201 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_1113 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1015  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  85.34 
 
 		 428 aa  706    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1292  glucose ABC transporter, periplasmic glucose-binding protein, putative  95.13 
 
 		 428 aa  830    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.927491  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1113  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 431 aa  868    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.561117 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4370  extracellular solute-binding protein  88.68 
 
 		 433 aa  758    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.878399  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1053  extracellular solute-binding protein  85.82 
 
 		 428 aa  711    Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00219882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1013  extracellular solute-binding protein  84.13 
 
 		 428 aa  697    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4209  extracellular solute-binding protein  86.77 
 
 		 428 aa  726    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1150  extracellular solute-binding protein  61.3 
 
 		 417 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0392592  normal  0.752071 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22980  putative binding protein component of ABC sugar transporter  61.3 
 
 		 420 aa  474  1e-133  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.16871 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1939  putative sugar ABC transporter binding protein subunit  61.3 
 
 		 420 aa  475  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1695  extracellular solute-binding protein  54.69 
 
 		 420 aa  449  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.157617 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1956  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  52.57 
 
 		 417 aa  436  1e-121  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.318288  normal  0.222736 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2416  extracellular solute-binding protein  51.38 
 
 		 417 aa  428  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.230559  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4349  extracellular solute-binding protein  51.76 
 
 		 415 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.00000381076  hitchhiker  0.000997313 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3689  extracellular solute-binding protein  54.89 
 
 		 416 aa  419  1e-116  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1097  extracellular solute-binding protein  53.79 
 
 		 416 aa  402  1e-111  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000486653  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0092  extracellular solute-binding protein  51 
 
 		 425 aa  394  1e-108  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0523  extracellular solute-binding protein  51.97 
 
 		 418 aa  390  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0083  extracellular solute-binding protein family 1  50.12 
 
 		 429 aa  387  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3404  extracellular solute-binding protein  47.12 
 
 		 413 aa  350  3e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3451  ABC sugar (maltose) transporter, periplasmic ligand binding protein  51.28 
 
 		 415 aa  348  1e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000113592  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1028  extracellular solute-binding protein family 1  51.28 
 
 		 415 aa  348  2e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00732462  normal  0.0899654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3935  extracellular solute-binding protein  41.82 
 
 		 420 aa  343  2.9999999999999997e-93  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0774395  normal  0.611638 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0628  extracellular solute-binding protein  50.77 
 
 		 415 aa  343  5e-93  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.224261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3817  extracellular solute-binding protein  42.92 
 
 		 421 aa  341  2e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.284829  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2284  sugar ABC transporter extracellular solute-binding family 1 protein  41.75 
 
 		 410 aa  339  7e-92  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.61221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3170  extracellular solute-binding protein  45.39 
 
 		 414 aa  338  9e-92  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0693  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  43.75 
 
 		 421 aa  335  1e-90  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0998966  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2430  extracellular solute-binding protein  51.05 
 
 		 415 aa  335  1e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.682399  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2191  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  46.23 
 
 		 415 aa  334  2e-90  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.537651  hitchhiker  0.00669154 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0860  extracellular solute-binding protein family 1  46.17 
 
 		 415 aa  333  3e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0321479  normal  0.15183 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4071  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  49.74 
 
 		 415 aa  333  5e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00185695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3573  extracellular solute-binding protein  44.09 
 
 		 414 aa  332  7.000000000000001e-90  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0138682  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2129  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  49.47 
 
 		 415 aa  332  9e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.700761  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3086  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  49.47 
 
 		 415 aa  332  9e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0782  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  49.47 
 
 		 415 aa  332  9e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0847512  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2615  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  49.47 
 
 		 415 aa  332  9e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.813067  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  49.47 
 
 		 415 aa  332  9e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3052  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  49.47 
 
 		 415 aa  332  9e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1998  carbohydrate ABC transporter periplasmic binding protein  49.47 
 
 		 415 aa  332  9e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1553  maltose ABC transporter, periplasmic maltose-binding protein  49.74 
 
 		 415 aa  331  1e-89  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0365178  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6328  extracellular solute-binding protein  47.63 
 
 		 415 aa  330  4e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.634634 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0929  extracellular solute-binding protein  49.21 
 
 		 415 aa  328  9e-89  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0489  extracellular solute-binding protein  49.21 
 
 		 415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0816838  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0968  extracellular solute-binding protein  49.21 
 
 		 415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.278189  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0828  extracellular solute-binding protein  49.21 
 
 		 415 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.00532301  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0840  extracellular solute-binding protein  48.95 
 
 		 415 aa  324  2e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.961003  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3786  extracellular solute-binding protein family 1  41.36 
 
 		 419 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1482  extracellular solute-binding protein family 1  41.53 
 
