More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5959 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4149  RTX toxin, putative  38.48 
 
 		 5020 aa  764    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5959  outer membrane adhesin like proteiin  100 
 
 		 2567 aa  4811    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33422  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0510  putative outer membrane adhesin like proteiin  40.23 
 
 		 2812 aa  835    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3199  VCBS  44.91 
 
 		 4854 aa  1186    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  41.08 
 
 		 1883 aa  783    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3331  outer membrane adhesin like proteiin  37.98 
 
 		 3439 aa  762    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0676  VCBS  33.37 
 
 		 4661 aa  652    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000119465 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1638  VCBS  38.96 
 
 		 5094 aa  731    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0384  hypothetical protein  38.26 
 
 		 4285 aa  721    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0479  outer membrane adhesin like proteiin  34.1 
 
 		 3229 aa  615  9.999999999999999e-175  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0478  outer membrane adhesin like proteiin  32.22 
 
 		 3259 aa  555  1e-156  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001580  rTX toxin putative  37.36 
 
 		 2743 aa  533  1e-149  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1242  VCBS  32.3 
 
 		 16311 aa  531  1e-149  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2430  VBCS repeat-containing protein  31.03 
 
 		 3758 aa  471  1.0000000000000001e-131  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0738  VCBS  29.62 
 
 		 8871 aa  419  9.999999999999999e-116  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0150  outer membrane adhesin like proteiin  38.22 
 
 		 1206 aa  409  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1122  outer membrane adhesin like proteiin  28.17 
 
 		 2784 aa  405  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1637  VCBS  36.83 
 
 		 2127 aa  368  1e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4004  putative outer membrane adhesin like proteiin  44.44 
 
 		 2239 aa  336  4e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.328168  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0369  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.83 
 
 		 2067 aa  331  1.0000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.936845  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0367  VCBS  28.73 
 
 		 6678 aa  321  9e-86  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.410615 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4138  hypothetical protein  26.25 
 
 		 3182 aa  314  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2179  putative outer membrane adhesin like proteiin  40.64 
 
 		 14916 aa  282  6e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0797  outer membrane adhesin like proteiin  39.03 
 
 		 1141 aa  280  3e-73  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000422857  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0314  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.7 
 
 		 1553 aa  264  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0526571  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5407  hypothetical protein  29.03 
 
 		 3714 aa  235  9e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3182  putative outer membrane adhesin-like protein  27.94 
 
 		 3132 aa  229  7e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.28 
 
 		 1884 aa  214  2e-53  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3075  outer membrane adhesin like proteiin  28.03 
 
 		 3508 aa  211  1e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0276  outer membrane adhesin like proteiin  24.53 
 
 		 3091 aa  201  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  25.81 
 
 		 5745 aa  200  3e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1905  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.42 
 
 		 1963 aa  196  5e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.849124 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  26.82 
 
 		 8321 aa  191  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  26.14 
 
 		 4978 aa  189  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1239  VCBS  28.24 
 
 		 2461 aa  184  2.9999999999999997e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5368  outer membrane adhesin like protein  28.97 
 
 		 3927 aa  174  3e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1291  outer membrane adhesin like proteiin  28.49 
 
 		 2555 aa  149  7.0000000000000006e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.983971 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3695  proprotein convertase P  41.6 
 
 		 2911 aa  137  3e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.523637 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3739  outer membrane adhesin like proteiin  33.73 
 
 		 4231 aa  135  6.999999999999999e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1560  VCBS  54.4 
 
 		 1838 aa  133  6e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431864  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4137  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.72 
 
 		 1599 aa  133  6e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2246  VCBS  46.27 
 
 		 5769 aa  131  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0616  peptidase, metallopeptidases  32.97 
 
 		 745 aa  129  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  40.43 
 
 		 2775 aa  127  3e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5287  serralysin  37.76 
 
 		 648 aa  124  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0805  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  36.98 
 
 		 1236 aa  123  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1884  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  32.43 
 
 		 588 aa  122  9.999999999999999e-26  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0760067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0583  putative Ig  30.82 
 
 		 1055 aa  120  3e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  41.84 
 
 		 1712 aa  117  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4191  hemolysin-type calcium-binding region  29.63 
 
 		 982 aa  115  2.0000000000000002e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.735923  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  37.35 
 
