243 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3404 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
413 aa  842    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  60.72 
 
 
425 aa  490  1e-137  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  52.07 
 
 
420 aa  439  9.999999999999999e-123  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  52.54 
 
 
417 aa  436  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  52.09 
 
 
415 aa  434  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381076  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  53.47 
 
 
421 aa  418  1e-116  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  50.6 
 
 
417 aa  419  1e-116  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  54.5 
 
 
416 aa  416  9.999999999999999e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  51.44 
 
 
420 aa  414  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  52.44 
 
 
421 aa  412  1e-114  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  49.88 
 
 
416 aa  409  1e-113  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  52.44 
 
 
414 aa  410  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  51.06 
 
 
418 aa  393  1e-108  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  47.82 
 
 
419 aa  384  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  47.26 
 
 
419 aa  382  1e-105  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  48.47 
 
 
420 aa  381  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  47.96 
 
 
420 aa  379  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  48.17 
 
 
429 aa  375  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  48.66 
 
 
415 aa  374  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2191  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  49.03 
 
 
415 aa  372  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.537651  hitchhiker  0.00669154 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  50.38 
 
 
415 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  51.97 
 
 
415 aa  374  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  51.96 
 
 
415 aa  369  1e-101  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 
414 aa  370  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  51.7 
 
 
415 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  52 
 
 
415 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  52 
 
 
415 aa  364  2e-99  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  50.27 
 
 
420 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  50 
 
 
420 aa  361  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  51.47 
 
 
415 aa  360  2e-98  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  51.73 
 
 
415 aa  360  2e-98  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  51.47 
 
 
415 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  52.27 
 
 
415 aa  360  3e-98  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  51.47 
 
 
415 aa  360  3e-98  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  51.75 
 
 
415 aa  359  5e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  51.75 
 
 
415 aa  359  5e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  51.75 
 
 
415 aa  359  5e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  51.75 
 
 
415 aa  359  5e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  51.75 
 
 
415 aa  359  5e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  51.75 
 
 
415 aa  359  5e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  51.75 
 
 
415 aa  359  5e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  51.75 
 
 
415 aa  358  9e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  44.99 
 
 
417 aa  354  2e-96  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  49.24 
 
 
417 aa  354  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  46.87 
 
 
428 aa  347  3e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  47.62 
 
 
431 aa  345  8e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  46.87 
 
 
433 aa  336  5e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  47.53 
 
 
428 aa  332  9e-90  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  47.26 
 
 
428 aa  331  2e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  47.09 
 
 
428 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  47.35 
 
 
428 aa  330  4e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  39.3 
 
 
410 aa  313  4.999999999999999e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  42.93 
 
 
402 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  41.04 
 
 
425 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  41.04 
 
 
425 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  36.69 
 
 
414 aa  262  8.999999999999999e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  36.27 
 
 
388 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  36.06 
 
 
411 aa  257  3e-67  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  37.88 
 
 
414 aa  256  7e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  36.93 
 
 
412 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  35.66 
 
 
442 aa  246  6e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  36.93 
 
 
412 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  37.76 
 
 
409 aa  241  2e-62  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  38.94 
 
 
412 aa  234  3e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  36.53 
 
 
410 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  35.71 
 
 
410 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  34.77 
 
 
411 aa  209  8e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  33.57 
 
 
418 aa  205  1e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  32.41 
 
 
411 aa  202  9e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  32.66 
 
 
411 aa  202  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  33.17 
 
 
411 aa  199  6e-50  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  34.26 
 
 
455 aa  188  2e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  33.25 
 
 
374 aa  187  3e-46  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  33.76 
 
 
435 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  33.87 
 
 
434 aa  184  3e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2283  extracellular solute-binding protein  28.94 
 
 
456 aa  180  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  hitchhiker  0.0000190717 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  33.51 
 
 
454 aa  179  9e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  32.55 
 
 
432 aa  178  2e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  31.59 
 
 
431 aa  173  5e-42  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  34.13 
 
 
414 aa  167  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  31.83 
 
 
416 aa  154  2e-36  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  31.95 
 
 
428 aa  154  2.9999999999999998e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 
415 aa  154  4e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  31.07 
 
 
414 aa  149  7e-35  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  28.13 
 
 
430 aa  147  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  28.95 
 
 
432 aa  143  6e-33  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  30.25 
 
 
415 aa  135  9.999999999999999e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  30.03 
 
 
412 aa  134  3e-30  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  30.21 
 
 
415 aa  130  4.0000000000000003e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  30.73 
 
 
412 aa  130  5.0000000000000004e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  31.15 
 
 
425 aa  130  6e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  28.69 
 
 
423 aa  127  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1257  extracellular solute-binding protein  28.46 
 
 
467 aa  118  1.9999999999999998e-25  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  28.33 
 
 
419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1813  extracellular solute-binding protein family 1  25.19 
 
 
411 aa  111  3e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2520  extracellular solute-binding protein family 1  25.7 
 
 
452 aa  104  3e-21  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1824  extracellular solute-binding protein family 1  25.75 
 
 
449 aa  97.4  4e-19  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0862  extracellular solute-binding protein family 1  26.65 
 
 
397 aa  87.4  4e-16  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2342  extracellular solute-binding protein  26.03 
 
 
477 aa  86.3  9e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.936887  normal  0.0125511 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2112  extracellular solute-binding protein  25.08 
 
 
473 aa  80.1  0.00000000000007  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>