111 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0742 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009831  Ssed_0742  hypothetical protein  100 
 
 
563 aa  1164    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.345511 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3600  hypothetical protein  72.58 
 
 
556 aa  835    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3259  hypothetical protein  38.27 
 
 
536 aa  336  7.999999999999999e-91  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2716  hypothetical protein  37.46 
 
 
516 aa  330  4e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3858  hypothetical protein  37.76 
 
 
539 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.997252  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2770  hypothetical protein  37.17 
 
 
519 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2918  hypothetical protein  38.39 
 
 
469 aa  277  4e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1942  hypothetical protein  29.18 
 
 
425 aa  97.1  8e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.253838  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2292  hypothetical protein  26.46 
 
 
390 aa  80.5  0.00000000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100786 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3109  hypothetical protein  26.3 
 
 
649 aa  77.8  0.0000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3248  hypothetical protein  25.68 
 
 
697 aa  73.6  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0063  hypothetical protein  24.54 
 
 
656 aa  69.3  0.0000000002  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02378  hypothetical protein  43.48 
 
 
814 aa  66.6  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3991  TPR repeat-containing protein  28.1 
 
 
687 aa  66.6  0.000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  22.2 
 
 
799 aa  65.9  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3393  putative outer membrane adhesin like protein  41.88 
 
 
1215 aa  66.2  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0139307 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0560  putative outer membrane adhesin like protein  41.88 
 
 
1215 aa  65.9  0.000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3498  hypothetical protein  24.12 
 
 
391 aa  65.5  0.000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.363795  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4002  cytochrome c, putative  25.8 
 
 
687 aa  65.1  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004053  hypothetical protein  46.74 
 
 
994 aa  64.7  0.000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000445976  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  24.16 
 
 
802 aa  63.9  0.000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0479  cytochrome c, putative  37.61 
 
 
709 aa  62.4  0.00000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  22.78 
 
 
784 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3542  cytochrome c, putative  25.63 
 
 
709 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0489  cytochrome c, putative  37.61 
 
 
709 aa  62.8  0.00000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0488  cytochrome c, putative  37.61 
 
 
709 aa  62  0.00000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  51.65 
 
 
4848 aa  61.2  0.00000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3364  cytochrome c, putative  24.14 
 
 
709 aa  61.2  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3877  cytochrome c, putative  36.11 
 
 
709 aa  61.6  0.00000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.845575  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1803  hypothetical protein  24.31 
 
 
394 aa  61.6  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3872  cytochrome C family protein  22.82 
 
 
742 aa  61.6  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.817906  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3594  outer membrane adhesin like proteiin  40.17 
 
 
1215 aa  60.5  0.00000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  24.09 
 
 
708 aa  60.5  0.00000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  23.84 
 
 
743 aa  60.1  0.0000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4477  cytochrome c, putative  23.35 
 
 
678 aa  60.1  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  42.86 
 
 
3191 aa  58.9  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3660  putative outer membrane adhesin like proteiin  39.32 
 
 
1215 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3783  outer membrane adhesin like proteiin  39.32 
 
 
1215 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  36.03 
 
 
1597 aa  58.5  0.0000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0783  hypothetical protein  24.02 
 
 
651 aa  58.2  0.0000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4456  cytochrome c, putative  36.04 
 
 
676 aa  57.8  0.0000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1102  ATPase  40.57 
 
 
2848 aa  57.4  0.0000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.456945 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  40.4 
 
 
3816 aa  57  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  40.17 
 
 
721 aa  56.6  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0348  cytochrome c, putative  36.04 
 
 
679 aa  56.2  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0479  cytochrome c, putative  34.82 
 
 
678 aa  55.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0503  cytochrome c, putative  35.14 
 
 
676 aa  56.2  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1048  hypothetical protein  39.39 
 
 
1126 aa  55.5  0.000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00227105  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2963  cytochrome c, putative  22.96 
 
 
656 aa  55.5  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.364995  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0223  fibronectin, type III  41 
 
 
1911 aa  55.5  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  32.52 
 
 
892 aa  55.1  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2987  TPR domain-containing protein  23.85 
 
 
778 aa  54.7  0.000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.353968  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  21.72 
 
 
755 aa  55.1  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0482  cytochrome c, putative  35.14 
 