 		 420 aa  309  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3491  extracellular solute-binding protein family 1  41.12 
 
 		 419 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1378  extracellular solute-binding protein family 1  40.79 
 
 		 420 aa  305  9.000000000000001e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6972  extracellular solute-binding protein  40.2 
 
 		 402 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780279  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1515  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 		 425 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6314  extracellular solute-binding protein  39.23 
 
 		 425 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.619662 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1090  extracellular solute-binding protein  36.15 
 
 		 417 aa  263  3e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1110  extracellular solute-binding protein  40.44 
 
 		 411 aa  261  2e-68  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0139598  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001061  ABC-type sugar transport system component  35.26 
 
 		 414 aa  260  3e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2083  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  40.5 
 
 		 412 aa  246  4e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.206037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4568  extracellular solute-binding protein family 1  37.88 
 
 		 410 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.267408  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6357  extracellular solute-binding protein family 1  38.63 
 
 		 410 aa  243  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29280  sugar ABC transport system, periplasmic substrate-binding protein  32.62 
 
 		 388 aa  242  9e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5887  extracellular solute-binding protein family 1  39.75 
 
 		 412 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5435  extracellular solute-binding protein  38.26 
 
 		 414 aa  239  6.999999999999999e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.207139 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4278  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 		 442 aa  227  4e-58  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4321  extracellular solute-binding protein  42.56 
 
 		 409 aa  224  2e-57  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.739189 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2399  ABC transporter substrate binding protein (sugar)  37.5 
 
 		 411 aa  222  8e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.791953  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2098  extracellular solute-binding protein family 1  36.52 
 
 		 411 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.072788 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2337  extracellular solute-binding protein family 1  36.28 
 
 		 411 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.836128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3454  extracellular solute-binding protein  34.58 
 
 		 418 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000480069  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1728  extracellular solute-binding protein  37.78 
 
 		 411 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00458236  normal  0.504509 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0882  extracellular solute-binding protein  34.99 
 
 		 412 aa  203  4e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.297168  normal  0.673205 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0803  extracellular solute-binding protein  31.85 
 
 		 435 aa  176  9e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1174  extracellular solute-binding protein  31.94 
 
 		 455 aa  175  9.999999999999999e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.273661  normal  0.401546 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0208  extracellular solute-binding protein family 1  32.99 
 
 		 454 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  32.77 
 
 		 414 aa  167  4e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7939  ABC transporter (substrate-binding protein)  33.33 
 
 		 428 aa  164  3e-39  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.50295  normal  0.560439 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  33.06 
 
 		 431 aa  164  3e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  32.52 
 
 		 434 aa  164  4.0000000000000004e-39  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0818  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 415 aa  162  8.000000000000001e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2306  extracellular solute-binding protein family 1  31.39 
 
 		 432 aa  162  9e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.432824  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1303  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 432 aa  161  2e-38  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.313179  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9200  ABC-type sugar transport system periplasmic component  31.66 
 
 		 374 aa  159  7e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3494  extracellular solute-binding protein  34.45 
 
 		 414 aa  158  2e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0194042 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3264  extracellular solute-binding protein  33.86 
 
 		 416 aa  157  4e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.591163 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1862  extracellular solute-binding protein  29.36 
 
 		 430 aa  150  5e-35  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.144249  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2283  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 456 aa  147  4.0000000000000006e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0462772  hitchhiker  0.0000190717 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  28.86 
 
 		 415 aa  142  9.999999999999999e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26610  carbohydrate-binding protein  30.6 
 
 		 425 aa  140  3e-32  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2380  extracellular solute-binding protein family 1  29.81 
 
 		 415 aa  139  1e-31  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3657  sugar ABC transporter, substrate-binding protein  29.98 
 
 		 423 aa  135  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0905  extracellular solute-binding protein  29.82 
 
 		 412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0882  extracellular solute-binding protein family 1  30.98 
 
 		 419 aa  123  6e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.632389 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0168  extracellular solute-binding protein family 1  28.87 
 
 		 412 aa  122  9.999999999999999e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1813  extracellular solute-binding protein family 1  25.43 
 
 		 411 aa  109  8.000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0862  extracellular solute-binding protein family 1  26.3 
 
 		 397 aa  103  6e-21  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1257  extracellular solute-binding protein  27.48 
 
 		 467 aa  97.4  4e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2520  extracellular solute-binding protein family 1  27.59 
 
 		 452 aa  97.1  6e-19  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  0.420378 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2342  extracellular solute-binding protein  29.34 
 
 		 477 aa  90.1  8e-17  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.936887  normal  0.0125511 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1824  extracellular solute-binding protein family 1  24.86 
 
 		 449 aa  87.4  4e-16  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_2112  extracellular solute-binding protein  26.25 
 
 		 473 aa  82  0.00000000000002  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>