 		 3209 aa  113  6e-23  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  27.13 
 
 		 3191 aa  111  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  37.38 
 
 		 2667 aa  111  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.59 
 
 		 2678 aa  111  2e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4058  hemolysin-type calcium-binding region  39.91 
 
 		 1072 aa  110  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.402749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0358  hemolysin-type calcium-binding region  33.42 
 
 		 503 aa  109  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5000  hemolysin-type calcium-binding region  33.02 
 
 		 574 aa  109  9e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410599 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4929  hemolysin-type calcium-binding region  41.94 
 
 		 2097 aa  107  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1416  hypothetical protein  40.08 
 
 		 1424 aa  105  9e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259976  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  40 
 
 		 946 aa  105  1e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2426  hemolysin-type calcium-binding region  32.66 
 
 		 503 aa  105  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0755943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  38.55 
 
 		 1164 aa  105  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3539  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  37.76 
 
 		 556 aa  104  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223263  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0379  VCBS  28.94 
 
 		 7284 aa  103  6e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.943155 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3855  hemolysin-type calcium-binding protein  32.02 
 
 		 1029 aa  102  7e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.460711  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4185  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  32.02 
 
 		 1029 aa  102  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.610735 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0560  hemolysin-type calcium-binding region  39.74 
 
 		 1079 aa  102  1e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545421  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06128  hypothetical protein  24.22 
 
 		 6211 aa  100  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0793  hemolysin-type calcium-binding region  29.44 
 
 		 795 aa  100  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.873812  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1748  Hemolysin-type calcium-binding region  37.1 
 
 		 759 aa  99.8  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.155596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  33.73 
 
 		 3026 aa  99  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  35.28 
 
 		 1534 aa  98.2  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2885  PKD domain-containing protein  33.97 
 
 		 991 aa  97.8  2e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2786  hemolysin-type calcium-binding region  36.62 
 
 		 518 aa  97.8  2e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.248121  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1696  metallophosphoesterase  36.75 
 
 		 2105 aa  97.4  3e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4357  Hemolysin-type calcium-binding region  34.96 
 
 		 546 aa  97.1  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5032  hemolysin-type calcium-binding region  38.38 
 
 		 387 aa  96.7  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.867375 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1879  Hemolysin-type calcium-binding region  36.08 
 
 		 2836 aa  95.5  1e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  36.3 
 
 		 1795 aa  94.7  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0632  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  35.18 
 
 		 1415 aa  94  3e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  36.75 
 
 		 589 aa  94.4  3e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4884  serralysin  34.38 
 
 		 727 aa  93.6  4e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2501  Cadherin  37.29 
 
 		 942 aa  93.2  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.390828  normal  0.873412 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1733  Ig family protein  33.33 
 
 		 395 aa  93.2  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2619  PKD domain-containing protein  34.45 
 
 		 998 aa  92.8  7e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.735156  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2591  cadherin  34.33 
 
 		 2145 aa  93.2  7e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.213456 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  32.41 
 
 		 1019 aa  92  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1708  Hemolysin-type calcium-binding region  32.44 
 
 		 395 aa  92.4  1e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4565  hemolysin-type calcium-binding region  36.88 
 
 		 387 aa  92.4  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.520328  normal  0.522149 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1854  hemolysin-type calcium-binding region  31.39 
 
 		 5171 aa  91.7  2e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000611986 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  37.93 
 
 		 3619 aa  90.9  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  34.69 
 
 		 4334 aa  90.9  3e-16  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4192  hemolysin-type calcium-binding region  32.55 
 
 		 1287 aa  90.5  3e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2335  hemolysin-type calcium-binding region  35.19 
 
 		 2198 aa  90.5  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2426  Hemolysin-type calcium-binding region  35.2 
 
 		 1884 aa  90.1  5e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.484615  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1701  5'-nucleotidase domain-containing protein  34.23 
 
 		 980 aa  89.7  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.507606  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7154  hypothetical protein  39.56 
 
 		 2039 aa  89.7  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  36.59 
 
 		 1532 aa  89.4  8e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1367  hemolysin-type calcium-binding protein  33.74 
 
 		 757 aa  88.6  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3872  hemolysin-type calcium-binding region  36.71 
 
 		 1895 aa  88.6  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308786  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>