 
678 aa  54.7  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3639  cytochrome C family protein  26.99 
 
 
353 aa  55.1  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0348181  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3728  cadherin  41 
 
 
3089 aa  54.3  0.000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0493  cytochrome c, putative  23.06 
 
 
676 aa  54.3  0.000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3059  TPR repeat-containing protein  25.27 
 
 
771 aa  54.3  0.000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  24.35 
 
 
764 aa  53.9  0.000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5770  TPR repeat-containing protein  23.42 
 
 
764 aa  53.5  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0786479  normal  0.562645 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0313  hypothetical protein  25.33 
 
 
408 aa  53.1  0.00001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1642  peptidase M11, gametolysin  39.78 
 
 
1022 aa  52.8  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0359  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  42.39 
 
 
846 aa  52.8  0.00002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  25.18 
 
 
781 aa  52.4  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3051  cytochrome c, putative  22.92 
 
 
650 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.315453  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3159  cytochrome c, putative  22.85 
 
 
652 aa  52.4  0.00002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.38556  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6906  cytochrome C family protein  21.03 
 
 
758 aa  52.8  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0806  cytochrome c family protein  23.91 
 
 
645 aa  51.6  0.00004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.733591  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0168  Ig family protein  34.06 
 
 
3544 aa  50.8  0.00006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4189  Ig family protein  41.94 
 
 
2503 aa  50.4  0.00008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1752  proprotein convertase, P  39 
 
 
1367 aa  50.4  0.00008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  24.94 
 
 
828 aa  50.4  0.00009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  45.12 
 
 
8321 aa  49.7  0.0001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0166  putative outer membrane adhesin like proteiin  41.94 
 
 
3699 aa  49.7  0.0001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1773  peptidase M11 gametolysin  43.53 
 
 
1027 aa  50.1  0.0001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1330  Fibronectin type III domain protein  35.05 
 
 
2056 aa  50.1  0.0001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000696723 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  40.95 
 
 
2816 aa  49.3  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0015  hypothetical protein  25.88 
 
 
664 aa  49.3  0.0002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2796  fibronectin type III domain-containing protein  38.68 
 
 
2153 aa  49.3  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3262  hypothetical protein  22.68 
 
 
453 aa  49.7  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.931902  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3369  hypothetical protein  42.05 
 
 
722 aa  49.7  0.0002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0170  outer membrane adhesin like proteiin  41.94 
 
 
3699 aa  48.9  0.0002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.388732 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1331  Fibronectin type III domain protein  28.03 
 
 
2040 aa  48.1  0.0004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000211706 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0189  fibronectin type III domain-containing protein  40.43 
 
 
2522 aa  47.8  0.0005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  21.7 
 
 
817 aa  47.8  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  41.76 
 
 
2839 aa  47.8  0.0005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4855  YVTN beta-propeller repeat-containing protein  44.3 
 
 
2114 aa  47.4  0.0006  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.656621  normal  0.707732 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2532  multicopper oxidase, type 2  33.65 
 
 
1131 aa  47.8  0.0006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3110  hypothetical protein  24.08 
 
 
916 aa  47.4  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3592  hypothetical protein  32.23 
 
 
1727 aa  47.4  0.0008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2482  hypothetical protein  27.95 
 
 
561 aa  47.4  0.0008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.995863  normal  0.0219779 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1759  Fibronectin type III domain protein  33.33 
 
 
2067 aa  47.4  0.0008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.77836  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3323  hypothetical protein  36.27 
 
 
3477 aa  47  0.001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00195201 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  21.74 
 
 
773 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3550  fibronectin, type III domain-containing protein  44.87 
 
 
2476 aa  47  0.001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1286  fibronectin, type III domain-containing protein  34.02 
 
 
2051 aa  45.8  0.002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0703  hypothetical protein  24.51 
 
 
690 aa  46.2  0.002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  hitchhiker  0.00189573  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3885  RTX cytolytic toxin protein A  38.1 
 
 
1394 aa  45.8  0.002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2665  multicopper oxidase type 2  29.41 
 
 
1131 aa  45.1  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.717674 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5959  outer membrane adhesin like proteiin  39.8 
 
 
2567 aa  45.1  0.004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33422  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>