204 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_6328 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A2191  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  93.25 
 
 
415 aa  777    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.537651  hitchhiker  0.00669154 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
415 aa  848    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  79.28 
 
 
415 aa  667    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  73.28 
 
 
415 aa  578  1e-164  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  72.52 
 
 
415 aa  578  1e-164  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  73.03 
 
 
415 aa  574  1.0000000000000001e-162  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  74.2 
 
 
415 aa  565  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  72.52 
 
 
415 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  72.01 
 
 
415 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  71.76 
 
 
415 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  72.26 
 
 
415 aa  563  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  72.01 
 
 
415 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  72.52 
 
 
415 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  72.68 
 
 
415 aa  554  1e-157  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  72.8 
 
 
415 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  72.8 
 
 
415 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  72.8 
 
 
415 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  72.8 
 
 
415 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  72.8 
 
 
415 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  72.8 
 
 
415 aa  554  1e-156  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  72.8 
 
 
415 aa  554  1e-156  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  52.27 
 
 
420 aa  419  1e-116  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  51.43 
 
 
417 aa  410  1e-113  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  50.49 
 
 
415 aa  410  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381076  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  50 
 
 
413 aa  394  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  47.83 
 
 
421 aa  393  1e-108  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  47.62 
 
 
421 aa  388  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  51.6 
 
 
429 aa  385  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  49.39 
 
 
417 aa  381  1e-104  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  50.25 
 
 
416 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  47.18 
 
 
414 aa  372  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  46.63 
 
 
416 aa  360  2e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  48.41 
 
 
418 aa  359  5e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  48.45 
 
 
425 aa  359  6e-98  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  50.4 
 
 
420 aa  358  9e-98  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 
417 aa  358  9.999999999999999e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  50.13 
 
 
420 aa  355  5.999999999999999e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  46.7 
 
 
428 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  49.01 
 
 
428 aa  346  4e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  44.84 
 
 
419 aa  345  6e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  44.6 
 
 
419 aa  344  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  44.44 
 
 
420 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  48.76 
 
 
428 aa  342  5e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  48.51 
 
 
428 aa  341  1e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  48.02 
 
 
431 aa  340  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  44.58 
 
 
420 aa  341  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  46.27 
 
 
433 aa  335  7e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  47.28 
 
 
428 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  39.57 
 
 
420 aa  318  1e-85  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  39.95 
 
 
410 aa  318  1e-85  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  42.26 
 
 
414 aa  308  2.0000000000000002e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  38.01 
 
 
417 aa  286  4e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  41.48 
 
 
402 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  41.48 
 
 
425 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  41.48 
 
 
425 aa  271  2e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  35.56 
 
 
388 aa  251  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  38.37 
 
 
414 aa  248  1e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  36.88 
 
 
411 aa  246  6.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  37.89 
 
 
412 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  38.19 
 
 
412 aa  238  2e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  34.47 
 
 
442 aa  237  2e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  36.86 
 
 
410 aa  225  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  38.62 
 
 
409 aa  223  4e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  37.31 
 
 
412 aa  220  3.9999999999999997e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  37.06 
 
 
410 aa  219  5e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  30.43 
 
 
414 aa  209  1e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  34.02 
 
 
411 aa  195  1e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  33 
 
 
418 aa  194  2e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  34.82 
 
 
411 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  34.82 
 
 
411 aa  187  4e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  34.23 
 
 
411 aa  182  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  31.84 
 
 
431 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2283  extracellular solute-binding protein  28.76 
 
 
456 aa  174  2.9999999999999996e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  hitchhiker  0.0000190717 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  29.78 
 
 
434 aa  165  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  31.83 
 
 
414 aa  154  2e-36  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  29.9 
 
 
374 aa  153  5.9999999999999996e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  28.01 
 
 
432 aa  151  2e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  29.89 
 
 
454 aa  143  4e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
415 aa  142  9.999999999999999e-33  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  29.31 
 
 
455 aa  140  6e-32  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  29.51 
 
 
435 aa  136  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
416 aa  134  3e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 
430 aa  134  3.9999999999999996e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
414 aa  129  9.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  27.91 
 
 
415 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  27.94 
 
 
423 aa  123  6e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  28.81 
 
 
428 aa  119  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  25.39 
 
 
415 aa  116  8.999999999999998e-25  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  27.3 
 
 
412 aa  113  5e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 
412 aa  113  5e-24  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  27.52 
 
 
432 aa  107  4e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1257  extracellular solute-binding protein  28.64 
 
 
467 aa  103  4e-21  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  26.5 
 
 
425 aa  100  7e-20  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2112  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 
473 aa  94  5e-18  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  24.57 
 
 
419 aa  89.4  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2342  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 
477 aa  89  1e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.936887  normal  0.0125511 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1813  extracellular solute-binding protein family 1  23.36 
 
 
411 aa  83.6  0.000000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1824  extracellular solute-binding protein family 1  24.44 
 
 
449 aa  71.6  0.00000000002  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2520  extracellular solute-binding protein family 1  25 
 
 
452 aa  70.5  0.00000000005  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  25.53 
 
 
414 aa  67.8  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>