257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4321 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 409 aa  830    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  63.21 
 
 		 412 aa  536  1e-151  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  64.07 
 
 		 414 aa  533  1e-150  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  62.47 
 
 		 412 aa  531  1e-149  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  61.48 
 
 		 411 aa  521  1e-146  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  43.7 
 
 		 412 aa  336  5.999999999999999e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  46.11 
 
 		 411 aa  318  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  43.41 
 
 		 420 aa  308  1.0000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  44.64 
 
 		 410 aa  301  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  43.56 
 
 		 411 aa  298  1e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  40.77 
 
 		 418 aa  298  1e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  43.3 
 
 		 411 aa  296  3e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  43.21 
 
 		 410 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  42.4 
 
 		 416 aa  291  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  41.58 
 
 		 374 aa  290  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  42.13 
 
 		 411 aa  287  2.9999999999999996e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  40.38 
 
 		 421 aa  285  1.0000000000000001e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  40.1 
 
 		 417 aa  284  2.0000000000000002e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  40.48 
 
 		 421 aa  281  1e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  41.49 
 
 		 425 aa  280  4e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  42.89 
 
 		 416 aa  278  1e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  40.48 
 
 		 429 aa  276  7e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  40 
 
 		 414 aa  272  9e-72  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  39.61 
 
 		 419 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  39.36 
 
 		 419 aa  265  8.999999999999999e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  40.93 
 
 		 418 aa  263  3e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  39.09 
 
 		 420 aa  262  6.999999999999999e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  39 
 
 		 417 aa  262  1e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  38.9 
 
 		 420 aa  261  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  40.36 
 
 		 417 aa  257  3e-67  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  40.25 
 
 		 420 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  41.64 
 
 		 414 aa  254  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  37.44 
 
 		 413 aa  253  5.000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  39.75 
 
 		 420 aa  252  8.000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  39.26 
 
 		 415 aa  250  3e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381076  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  38.46 
 
 		 415 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  41.16 
 
 		 415 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  40.91 
 
 		 415 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  41.25 
 
 		 415 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  40.66 
 
 		 415 aa  241  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  39.41 
 
 		 415 aa  236  6e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  40.47 
 
 		 415 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  234  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  37.46 
 
 		 420 aa  233  4.0000000000000004e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  39.41 
 
 		 415 aa  233  6e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  42.56 
 
 		 431 aa  232  7.000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  42.62 
 
 		 428 aa  233  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2191  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  37.71 
 
 		 415 aa  232  9e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.537651  hitchhiker  0.00669154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  40.5 
 
 		 428 aa  231  2e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  42.62 
 
 		 428 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  231  2e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  42.62 
 
 		 428 aa  230  3e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  39.95 
 
 		 415 aa  230  4e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  42.62 
 
 		 428 aa  228  1e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  41.95 
 
 		 433 aa  226  6e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  37.63 
 
 		 415 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  36.68 
 
 		 425 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  36.68 
 
 		 425 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  37.25 
 
 		 402 aa  219  8.999999999999998e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  35.28 
 
 		 417 aa  218  2e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  31.36 
 
 		 388 aa  197  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  33.14 
 
 		 414 aa  194  2e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  30.65 
 
 		 410 aa  185  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  33.33 
 
 		 434 aa  179  5.999999999999999e-44  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  35.22 
 
 		 431 aa  179  7e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  31.22 
 
 		 455 aa  177  3e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  31.47 
 
 		 435 aa  177  4e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  32.47 
 
 		 454 aa  176  5e-43  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  34.01 
 
 		 432 aa  176  8e-43  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  31.38 
 
 		 414 aa  169  1e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  26.91 
 
 		 442 aa  166  5.9999999999999996e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  33.14 
 
 		 416 aa  158  1e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  33.79 
 
 		 428 aa  157  2e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  30.6 
 
 		 415 aa  156  7e-37  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  32.17 
 
 		 414 aa  154  2e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  29.43 
 
 		 432 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  31.17 
 
 		 415 aa  145  2e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2283  extracellular solute-binding protein  25.9 
 
 		 456 aa  143  7e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  hitchhiker  0.0000190717 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  30.58 
 
 		 423 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  29.61 
 
 		 415 aa  134  3.9999999999999996e-30  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  27.79 
 
 		 430 aa  133  5e-30  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 		 412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  29.3 
 
 		 425 aa  130  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  29.31 
 
 		 412 aa  130  5.0000000000000004e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  26.14 
 
 		 419 aa  116  7.999999999999999e-25  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1824  extracellular solute-binding protein family 1  25.87 
 
 		 449 aa  100  4e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1813  extracellular solute-binding protein family 1  24.65 
 
 		 411 aa  92  1e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2520  extracellular solute-binding protein family 1  25.12 
 
 		 452 aa  88.6  2e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2112  extracellular solute-binding protein  26.38 
 
 		 473 aa  84  0.000000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1257  extracellular solute-binding protein  28.63 
 
 		 467 aa  81.6  0.00000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2342  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 477 aa  76.3  0.000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.936887  normal  0.0125511 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  29.09 
 
 		 435 aa  74.7  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>