More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1237 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 802 aa  1639    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6906  cytochrome C family protein  64.5 
 
 		 758 aa  969    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5770  TPR repeat-containing protein  80.85 
 
 		 764 aa  1186    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0786479  normal  0.562645 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  35.98 
 
 		 828 aa  489  1e-137  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3059  TPR repeat-containing protein  38.2 
 
 		 771 aa  481  1e-134  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  39.15 
 
 		 764 aa  479  1e-134  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  36.33 
 
 		 784 aa  476  1e-133  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  34.94 
 
 		 817 aa  464  1e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  37.03 
 
 		 781 aa  456  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  35.33 
 
 		 773 aa  448  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3872  cytochrome C family protein  37.01 
 
 		 742 aa  437  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.817906  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  32.66 
 
 		 743 aa  429  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0783  hypothetical protein  34.73 
 
 		 651 aa  412  1e-113  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3652  TPR repeat-containing protein  33.88 
 
 		 729 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0372176  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2987  TPR domain-containing protein  32.16 
 
 		 778 aa  387  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.353968  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3991  TPR repeat-containing protein  38.01 
 
 		 687 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3109  hypothetical protein  34.4 
 
 		 649 aa  369  1e-100  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  32.09 
 
 		 708 aa  365  1e-99  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  34.98 
 
 		 755 aa  363  7.0000000000000005e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  29.79 
 
 		 799 aa  347  5e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0379  cytochrome C family protein  29.92 
 
 		 767 aa  259  1e-67  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.295116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2521  hypothetical protein  25.09 
 
 		 640 aa  119  3e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0100183  normal  0.93164 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2854  TPR repeat-containing protein  20.44 
 
 		 654 aa  81.3  0.00000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000521084 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1942  hypothetical protein  23.81 
 
 		 425 aa  77.8  0.0000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.253838  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  29.84 
 
 		 878 aa  75.5  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  29.04 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.57 
 
 		 810 aa  73.2  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  28.02 
 
 		 685 aa  70.9  0.00000000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 399 aa  70.1  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.67 
 
 		 632 aa  68.2  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 		 374 aa  67.4  0.0000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0313  hypothetical protein  22.59 
 
 		 408 aa  67.4  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  30.22 
 
 		 1276 aa  66.6  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1803  hypothetical protein  23.13 
 
 		 394 aa  65.9  0.000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  26.06 
 
 		 1737 aa  64.7  0.000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2654  hypothetical protein  26.61 
 
 		 351 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2445  TPR repeat-containing protein  27.95 
 
 		 351 aa  64.3  0.00000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0758357  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3428  TPR domain-containing protein  27.7 
 
 		 399 aa  62.8  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2659  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.71 
 
 		 565 aa  62.8  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.144865 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  27.72 
 
 		 340 aa  62.8  0.00000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0742  hypothetical protein  24.16 
 
 		 563 aa  63.2  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.345511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3262  hypothetical protein  24 
 
 		 453 aa  62.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.931902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  24.53 
 
 		 681 aa  62.4  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  29.06 
 
 		 795 aa  62.4  0.00000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3498  hypothetical protein  22.31 
 
 		 391 aa  62  0.00000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.363795  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 		 637 aa  61.6  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0594  hypothetical protein  23.3 
 
 		 403 aa  61.6  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.405958  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  27.1 
 
 		 366 aa  60.1  0.0000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  29.27 
 
 		 739 aa  60.8  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  29.48 
 
 		 1138 aa  60.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  29.23 
 
 		 3035 aa  60.5  0.0000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0060  TPR repeat-containing protein  25.68 
 
 		 562 aa  60.5  0.0000001  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 611 aa  60.1  0.0000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  25.54 
 
 		 1979 aa  59.7  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  29.2 
 
 		 875 aa  60.1  0.0000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0424  TPR repeat-containing protein  34.29 
 
 		 313 aa  59.7  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.446862  normal  0.0100173 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  25.98 
 
 		 587 aa  59.3  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4767  sulfotransferase  30 
 
 		 682 aa  59.3  0.0000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.287127 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2476  TPR domain-containing protein  29.66 
 
 		 566 aa  58.5  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.834275  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  32.35 
 
 		 636 aa  58.9  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  28.67 
 
 		 725 aa  58.5  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  32.35 
 
 		 612 aa  58.2  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4770  sulfotransferase  27.8 
 
 		 887 aa  58.2  0.0000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.185793 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  25.17 
 
 		 622 aa  57.8  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2292  hypothetical protein  21.25 
 
 		 390 aa  57.8  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100786 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3996  tetratricopeptide TPR_2  24.53 
 
 		 1694 aa  58.2  0.0000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.271204  normal  0.601264 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1028  TPR repeat-containing protein  32.65 
 
 		 635 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.608823  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  29.06 
 
 		 362 aa  57.8  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0549  TPR repeat-containing protein  32.65 
 
 		 635 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 620 aa  57.4  0.0000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 		 542 aa  57  0.000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2680  peptidase S41  25.84 
 
 		 745 aa  57  0.000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.20871  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1499  TPR repeat-containing protein  27.1 
 
 		 486 aa  57.4  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2349  TPR repeat-containing protein  25.64 
 
 		 649 aa  57  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0186841  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  26.06 
 
 		 1154 aa  57.4  0.000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0905  TPR domain-containing protein  28.48 
 
 		 295 aa  56.2  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  25.76 
 
 		 909 aa  56.6  0.000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  25.84 
 
 		 465 aa  56.2  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6918  TPR repeat-containing protein  28 
 
 		 847 aa  56.6  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378966  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  26.62 
 
 		 545 aa  56.6  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  24.02 
 
 		 448 aa  56.6  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1796  TPR repeat-containing protein  24.21 
 
 		 352 aa  55.8  0.000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  27.05 
 
 		 764 aa  55.5  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  27.78 
 
 		 827 aa  55.5  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2583  cytochrome C family protein  25.12 
 
 		 259 aa  55.1  0.000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3369  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.94 
 
 		 667 aa  55.1  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0774784  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3747  TPR repeat-containing protein  28.76 
 
 		 1005 aa  54.7  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 1406 aa  55.1  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  27.27 
 
 		 750 aa  54.7  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  24.58 
 
 		 865 aa  54.7  0.000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1793  TPR repeat-containing protein  25.27 
 
 		 213 aa  54.7  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  28.7 
 
 		 3145 aa  55.1  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2266  tetratricopeptide TPR_2  26.55 
 
 		 1213 aa  55.1  0.000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  22.22 
 
 		 543 aa  54.7  0.000007  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.12 
 
 		 689 aa  54.7  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  29.07 
 
 		 4079 aa  54.3  0.000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3213  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.93 
 
 		 639 aa  54.3  0.000008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000022774  n/a   
 
 
-
 
NC_013163  Cyan8802_4605  TPR repeat-containing protein  23.24 
 
 		 279 aa  54.7  0.000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2213  sulfotransferase  30.77 
 
 		 656 aa  54.3  0.000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 		 639 aa  54.3  0.000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>