46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3109 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3109  hypothetical protein  100 
 
 
649 aa  1339    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  40.3 
 
 
764 aa  428  1e-118  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3059  TPR repeat-containing protein  38.88 
 
 
771 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3991  TPR repeat-containing protein  42 
 
 
687 aa  413  1e-114  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3872  cytochrome C family protein  39.27 
 
 
742 aa  399  9.999999999999999e-111  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.817906  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  36.01 
 
 
784 aa  393  1e-108  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  33.38 
 
 
743 aa  390  1e-107  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  36.49 
 
 
781 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  34.98 
 
 
828 aa  370  1e-101  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  35.14 
 
 
817 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5770  TPR repeat-containing protein  35.59 
 
 
764 aa  363  5.0000000000000005e-99  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0786479  normal  0.562645 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  34.83 
 
 
773 aa  362  1e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6906  cytochrome C family protein  35.68 
 
 
758 aa  362  2e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2987  TPR domain-containing protein  30.99 
 
 
778 aa  360  4e-98  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.353968  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  34.55 
 
 
708 aa  351  3e-95  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  34.41 
 
 
802 aa  337  2.9999999999999997e-91  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  37.7 
 
 
755 aa  337  3.9999999999999995e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0783  hypothetical protein  31.62 
 
 
651 aa  331  3e-89  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3652  TPR repeat-containing protein  32.14 
 
 
729 aa  317  5e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0372176  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  30.25 
 
 
799 aa  295  2e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0379  cytochrome C family protein  31.27 
 
 
767 aa  233  7.000000000000001e-60  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.295116  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2521  hypothetical protein  24.38 
 
 
640 aa  108  3e-22  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0100183  normal  0.93164 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1803  hypothetical protein  24.48 
 
 
394 aa  92.8  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1942  hypothetical protein  25.66 
 
 
425 aa  90.9  7e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.253838  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3498  hypothetical protein  25.07 
 
 
391 aa  85.9  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.363795  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2292  hypothetical protein  25 
 
 
390 aa  82.8  0.00000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100786 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0742  hypothetical protein  26.3 
 
 
563 aa  78.2  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.345511 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2854  TPR repeat-containing protein  21.79 
 
 
654 aa  72  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000521084 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0594  hypothetical protein  22.74 
 
 
403 aa  70.5  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.405958  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0313  hypothetical protein  23.23 
 
 
408 aa  65.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6276  hypothetical protein  22.02 
 
 
386 aa  63.9  0.000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.639156  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3600  hypothetical protein  23.36 
 
 
556 aa  63.5  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  31.32 
 
 
351 aa  60.1  0.0000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3639  cytochrome C family protein  22.42 
 
 
353 aa  56.6  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0348181  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0993  cytochrome C family protein  29.81 
 
 
595 aa  52.8  0.00002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3262  hypothetical protein  22.4 
 
 
453 aa  53.1  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.931902  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2770  hypothetical protein  24.07 
 
 
519 aa  52  0.00003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  29.12 
 
 
399 aa  50.4  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2445  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 
351 aa  50.1  0.0001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0758357  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3248  hypothetical protein  24.52 
 
 
697 aa  50.4  0.0001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3828  multiheme cytochrome  24.9 
 
 
307 aa  49.7  0.0002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.326628 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0858  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 
589 aa  45.1  0.004  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0095  hypothetical protein  26.55 
 
 
616 aa  45.1  0.004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000209926  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2764  TPR repeat-containing protein  29.79 
 
 
683 aa  44.7  0.006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0762539  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3428  TPR domain-containing protein  29.12 
 
 
399 aa  44.3  0.007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2664  TPR repeat-containing protein  23.96 
 
 
537 aa  43.9  0.009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>