74 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3652 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3652  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
729 aa  1532    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0372176  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  36.12 
 
 
784 aa  459  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  36.26 
 
 
764 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  35.29 
 
 
743 aa  429  1e-119  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3059  TPR repeat-containing protein  37.29 
 
 
771 aa  430  1e-119  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  35.57 
 
 
781 aa  430  1e-119  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  36.78 
 
 
799 aa  431  1e-119  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  35.22 
 
 
773 aa  431  1e-119  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  34.56 
 
 
817 aa  424  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  35.31 
 
 
828 aa  419  9.999999999999999e-116  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  36.77 
 
 
708 aa  412  1e-113  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6906  cytochrome C family protein  34.88 
 
 
758 aa  411  1e-113  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2987  TPR domain-containing protein  33.33 
 
 
778 aa  397  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.353968  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3872  cytochrome C family protein  33.33 
 
 
742 aa  391  1e-107  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.817906  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  33.88 
 
 
802 aa  387  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5770  TPR repeat-containing protein  34.7 
 
 
764 aa  389  1e-106  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0786479  normal  0.562645 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  32.22 
 
 
755 aa  363  8e-99  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0783  hypothetical protein  33.6 
 
 
651 aa  340  5e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3109  hypothetical protein  32.84 
 
 
649 aa  323  6e-87  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3991  TPR repeat-containing protein  32.7 
 
 
687 aa  311  2.9999999999999997e-83  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0379  cytochrome C family protein  25.55 
 
 
767 aa  210  6e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.295116  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2521  hypothetical protein  22.27 
 
 
640 aa  105  3e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0100183  normal  0.93164 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1942  hypothetical protein  26.07 
 
 
425 aa  68.2  0.0000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.253838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2854  TPR repeat-containing protein  20.82 
 
 
654 aa  62.4  0.00000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000521084 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3498  hypothetical protein  24.48 
 
 
391 aa  62.4  0.00000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.363795  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1803  hypothetical protein  21.71 
 
 
394 aa  58.5  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2970  TPR repeat-containing protein  28.38 
 
 
364 aa  55.5  0.000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47174  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2445  TPR repeat-containing protein  25.84 
 
 
351 aa  53.1  0.00002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0758357  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2400  TPR repeat-containing protein  32.97 
 
 
520 aa  52  0.00004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.38799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  25.86 
 
 
399 aa  51.2  0.00006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  30.23 
 
 
620 aa  51.2  0.00007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3659  flp pilus assembly protein  28.91 
 
 
273 aa  51.2  0.00007  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  25.84 
 
 
351 aa  51.2  0.00007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3262  hypothetical protein  29.36 
 
 
453 aa  50.8  0.00008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.931902  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0594  hypothetical protein  22.14 
 
 
403 aa  50.4  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.405958  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7517  hypothetical protein  28.24 
 
 
703 aa  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328747  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3719  TPR repeat-containing protein  30.19 
 
 
405 aa  48.9  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2292  hypothetical protein  19.76 
 
 
390 aa  48.5  0.0005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100786 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1114  TPR domain-containing protein  28.28 
 
 
299 aa  47  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0729535  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4138  TPR repeat-containing protein  24 
 
 
219 aa  47.4  0.001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3815  TPR repeat-containing protein  29.7 
 
 
399 aa  47.4  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0359  glycosyl transferase family protein  25.16 
 
 
568 aa  47.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.143693  normal  0.385412 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  24.39 
 
 
3145 aa  47.4  0.001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003597  FOG: TPR repeat protein  26.49 
 
 
345 aa  47  0.001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4478  TPR domain-containing protein  24 
 
 
219 aa  46.6  0.002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.404717  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4528  TPR domain protein  24 
 
 
219 aa  46.6  0.002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000798973  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3102  TPR domain protein  27.04 
 
 
389 aa  46.6  0.002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0131637  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4290  TPR domain-containing protein  24 
 
 
219 aa  46.6  0.002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4515  TPR domain protein  24 
 
 
219 aa  46.6  0.002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.037102  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0721  TPR domain protein  24 
 
 
219 aa  46.6  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2419  TPR repeat-containing protein  29.29 
 
 
792 aa  46.2  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0484292  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4475  TPR domain protein  24 
 
 
219 aa  46.6  0.002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000190548 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4127  TPR repeat-containing protein  24 
 
 
219 aa  46.6  0.002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0499017  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0313  hypothetical protein  21.84 
 
 
408 aa  46.6  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2579  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.29 
 
 
786 aa  46.2  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1622  tetratricopeptide TPR_2  25.25 
 
 
247 aa  46.2  0.002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247403 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4624  TPR domain-containing protein  24 
 
 
219 aa  46.6  0.002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.472019  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4242  TPR repeat-containing protein  23.2 
 
 
219 aa  45.8  0.003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4211  TPR repeat-containing protein  28.97 
 
 
522 aa  45.4  0.003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.185796 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  30.21 
 
 
620 aa  45.8  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0993  cytochrome C family protein  20.17 
 
 
595 aa  45.1  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1096  sulfotransferase  31.46 
 
 
1764 aa  45.1  0.004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  28.3 
 
 
1737 aa  45.4  0.004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0738  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 
323 aa  45.4  0.004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00630781  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1957  hypothetical protein  32.46 
 
 
475 aa  45.1  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00211883  hitchhiker  0.00150316 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0031  TPR repeat-containing protein  28.97 
 
 
522 aa  45.1  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.918489 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2985  sulfotransferase  29.03 
 
 
1077 aa  45.1  0.005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0055  type III secretion chaperone, putative  29.03 
 
 
335 aa  45.1  0.005  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  26.23 
 
 
685 aa  44.7  0.006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2682  TPR repeat-containing protein  28.28 
 
 
247 aa  44.7  0.007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00119913  normal  0.584749 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3120  TPR repeat-containing protein  26.06 
 
 
767 aa  44.3  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3352  TPR repeat-containing protein  25.37 
 
 
404 aa  43.9  0.01  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000220615  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0842  TPR repeat-containing protein  29.9 
 
 
201 aa  43.9  0.01  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3107  TPR repeat-containing protein  24.41 
 
 
219 aa  43.9  0.01  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>