More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rleg_6357 on replicon NC_012854
Organism: Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  93.9 
 
 
410 aa  758    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  100 
 
 
410 aa  823    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  45.69 
 
 
411 aa  335  9e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  44.78 
 
 
412 aa  333  4e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  45.27 
 
 
412 aa  329  6e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  45.13 
 
 
414 aa  326  5e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  43.42 
 
 
409 aa  286  5e-76  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  41.27 
 
 
420 aa  263  4e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  39.24 
 
 
421 aa  263  6e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  41.27 
 
 
420 aa  262  8.999999999999999e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  39.78 
 
 
421 aa  261  2e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  39.25 
 
 
416 aa  258  1e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  40.1 
 
 
428 aa  258  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  37.1 
 
 
420 aa  254  1.0000000000000001e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  38.74 
 
 
416 aa  252  9.000000000000001e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  39.24 
 
 
411 aa  251  2e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  37.88 
 
 
429 aa  251  2e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  38.06 
 
 
411 aa  249  8e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  39.82 
 
 
414 aa  248  9e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  37.8 
 
 
411 aa  247  2e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  37.59 
 
 
417 aa  248  2e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  38.52 
 
 
415 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  39.31 
 
 
415 aa  247  3e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  39.31 
 
 
415 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.31 
 
 
415 aa  247  3e-64  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.31 
 
 
415 aa  247  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.31 
 
 
415 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.31 
 
 
415 aa  247  3e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.31 
 
 
415 aa  247  3e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  39.31 
 
 
415 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  38.21 
 
 
415 aa  246  6.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  38.85 
 
 
431 aa  245  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  36.95 
 
 
412 aa  243  3.9999999999999997e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  39.58 
 
 
415 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  39.58 
 
 
415 aa  243  5e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  42.22 
 
 
417 aa  243  5e-63  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  39.84 
 
 
415 aa  243  5e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  39.58 
 
 
415 aa  243  6e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  36.52 
 
 
417 aa  243  6e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  36.73 
 
 
418 aa  243  6e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  39.31 
 
 
415 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  37.22 
 
 
415 aa  241  2e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  39.31 
 
 
415 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  38.48 
 
 
414 aa  241  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  39.31 
 
 
415 aa  241  2e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  37.53 
 
 
425 aa  238  1e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  38.82 
 
 
428 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  38.82 
 
 
428 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 
415 aa  236  5.0000000000000005e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381076  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  38.33 
 
 
420 aa  236  8e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  39.56 
 
 
428 aa  236  8e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  37.01 
 
 
411 aa  234  3e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  39.09 
 
 
419 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  38.76 
 
 
415 aa  232  7.000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  37.96 
 
 
420 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  37.95 
 
 
419 aa  231  2e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 
417 aa  230  4e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  38.33 
 
 
428 aa  229  5e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  38.9 
 
 
433 aa  228  2e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  36.43 
 
 
418 aa  227  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  35.71 
 
 
413 aa  226  6e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2191  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  36.52 
 
 
415 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.537651  hitchhiker  0.00669154 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  36.77 
 
 
415 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  35.36 
 
 
374 aa  214  2.9999999999999995e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  35.28 
 
 
420 aa  213  5.999999999999999e-54  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  28.98 
 
 
410 aa  200  3.9999999999999996e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  30.24 
 
 
388 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  35.95 
 
 
425 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  35.95 
 
 
425 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  36.18 
 
 
402 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  31.37 
 
 
442 aa  182  8.000000000000001e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  30.87 
 
 
415 aa  162  7e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  33.15 
 
 
454 aa  158  1e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2283  extracellular solute-binding protein  27.37 
 
 
456 aa  159  1e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  hitchhiker  0.0000190717 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  32.29 
 
 
431 aa  157  5.0000000000000005e-37  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  31.36 
 
 
414 aa  152  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  31.56 
 
 
434 aa  150  4e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  29.59 
 
 
414 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  30.73 
 
 
432 aa  146  5e-34  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
430 aa  142  8e-33  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 
415 aa  142  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  28.53 
 
 
435 aa  139  1e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  29.55 
 
 
425 aa  135  9.999999999999999e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
416 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 
455 aa  133  5e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  27.56 
 
 
432 aa  132  9e-30  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  27.84 
 
 
414 aa  130  4.0000000000000003e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  28.01 
 
 
428 aa  115  1.0000000000000001e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  26.79 
 
 
415 aa  105  1e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  27.32 
 
 
412 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  28.07 
 
 
423 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  27.57 
 
 
412 aa  96.3  1e-18  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  27.33 
 
 
419 aa  95.5  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  30.69 
 
 
408 aa  93.6  6e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1824  extracellular solute-binding protein family 1  24.8 
 
 
449 aa  91.7  2e-17  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2520  extracellular solute-binding protein family 1  25.38 
 
 
452 aa  91.3  3e-17  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  31.3 
 
 
434 aa  90.5  5e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1813  extracellular solute-binding protein family 1  24.66 
 
 
411 aa  90.1  6e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5137  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 
433 aa  82.8  0.00000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.319423  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0862  extracellular solute-binding protein family 1  23.92 
 
 
397 aa  82  0.00000000000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>