More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_0889 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0889  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  100 
 
 
424 aa  873    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.613044  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0762  extracellular solute-binding protein  90.57 
 
 
424 aa  800    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  unclonable  0.00000277245  normal  0.855778 
 
 
 
NC_007963  Csal_0258  extracellular solute-binding protein  62.44 
 
 
419 aa  525  1e-148  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3146  extracellular solute-binding protein family 1  53.92 
 
 
439 aa  454  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.654082  normal  0.268339 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3329  extracellular solute-binding protein  47.95 
 
 
423 aa  410  1e-113  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0591  extracellular solute-binding protein  49.12 
 
 
421 aa  408  1.0000000000000001e-112  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0610101  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20870  extracellular solute-binding protein family 1  45.91 
 
 
430 aa  384  1e-105  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4395  extracellular solute-binding protein  43.13 
 
 
420 aa  381  1e-104  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.87283  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2090  extracellular solute-binding protein family 1  44.79 
 
 
423 aa  378  1e-103  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.0000307561  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0025  extracellular solute-binding protein  44.1 
 
 
422 aa  366  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.669897  normal  0.473652 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2940  extracellular solute-binding protein  43.4 
 
 
421 aa  364  2e-99  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.459152  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0304  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  45.59 
 
 
421 aa  360  2e-98  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3812  extracellular solute-binding protein  44.78 
 
 
423 aa  354  1e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.353807  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2526  extracellular solute-binding protein  43.66 
 
 
421 aa  354  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4442  extracellular solute-binding protein  42.57 
 
 
425 aa  335  7e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00539632  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0027  extracellular solute-binding protein  37.15 
 
 
413 aa  276  4e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000908101  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0397  extracellular solute-binding protein family 1  39.79 
 
 
522 aa  276  5e-73  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0970  extracellular solute-binding protein  36.88 
 
 
411 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000309876  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0954  extracellular solute-binding protein  36.88 
 
 
411 aa  273  5.000000000000001e-72  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0450  extracellular solute-binding protein  37.84 
 
 
414 aa  268  1e-70  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.308403  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1820  extracellular solute-binding protein  36.68 
 
 
411 aa  268  2e-70  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.148067  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0397  extracellular solute-binding protein  35.32 
 
 
428 aa  234  3e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2959  extracellular solute-binding protein family 1  32.11 
 
 
437 aa  206  6e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2310  extracellular solute-binding protein family 1  29.75 
 
 
425 aa  204  3e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000523246  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0138  extracellular solute-binding protein  30.41 
 
 
412 aa  196  5.000000000000001e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0213  twin-arginine translocation pathway signal  32.05 
 
 
446 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0669  extracellular solute-binding protein  31.38 
 
 
439 aa  189  5.999999999999999e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0601778  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0413  extracellular solute-binding protein  34.31 
 
 
428 aa  188  1e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2237  extracellular solute-binding protein family 1  33.24 
 
 
466 aa  186  6e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0623  extracellular solute-binding protein family 1  33.18 
 
 
428 aa  185  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.58509 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4015  extracellular solute-binding protein family 1  32.9 
 
 
434 aa  179  9e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0770441 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1991  extracellular solute-binding protein  33.15 
 
 
455 aa  176  9e-43  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.603432  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1331  extracellular solute-binding protein family 1  34.05 
 
 
464 aa  175  9.999999999999999e-43  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0062  extracellular solute-binding protein  33.83 
 
 
436 aa  173  5.999999999999999e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3687  extracellular solute-binding protein  31.81 
 
 
453 aa  172  9e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0950  putative multiple sugar transport system substrate-binding protein  32.4 
 
 
438 aa  165  1.0000000000000001e-39  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1697  extracellular solute-binding protein  31.28 
 
 
447 aa  164  2.0000000000000002e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  hitchhiker  0.00303465  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0870  extracellular solute-binding protein family 1  31.19 
 
 
419 aa  162  1e-38  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.649209  normal  0.121264 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_15281  ABC transporter for sugars, solute-binding protein  34.92 
 
 
422 aa  162  2e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.493249 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2244  extracellular solute-binding protein family 1  26.98 
 
 
440 aa  156  7e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0958946 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1626  putative sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  32.85 
 
 
418 aa  154  2e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.188232 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2797  extracellular solute-binding protein family 1  29.74 
 
 
426 aa  147  3e-34  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1078  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  37.45 
 
 
433 aa  145  1e-33  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2459  extracellular solute-binding protein family 1  29.56 
 
 
419 aa  143  7e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.846254  normal  0.585846 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1408  ABC transporter, likely sugar solute binding protein  36.92 
 
 
421 aa  141  3e-32  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.590186  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1015  extracellular solute-binding protein family 1  28.81 
 
 
418 aa  134  3.9999999999999996e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.706197  normal  0.535113 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2348  extracellular solute-binding protein  28.45 
 
