161 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3059 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  60.51 
 
 
764 aa  919    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3059  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
771 aa  1579    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  38.31 
 
 
828 aa  503  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3991  TPR repeat-containing protein  45 
 
 
687 aa  503  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3872  cytochrome C family protein  41.1 
 
 
742 aa  489  1e-137  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.817906  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  38.57 
 
 
784 aa  489  1e-137  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  37.62 
 
 
773 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  35.45 
 
 
817 aa  481  1e-134  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  37.84 
 
 
781 aa  475  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5770  TPR repeat-containing protein  37.35 
 
 
764 aa  457  1e-127  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0786479  normal  0.562645 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  35.42 
 
 
743 aa  451  1e-125  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6906  cytochrome C family protein  38.4 
 
 
758 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  37.73 
 
 
802 aa  428  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  38.94 
 
 
755 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3652  TPR repeat-containing protein  36.95 
 
 
729 aa  419  1e-116  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0372176  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3109  hypothetical protein  38.88 
 
 
649 aa  418  9.999999999999999e-116  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2987  TPR domain-containing protein  31.87 
 
 
778 aa  394  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.353968  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  34.27 
 
 
708 aa  391  1e-107  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0783  hypothetical protein  34.53 
 
 
651 aa  377  1e-103  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  30.71 
 
 
799 aa  374  1e-102  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0379  cytochrome C family protein  31.51 
 
 
767 aa  264  6e-69  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.295116  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2521  hypothetical protein  25.93 
 
 
640 aa  103  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0100183  normal  0.93164 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0313  hypothetical protein  24.69 
 
 
408 aa  92.4  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0594  hypothetical protein  23.92 
 
 
403 aa  89  3e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.405958  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6276  hypothetical protein  24.11 
 
 
386 aa  87.4  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.639156  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2292  hypothetical protein  23.42 
 
 
390 aa  80.5  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100786 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1942  hypothetical protein  23.99 
 
 
425 aa  80.1  0.0000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.253838  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3498  hypothetical protein  25.2 
 
 
391 aa  76.6  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.363795  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1803  hypothetical protein  24.26 
 
 
394 aa  75.1  0.000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0993  cytochrome C family protein  23.65 
 
 
595 aa  68.2  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2854  TPR repeat-containing protein  21.93 
 
 
654 aa  63.2  0.00000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000521084 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1273  TPR repeat-containing protein  26.26 
 
 
879 aa  61.2  0.00000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2601  TPR domain/SecC motif-containing domain protein  29.71 
 
 
585 aa  60.1  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0346889  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  31.91 
 
 
795 aa  60.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  26.63 
 
 
685 aa  60.1  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  26.09 
 
 
725 aa  59.7  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2985  sulfotransferase  28.44 
 
 
1077 aa  57  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  27.52 
 
 
351 aa  56.2  0.000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4211  TPR repeat-containing protein  29.45 
 
 
522 aa  56.2  0.000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.185796 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  26.46 
 
 
878 aa  55.8  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  25.67 
 
 
681 aa  55.1  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0955  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24 
 
 
220 aa  55.1  0.000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0602  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.74 
 
 
586 aa  54.3  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1146  hypothetical protein  26.46 
 
 
299 aa  54.3  0.000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 
399 aa  54.3  0.000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  25.64 
 
 
810 aa  54.3  0.000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0742  hypothetical protein  25.27 
 
 
563 aa  54.3  0.000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.345511 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2447  TPR repeat-containing protein  26.11 
 
 
318 aa  53.9  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0031  TPR repeat-containing protein  29.09 
 
 
522 aa  53.9  0.00001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.918489 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  29.21 
 
 
505 aa  53.9  0.00001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  26.2 
 
 
1979 aa  53.1  0.00002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  28.24 
 
 
718 aa  52.8  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  25.6 
 
 
362 aa  52.4  0.00003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3746  TPR repeat-containing protein  37.21 
 
 
602 aa  52.8  0.00003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.824926  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  26.47 
 
 
837 aa  52.8  0.00003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2654  hypothetical protein  27.41 
 
 
351 aa  52  0.00004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1211  TPR domain/sulfotransferase domain protein  33.75 
 
 
695 aa  51.6  0.00005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2496  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  17.53 
 
 
222 aa  51.2  0.00007  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2853  TPR repeat-containing protein  22.77 
 
 
3172 aa  51.2  0.00007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0122  glycosyl transferase, group 1  23.21 
 
 
3301 aa  51.2  0.00008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.326818 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  27.59 
 
 
4079 aa  50.8  0.00009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  23.6 
 
 
739 aa  50.4  0.0001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  28.75 
 
 
754 aa  50.1  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2201  TPR repeat-containing protein  27.16 
 
 
556 aa  50.4  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.805282  normal  0.800144 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3825  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  41.1 
 
 
589 aa  50.4  0.0001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0624707 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3428  TPR domain-containing protein  27.34 
 
 
399 aa  50.1  0.0002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3158  cytochrome C family protein  26.33 
 
 
597 aa  49.7  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  26.32 
 
 
612 aa  49.3  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2893  O-linked N-acetylglucosamine transferase  27.04 
 
 
397 aa  50.1  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.272299 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  26.99 
 
 
340 aa  49.7  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0327  TPR repeat-containing protein  37.21 
 
 
413 aa  50.1  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.366106  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  24.4 
 
 
816 aa  49.7  0.0002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3398  TPR repeat-containing protein  24.62 
 
 
274 aa  49.7  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0527752  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0709  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.18 
 
 
864 aa  49.3  0.0003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.635546 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1512  TPR domain-containing protein  23.08 
 
 
550 aa  48.9  0.0003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0206479  n/a   
 
 
-
 
NC_011667  Tmz1t_2356  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  32.8 
 
 
359 aa  48.9  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.337618  normal  0.0354802 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3216  TPR repeat-containing protein  25.26 
 
 
643 aa  48.9  0.0003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000674385  hitchhiker  0.00000466075 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0632  tetratricopeptide protein)  35.19 
 
 
566 aa  49.3  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
465 aa  49.3  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  26.76 
 
 
374 aa  49.3  0.0003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2445  TPR repeat-containing protein  26.01 
 
 
351 aa  49.3  0.0003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0758357  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3742  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.93 
 
 
589 aa  48.9  0.0004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  27.56 
 
 
542 aa  48.9  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  25.29 
 
 
1737 aa  48.9  0.0004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3107  TPR repeat-containing protein  21.64 
 
 
219 aa  48.9  0.0004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  28.03 
 
 
615 aa  48.5  0.0004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1547  TPR domain-containing protein  29.13 
 
 
473 aa  48.5  0.0005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.661842  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1499  TPR repeat-containing protein  25.15 
 
 
486 aa  48.5  0.0005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0074  TPR repeat-containing protein  23.57 
 
 
567 aa  48.5  0.0005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00635622 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  21.81 
 
 
622 aa  48.5  0.0005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1855  sulfotransferase  31.47 
 
 
725 aa  48.1  0.0005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  25.97 
 
 
827 aa  48.1  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  27.44 
 
 
395 aa  47.8  0.0008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  28.05 
 
 
626 aa  47.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  27.71 
 
 
614 aa  47.8  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1870  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 
686 aa  47.8  0.0009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  28.05 
 
 
626 aa  47.4  0.001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1170  TPR repeat-containing protein  28.91 
 
 
472 aa  47.4  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.126874  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  24.12 
 
 
1138 aa  47  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3508  signal transduction protein  32.03 
 
 
1148 aa  47.4  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.139224 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>