More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_2526 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  63.66 
 
 
828 aa  984    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  51.61 
 
 
781 aa  730    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  60.18 
 
 
773 aa  937    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  100 
 
 
784 aa  1613    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  59.1 
 
 
817 aa  948    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3872  cytochrome C family protein  44.32 
 
 
742 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.817906  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  38.48 
 
 
743 aa  538  1e-151  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  40 
 
 
764 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3059  TPR repeat-containing protein  38.57 
 
 
771 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  37.5 
 
 
708 aa  483  1e-135  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2987  TPR domain-containing protein  36.51 
 
 
778 aa  478  1e-133  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.353968  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3652  TPR repeat-containing protein  36.12 
 
 
729 aa  448  1.0000000000000001e-124  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0372176  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  37.65 
 
 
755 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5770  TPR repeat-containing protein  36.36 
 
 
764 aa  442  9.999999999999999e-123  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0786479  normal  0.562645 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6906  cytochrome C family protein  36.85 
 
 
758 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  32.25 
 
 
799 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  36.33 
 
 
802 aa  434  1e-120  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3991  TPR repeat-containing protein  41.95 
 
 
687 aa  420  1e-116  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0783  hypothetical protein  35.83 
 
 
651 aa  422  1e-116  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3109  hypothetical protein  36.01 
 
 
649 aa  390  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0379  cytochrome C family protein  28.69 
 
 
767 aa  252  2e-65  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.295116  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2521  hypothetical protein  27.45 
 
 
640 aa  141  6e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0100183  normal  0.93164 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1942  hypothetical protein  26.21 
 
 
425 aa  96.3  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.253838  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2654  hypothetical protein  28.14 
 
 
351 aa  92  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2970  TPR repeat-containing protein  27.99 
 
 
364 aa  88.6  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47174  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  28.33 
 
 
399 aa  88.2  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  28.23 
 
 
351 aa  87  0.000000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3428  TPR domain-containing protein  28.33 
 
 
399 aa  85.1  0.000000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2445  TPR repeat-containing protein  27.99 
 
 
351 aa  81.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0758357  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1803  hypothetical protein  23.46 
 
 
394 aa  76.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  31.51 
 
 
685 aa  75.9  0.000000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2292  hypothetical protein  25.13 
 
 
390 aa  75.5  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100786 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3102  TPR domain protein  26.21 
 
 
389 aa  74.7  0.000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0131637  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  34.62 
 
 
681 aa  72  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  30.63 
 
 
545 aa  72  0.00000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2000  TPR repeat-containing protein  35.92 
 
 
776 aa  71.6  0.00000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.597232  normal  0.450618 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3498  hypothetical protein  26.72 
 
 
391 aa  71.2  0.00000000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.363795  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  31.41 
 
 
632 aa  69.7  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3600  hypothetical protein  21.21 
 
 
556 aa  69.7  0.0000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  30.14 
 
 
603 aa  69.3  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  27.72 
 
 
909 aa  68.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  28.99 
 
 
637 aa  68.9  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0594  hypothetical protein  21.81 
 
 
403 aa  67.8  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.405958  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.26 
 
 
810 aa  67.4  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  29.11 
 
 
340 aa  67.4  0.0000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  26.63 
 
 
725 aa  67  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0200  TPR repeat-containing protein  32.75 
 
 
505 aa  67.4  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1636  TPR repeat-containing protein  26.87 
 
 
968 aa  66.2  0.000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  28.18 
 
 
587 aa  66.6  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  30.94 
 
 
816 aa  66.2  0.000000002  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  29.11 
 
 
374 aa  66.2  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  27.67 
 
 
878 aa  66.6  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2770  hypothetical protein  28.18 
 
 
519 aa  66.6  0.000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0639  TPR repeat-containing protein  34.71 
 
 
542 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2659  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.25 
 
 
565 aa  65.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.144865 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  29.83 
 
 
362 aa  65.5  0.000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  29.37 
 
 
795 aa  65.5  0.000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  26.92 
 
 
1737 aa  65.5  0.000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2041  serine/threonine protein kinase with TPR repeats  40 
 
 
884 aa  65.1  0.000000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.443497 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0993  cytochrome C family protein  25.97 
 
 
595 aa  65.1  0.000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7517  hypothetical protein  32.95 
 
 
703 aa  65.1  0.000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.328747  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4628  TPR repeat-containing protein  31.97 
 
 
714 aa  64.7  0.000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.342126 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1232  TPR repeat-containing protein  30.37 
 
 
750 aa  64.7  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.967237  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  31.79 
 
 
395 aa  64.3  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2476  TPR domain-containing protein  34.75 
 
 
566 aa  63.9  0.00000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.834275  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  30.92 
 
 
865 aa  63.9  0.00000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1260  TPR repeat-containing protein  30.68 
 
 
573 aa  63.9  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.439457 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  32.81 
 
 
620 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  34.38 
 
 
639 aa  63.5  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  25 
 
 
739 aa  62.8  0.00000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1092  TPR repeat-containing protein  27.13 
 
 
612 aa  62.8  0.00000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  26.4 
 
 
875 aa  62.8  0.00000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0742  hypothetical protein  22.78 
 
 
563 aa  62.4  0.00000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.345511 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0616  TPR repeat-containing protein  32.18 
 
 
974 aa  62.4  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  29.03 
 
 
722 aa  62.4  0.00000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2530  TPR repeat-containing protein  33.82 
 
 
608 aa  62.4  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.187337  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0689  TPR repeat-containing protein  25.79 
 
 
632 aa  62  0.00000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000734837  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2439  TPR repeat-containing protein  29.71 
 
 
448 aa  62  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0207467  normal  0.980065 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00381  hypothetical protein  31.3 
 
 
437 aa  61.6  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  30.83 
 
 
3145 aa  61.6  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1635  TPR repeat-containing protein  38.17 
 
 
502 aa  61.6  0.00000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.628977  normal  0.0608615 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3239  tetratricopeptide TPR_2  28.46 
 
 
955 aa  61.6  0.00000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.502177  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  25.7 
 
 
622 aa  61.6  0.00000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1753  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 
362 aa  61.2  0.00000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3262  hypothetical protein  37.1 
 
 
453 aa  61.2  0.00000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.931902  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1350  TPR repeat-containing protein  42.4 
 
 
766 aa  61.2  0.00000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2266  tetratricopeptide TPR_2  29.37 
 
 
1213 aa  61.2  0.00000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6918  TPR repeat-containing protein  32.88 
 
 
847 aa  60.8  0.00000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378966  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1499  TPR repeat-containing protein  26.4 
 
 
486 aa  60.8  0.00000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3213  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.04 
 
 
639 aa  60.8  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000022774  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0232  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
649 aa  60.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24081  hypothetical protein  26.26 
 
 
764 aa  60.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1661  TPR repeat-containing protein  37.4 
 
 
502 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0601508  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1181  tetratricopeptide TPR_2  37.4 
 
 
502 aa  60.1  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.591026  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2875  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 
649 aa  60.8  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 
620 aa  60.5  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1568  hypothetical protein  24.36 
 
 
820 aa  60.5  0.0000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2904  TPR repeat-containing protein  25.71 
 
 
265 aa  60.5  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000121078  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0738  TPR repeat-containing protein  28.78 
 
 
323 aa  59.3  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  hitchhiker  0.00630781  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0099  TPR repeat-containing protein  28.81 
 
 
243 aa  60.1  0.0000002  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>