249 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9200 on replicon NC_011984
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  100 
 
 
374 aa  766    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  41.58 
 
 
409 aa  291  1e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  38.95 
 
 
414 aa  290  4e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  38.42 
 
 
412 aa  282  6.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  38.16 
 
 
412 aa  281  2e-74  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  37.6 
 
 
411 aa  267  2e-70  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  35.34 
 
 
425 aa  225  9e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  36.7 
 
 
410 aa  222  9e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  36.91 
 
 
411 aa  220  3.9999999999999997e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  34.73 
 
 
412 aa  219  7e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  34.38 
 
 
418 aa  216  5e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  35.36 
 
 
410 aa  214  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 
414 aa  208  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  34.29 
 
 
411 aa  206  5e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  33.95 
 
 
421 aa  206  5e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  34.55 
 
 
411 aa  206  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  33.68 
 
 
421 aa  203  3e-51  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  36.89 
 
 
420 aa  199  5e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  33.77 
 
 
415 aa  198  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381076  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  33.51 
 
 
414 aa  197  4.0000000000000005e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  33.25 
 
 
413 aa  193  5e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  34.82 
 
 
411 aa  192  5e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  32.64 
 
 
417 aa  192  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  34.96 
 
 
420 aa  190  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  34.69 
 
 
420 aa  189  7e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  33.42 
 
 
416 aa  188  1e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 
417 aa  182  7e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  33.13 
 
 
417 aa  181  2.9999999999999997e-44  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  35.48 
 
 
419 aa  179  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  31.71 
 
 
420 aa  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  33.06 
 
 
416 aa  178  1e-43  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  33.51 
 
 
420 aa  177  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  33.25 
 
 
420 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  35.31 
 
 
419 aa  175  9e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  34.04 
 
 
418 aa  174  1.9999999999999998e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 
417 aa  170  4e-41  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  32.38 
 
 
429 aa  166  4e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  32.25 
 
 
428 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  29.39 
 
 
388 aa  164  3e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  31.66 
 
 
431 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 
415 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  32.17 
 
 
415 aa  159  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  31.9 
 
 
415 aa  157  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  32.35 
 
 
425 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  32.35 
 
 
425 aa  157  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  32.27 
 
 
402 aa  157  4e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  30.3 
 
 
442 aa  156  6e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  31.47 
 
 
415 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  31.47 
 
 
415 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  31.47 
 
 
415 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  31.47 
 
 
415 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  31.47 
 
 
415 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  31.47 
 
 
415 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  31.47 
 
 
415 aa  155  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  31.66 
 
 
428 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  31.47 
 
 
415 aa  154  2e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  32.44 
 
 
415 aa  154  2e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  29.58 
 
 
432 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 
415 aa  153  4e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 
415 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  31.2 
 
 
415 aa  153  5e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
428 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  31.2 
 
 
415 aa  152  7e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  30.43 
 
 
431 aa  152  8.999999999999999e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
428 aa  152  1e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  29.9 
 
 
415 aa  151  2e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  30.93 
 
 
415 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  30.93 
 
 
415 aa  151  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  29.36 
 
 
414 aa  151  2e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  29.39 
 
 
434 aa  149  5e-35  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2191  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.68 
 
 
415 aa  147  3e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.537651  hitchhiker  0.00669154 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  31.64 
 
 
428 aa  147  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  30.7 
 
 
454 aa  146  7.0000000000000006e-34  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  28.83 
 
 
410 aa  145  8.000000000000001e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  28.83 
 
 
415 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 
455 aa  143  4e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  30.18 
 
 
433 aa  143  5e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2283  extracellular solute-binding protein  27.72 
 
 
456 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  hitchhiker  0.0000190717 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  29.66 
 
 
435 aa  139  7e-32  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  28.57 
 
 
414 aa  136  7.000000000000001e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  29.64 
 
 
415 aa  136  8e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  28.7 
 
 
416 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 
415 aa  130  5.0000000000000004e-29  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  28.21 
 
 
414 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  26.63 
 
 
415 aa  127  4.0000000000000003e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  30.79 
 
 
425 aa  126  6e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  28.69 
 
 
432 aa  125  9e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  26.95 
 
 
412 aa  124  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  28.16 
 
 
430 aa  122  8e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  28.48 
 
 
412 aa  115  2.0000000000000002e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  27.33 
 
 
428 aa  112  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  26.94 
 
 
423 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  24.23 
 
 
419 aa  98.2  2e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1257  extracellular solute-binding protein  26.55 
 
 
467 aa  84  0.000000000000004  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2520  extracellular solute-binding protein family 1  26.54 
 
 
452 aa  82  0.00000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1824  extracellular solute-binding protein family 1  24.26 
 
 
449 aa  75.9  0.000000000001  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2112  extracellular solute-binding protein  23.75 
 
 
473 aa  70.1  0.00000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2659  extracellular solute-binding protein family 1  26.02 
 
 
495 aa  70.1  0.00000000007  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.0361435  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2325  extracellular solute-binding protein family 1  26.8 
 
 
444 aa  68.6  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.0032194  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1813  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 
411 aa  67.8  0.0000000003  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>