236 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1013 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  92.74 
 
 
428 aa  758    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  84.35 
 
 
428 aa  744    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  83.53 
 
 
431 aa  717    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  85.91 
 
 
433 aa  735    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  91.12 
 
 
428 aa  751    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  93.7 
 
 
428 aa  763    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
428 aa  862    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  62.23 
 
 
417 aa  494  1e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  62.47 
 
 
420 aa  478  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  62.47 
 
 
420 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  54.14 
 
 
417 aa  436  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  53.65 
 
 
420 aa  430  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  51.67 
 
 
415 aa  425  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381076  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  51.17 
 
 
417 aa  419  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  53.73 
 
 
425 aa  409  1e-113  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  53.27 
 
 
416 aa  400  9.999999999999999e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  50.84 
 
 
429 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  51.17 
 
 
418 aa  382  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  49.52 
 
 
416 aa  381  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  46.8 
 
 
413 aa  349  5e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  52.19 
 
 
415 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  48.01 
 
 
415 aa  348  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  51.67 
 
 
415 aa  345  1e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2191  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  47.17 
 
 
415 aa  342  5.999999999999999e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.537651  hitchhiker  0.00669154 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  42 
 
 
410 aa  341  1e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  50.64 
 
 
415 aa  340  4e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  51.32 
 
 
415 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  43.19 
 
 
421 aa  337  2.9999999999999997e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  50.53 
 
 
415 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  44.57 
 
 
421 aa  336  5e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  48.13 
 
 
415 aa  335  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  43.06 
 
 
420 aa  333  3e-90  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  50.26 
 
 
415 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  50.26 
 
 
415 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  50.26 
 
 
415 aa  333  4e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  50.26 
 
 
415 aa  330  3e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  44.5 
 
 
414 aa  328  9e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 
414 aa  328  1.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
415 aa  326  4.0000000000000003e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  48.95 
 
 
415 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  48.95 
 
 
415 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  48.95 
 
 
415 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  48.95 
 
 
415 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  48.95 
 
 
415 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  48.95 
 
 
415 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  48.95 
 
 
415 aa  320  3.9999999999999996e-86  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  49.21 
 
 
415 aa  319  6e-86  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  42.66 
 
 
420 aa  311  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  42.06 
 
 
419 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  41.57 
 
 
419 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  41.96 
 
 
420 aa  307  3e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  40.81 
 
 
402 aa  277  3e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 
425 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 
425 aa  268  1e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  39.06 
 
 
411 aa  261  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  36.3 
 
 
414 aa  259  5.0000000000000005e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  34.18 
 
 
388 aa  259  7e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  35.22 
 
 
417 aa  253  7e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  38.32 
 
 
412 aa  248  1e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  38.86 
 
 
412 aa  247  3e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  38.79 
 
 
414 aa  244  3e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  37.47 
 
 
410 aa  239  9e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  32.86 
 
 
442 aa  233  4.0000000000000004e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  43.66 
 
 
409 aa  232  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  38.08 
 
 
410 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  36.5 
 
 
411 aa  220  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  36.36 
 
 
411 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  36 
 
 
411 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  34.48 
 
 
412 aa  208  2e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  32.71 
 
 
418 aa  208  2e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 
411 aa  203  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  34.81 
 
 
454 aa  188  1e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  34.69 
 
 
434 aa  181  2e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  34.86 
 
 
431 aa  179  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  32.69 
 
 
455 aa  174  2.9999999999999996e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  32.93 
 
 
435 aa  173  5e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  34.51 
 
 
428 aa  172  1e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  32.49 
 
 
432 aa  171  2e-41  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  34.05 
 
 
416 aa  164  4.0000000000000004e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  35.41 
 
 
414 aa  163  6e-39  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 
415 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  34.18 
 
 
414 aa  162  1e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  30.86 
 
 
430 aa  161  2e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  33.69 
 
 
425 aa  156  6e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
432 aa  156  8e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  30.73 
 
 
415 aa  152  8.999999999999999e-36  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  31.64 
 
 
374 aa  152  1e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2283  extracellular solute-binding protein  26.58 
 
 
456 aa  150  3e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  hitchhiker  0.0000190717 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  30.27 
 
 
415 aa  139  7e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 
412 aa  134  5e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  29.8 
 
 
423 aa  131  3e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  29.31 
 
 
412 aa  129  9.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  31.31 
 
 
419 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1813  extracellular solute-binding protein family 1  25.24 
 
 
411 aa  110  6e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1257  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
467 aa  101  2e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0862  extracellular solute-binding protein family 1  26.61 
 
 
397 aa  98.6  2e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2342  extracellular solute-binding protein  27.53 
 
 
477 aa  95.5  2e-18  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.936887  normal  0.0125511 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1824  extracellular solute-binding protein family 1  26.33 
 
 
449 aa  90.9  4e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2112  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
473 aa  89.7  9e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2520  extracellular solute-binding protein family 1  27.3 
 
 
452 aa  89.7  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.420378 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>