 
 
410 aa  252  7e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  37.76 
 
 
420 aa  248  2e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  37.76 
 
 
420 aa  247  2e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  37.38 
 
 
420 aa  244  3e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  38.96 
 
 
410 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  37.72 
 
 
417 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  39.3 
 
 
429 aa  242  7.999999999999999e-63  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  40.79 
 
 
416 aa  239  5e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  40.85 
 
 
414 aa  237  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  38.4 
 
 
420 aa  237  4e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  34.7 
 
 
417 aa  236  4e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  41.3 
 
 
425 aa  234  3e-60  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  39.34 
 
 
416 aa  231  1e-59  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  39.51 
 
 
421 aa  229  5e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  40.17 
 
 
421 aa  227  2e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  39.65 
 
 
414 aa  225  1e-57  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  34.74 
 
 
417 aa  224  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  36.64 
 
 
428 aa  222  9.999999999999999e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
418 aa  218  2e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  37.5 
 
 
431 aa  216  5e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  37.93 
 
 
415 aa  212  1e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  36.56 
 
 
433 aa  211  2e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  34.22 
 
 
413 aa  210  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 
415 aa  209  6e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 
415 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 
415 aa  209  8e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  36.91 
 
 
374 aa  209  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  36.87 
 
 
415 aa  209  1e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  37.3 
 
 
415 aa  209  1e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  37.29 
 
 
419 aa  208  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  36.65 
 
 
428 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  36.87 
 
 
415 aa  207  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  37.02 
 
 
419 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  36.65 
 
 
428 aa  206  6e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  37.04 
 
 
415 aa  206  7e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  36.77 
 
 
415 aa  205  1e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  37.1 
 
 
420 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  30.87 
 
 
410 aa  203  4e-51  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  36.59 
 
 
415 aa  203  4e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  36.6 
 
 
415 aa  203  6e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  37.67 
 
 
420 aa  202  7e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  38.62 
 
 
428 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  36.75 
 
 
415 aa  199  9e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  36.47 
 
 
415 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  36.47 
 
 
415 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  36.47 
 
 
415 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  36.47 
 
 
415 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  36.47 
 
 
415 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  36.47 
 
 
415 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  36.47 
 
 
415 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  35.22 
 
 
428 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  33.99 
 
 
425 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  33.99 
 
 
425 aa  194  3e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2191  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  34.05 
 
 
415 aa  192  6e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.537651  hitchhiker  0.00669154 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 
402 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  32.26 
 
 
388 aa  186  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  34.55 
 
 
415 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  30.49 
 
 
442 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  29.43 
 
 
414 aa  162  7e-39  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  32.29 
 
 
435 aa  159  9e-38  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  32.78 
 
 
454 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  31.16 
 
 
455 aa  152  1e-35  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  30.11 
 
 
432 aa  147  2.0000000000000003e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  31.48 
 
 
434 aa  143  5e-33  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  32.31 
 
 
431 aa  140  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  31.13 
 
 
428 aa  138  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2283  extracellular solute-binding protein  27.2 
 
 
456 aa  136  6.0000000000000005e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  hitchhiker  0.0000190717 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  32.42 
 
 
416 aa  136  7.000000000000001e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  27.89 
 
 
430 aa  135  9.999999999999999e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  31.93 
 
 
414 aa  134  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  32.04 
 
 
423 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  29.32 
 
 
432 aa  130  4.0000000000000003e-29  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  29.53 
 
 
414 aa  129  9.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  29.38 
 
 
425 aa  124  3e-27  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  28.36 
 
 
415 aa  124  4e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  26.74 
 
 
415 aa  120  4.9999999999999996e-26  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  30.75 
 
 
412 aa  113  6e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  29.23 
 
 
415 aa  113  7.000000000000001e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  26.35 
 
 
419 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  28.91 
 
 
412 aa  96.3  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  25.92 
 
 
410 aa  83.6  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  27.64 
 
 
433 aa  78.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4502  extracellular solute-binding protein family 1  24.45 
 
 
427 aa  75.5  0.000000000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3251  extracellular solute-binding protein family 1  33.5 
 
 
427 aa  75.1  0.000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.829082  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3573  extracellular solute-binding protein family 1  25.66 
 
 
441 aa  75.1  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.862573  normal  0.0197328 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0069  extracellular solute-binding protein family 1  26.33 
 
 
448 aa  72.8  0.00000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  25.94 
 
 
422 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>