 
363 aa  130  3e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.585172 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3355  extracellular solute-binding protein family 1  27.63 
 
 
436 aa  123  7e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0282  extracellular solute-binding protein  29.53 
 
 
423 aa  116  6e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7049  extracellular solute-binding protein  30.63 
 
 
439 aa  111  2.0000000000000002e-23  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0982583  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1331  extracellular solute-binding protein family 1  30.3 
 
 
448 aa  109  1e-22  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000205805  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_06490  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.77 
 
 
402 aa  108  2e-22  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4617  extracellular solute-binding protein  29.05 
 
 
433 aa  105  1e-21  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0699008  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1041  extracellular solute-binding protein family 1  26.67 
 
 
416 aa  103  8e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.172945  normal  0.776305 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5744  extracellular solute-binding protein family 1  25.26 
 
 
419 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.593109 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2264  extracellular solute-binding protein family 1  26.41 
 
 
514 aa  102  1e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.337461  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2297  extracellular solute-binding protein  27.95 
 
 
416 aa  100  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.33558  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0807  extracellular solute-binding protein family 1  27.87 
 
 
420 aa  100  4e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3121  extracellular solute-binding protein family 1  28.37 
 
 
412 aa  99.8  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4707  extracellular solute-binding protein family 1  24.93 
 
 
419 aa  99  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4557  extracellular solute-binding protein  26.71 
 
 
412 aa  97.8  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302395  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3393  extracellular solute-binding protein family 1  25.86 
 
 
412 aa  95.9  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.205631 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4644  extracellular solute-binding protein family 1  26.09 
 
 
400 aa  94.7  2e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0101413 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9021  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  26.3 
 
 
521 aa  95.5  2e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1113  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 
437 aa  92  2e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.056534  normal  0.199649 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0869  extracellular solute-binding protein  25.72 
 
 
444 aa  90.9  4e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.509231  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4682  extracellular solute-binding protein  24.94 
 
 
412 aa  90.5  5e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0252692  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5508  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
412 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3592  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
439 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4775  extracellular solute-binding protein  24.87 
 
 
439 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.872591 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2119  extracellular solute-binding protein  24.07 
 
 
382 aa  87.8  3e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0939  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.87 
 
 
496 aa  87  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.328419 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0013  extracellular solute-binding protein family 1  25.37 
 
 
511 aa  87  6e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.957035  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3983  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
465 aa  86.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4158  extracellular solute-binding protein  24.62 
 
 
446 aa  86.3  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.214678  normal  0.791693 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4057  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
465 aa  86.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2544  extracellular solute-binding protein  24.88 
 
 
464 aa  85.9  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3997  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
465 aa  86.3  0.000000000000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.110997  normal  0.433481 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0753  putative ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  25.76 
 
 
454 aa  85.1  0.000000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0836002  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0048  extracellular solute-binding protein  27.63 
 
 
513 aa  85.1  0.000000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3240  extracellular solute-binding protein family 1  25.68 
 
 
431 aa  84.7  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1855  extracellular solute-binding protein family 1  25.78 
 
 
441 aa  84.3  0.000000000000004  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3168  extracellular solute-binding protein family 1  26.1 
 
 
419 aa  83.6  0.000000000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0309  extracellular solute-binding protein  24.82 
 
 
438 aa  81.3  0.00000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.242924  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3851  extracellular solute-binding protein  25.11 
 
 
436 aa  80.1  0.00000000000006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0718166 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3934  extracellular solute-binding protein family 1  27.12 
 
 
447 aa  80.1  0.00000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.486973  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2482  extracellular solute-binding protein family 1  25.64 
 
 
400 aa  80.1  0.00000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.0758562  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1866  extracellular solute-binding protein family 1  25.98 
 
 
464 aa  79.3  0.0000000000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2278  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 
448 aa  79.3  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0960  extracellular solute-binding protein family 1  27.54 
 
 
427 aa  77.8  0.0000000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.226879  hitchhiker  0.000138332 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4125  extracellular solute-binding protein  23.55 
 
 
408 aa  77.4  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04580  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  24.5 
 
 
434 aa  77  0.0000000000005  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.48952  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2683  extracellular solute-binding protein family 1  23.2 
 
 
446 aa  77  0.0000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.50155  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1262  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 
424 aa  75.1  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00529057  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3610  extracellular solute-binding protein family 1  25.76 
 
 
724 aa  75.1  0.000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3055  extracellular solute-binding protein family 1  24.92 
 
 
449 aa  75.1  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  25 
 
 
410 aa  73.2  0.000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0487  extracellular solute-binding protein family 1  23.19 
 
 
433 aa  73.2  0.000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1199  extracellular solute-binding protein family 1  25.25 
 
 
483 aa  73.2  0.000000000008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.420226  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0228  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  23.19 
 
 
439 aa  72.4  0.00000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>