More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2445 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2445  TPR repeat-containing protein  100 
 
 
351 aa  682    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0758357  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  83.76 
 
 
351 aa  568  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  85.19 
 
 
399 aa  554  1e-157  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3428  TPR domain-containing protein  85.47 
 
 
399 aa  541  1e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2654  hypothetical protein  59.38 
 
 
351 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2970  TPR repeat-containing protein  59.25 
 
 
364 aa  360  2e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47174  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3102  TPR domain protein  55.43 
 
 
389 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0131637  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  36.13 
 
 
755 aa  149  8e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  27.89 
 
 
784 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  30.25 
 
 
781 aa  75.9  0.0000000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  27.74 
 
 
799 aa  75.5  0.000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  26.45 
 
 
828 aa  73.6  0.000000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  28.62 
 
 
764 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  25.96 
 
 
1676 aa  68.2  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  29.86 
 
 
810 aa  64.7  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  29.11 
 
 
267 aa  64.3  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  24.39 
 
 
743 aa  63.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24161  hypothetical protein  24.34 
 
 
661 aa  63.2  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  29.14 
 
 
3145 aa  63.2  0.000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  28.52 
 
 
817 aa  62.8  0.000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1273  TPR repeat-containing protein  29.01 
 
 
879 aa  62.8  0.000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  28.16 
 
 
374 aa  62.8  0.000000009  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2762  TPR domain protein  28.65 
 
 
603 aa  62.4  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2382  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.65 
 
 
553 aa  62.4  0.00000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.407653 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0930  TPR repeat-containing protein  24.04 
 
 
329 aa  62.8  0.00000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  29.86 
 
 
878 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1530  TPR repeat-containing protein  28.25 
 
 
873 aa  62  0.00000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0304158  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  29.5 
 
 
802 aa  62  0.00000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.14 
 
 
632 aa  60.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1787  TPR repeat-containing protein  28.67 
 
 
543 aa  60.5  0.00000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.662156  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  27.71 
 
 
587 aa  60.5  0.00000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  27.44 
 
 
708 aa  60.5  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1312  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
1069 aa  60.5  0.00000005  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.530092  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  26.86 
 
 
685 aa  59.3  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0478  TPR domain-containing protein  28.14 
 
 
606 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  27.03 
 
 
837 aa  59.3  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3116  TPR domain-containing protein  28.21 
 
 
606 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.56398  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0573  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 
606 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.054966  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0757  hypothetical protein  28.21 
 
 
606 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0084  TPR domain-containing protein  28.21 
 
 
606 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  26.78 
 
 
767 aa  58.5  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0589  TPR repeat-containing protein  28.21 
 
 
606 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0397506  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2934  TPR domain-containing protein  28.21 
 
 
606 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.152208  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  28.21 
 
 
594 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1506  TPR domain-containing protein  28.21 
 
 
606 aa  58.5  0.0000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.000406366  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  21.86 
 
 
725 aa  58.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  25.14 
 
 
362 aa  57.8  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2321  TPR repeat-containing protein  26.94 
 
 
475 aa  57.8  0.0000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.084712  decreased coverage  0.00212856 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0446  TPR repeat-containing protein  26.04 
 
 
377 aa  57.8  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.021695 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  33.56 
 
 
828 aa  57.4  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.04 
 
 
557 aa  57.4  0.0000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2338  sulfotransferase  29.61 
 
 
762 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.355943  normal  0.127881 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2708  tetratricopeptide TPR_2  26.35 
 
 
979 aa  57.4  0.0000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.169437 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2716  TPR domain/sulfotransferase domain protein  29.61 
 
 
762 aa  57.4  0.0000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0100  TPR domain-containing protein  31.82 
 
 
790 aa  57  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  25.5 
 
 
4079 aa  56.6  0.0000006  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  28.3 
 
 
718 aa  56.2  0.0000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1187  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  21.24 
 
 
293 aa  55.8  0.000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0548059  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  27.1 
 
 
626 aa  55.5  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0602  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.89 
 
 
645 aa  55.8  0.000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000607684  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  29.45 
 
 
288 aa  55.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0911  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 
515 aa  55.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.19098  hitchhiker  0.00518464 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.7 
 
 
689 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  27.1 
 
 
614 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  27.1 
 
 
614 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  27.1 
 
 
614 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  27.1 
 
 
626 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  27.1 
 
 
614 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2579  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  23.9 
 
 
786 aa  55.1  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2418  TPR repeat-containing protein  24.74 
 
 
827 aa  55.5  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0362  TPR repeat-containing protein  28.48 
 
 
804 aa  54.7  0.000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.587657  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  25.59 
 
 
884 aa  55.5  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0616  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.27 
 
 
647 aa  55.1  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  6.1691e-34 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  27.1 
 
 
614 aa  55.5  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  25.78 
 
 
681 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3194  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  24.14 
 
 
349 aa  54.3  0.000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.756541  hitchhiker  0.0088423 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1987  TPR repeat-containing protein  30.32 
 
 
934 aa  54.3  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0465352  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0991  TPR repeat-containing protein  22.83 
 
 
357 aa  54.3  0.000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00161827  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  26.03 
 
 
773 aa  54.3  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3005  TPR repeat-containing protein  30.25 
 
 
1096 aa  54.3  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000321187 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0530  tetratricopeptide TPR_2  27.44 
 
 
392 aa  54.3  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003597  FOG: TPR repeat protein  28.02 
 
 
345 aa  54.3  0.000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1053  TPR domain-containing protein  30.41 
 
 
586 aa  53.9  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.038306  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  26.4 
 
 
265 aa  53.9  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 
505 aa  53.9  0.000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  24.34 
 
 
808 aa  53.9  0.000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1957  hypothetical protein  29.41 
 
 
475 aa  53.9  0.000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00211883  hitchhiker  0.00150316 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0516  TPR repeat-containing protein  29.3 
 
 
607 aa  54.3  0.000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.199101  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4031  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.31 
 
 
477 aa  53.9  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.636683  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0156  TPR repeat-containing protein  27.41 
 
 
955 aa  53.9  0.000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0441  TPR repeat-containing protein  28.83 
 
 
1085 aa  53.5  0.000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.239248 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0551  TPR domain-containing protein  33.9 
 
 
541 aa  53.5  0.000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.475712  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1139  TPR repeat-containing protein  24.18 
 
 
357 aa  53.9  0.000005  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.0000045072  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  22.11 
 
 
448 aa  53.5  0.000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1166  TPR domain-containing protein  26.03 
 
 
266 aa  53.5  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.194624  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11910  TPR repeat-containing protein  25.29 
 
 
394 aa  53.5  0.000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000944223  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3865  TPR repeat protein  30.91 
 
 
503 aa  53.1  0.000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  22.77 
 
 
565 aa  53.5  0.000006  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  31.21 
 
 
2262 aa  53.5  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3478  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.84 
 
 
274 aa  53.1  0.000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>