More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1294 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007512  Plut_0676  VCBS  31.44 
 
 		 4661 aa  645    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000119465 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  100 
 
 		 8321 aa  15240    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4149  RTX toxin, putative  27.19 
 
 		 5020 aa  476  1.0000000000000001e-131  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0384  hypothetical protein  29.75 
 
 		 4285 aa  444  9.999999999999999e-123  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1905  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.61 
 
 		 1963 aa  431  1e-118  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.849124 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  31.13 
 
 		 5745 aa  420  9.999999999999999e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0168  Ig family protein  33.96 
 
 		 3544 aa  394  1e-107  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0170  outer membrane adhesin like proteiin  32.17 
 
 		 3699 aa  325  3e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.388732 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0478  outer membrane adhesin like proteiin  26.76 
 
 		 3259 aa  322  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0166  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.73 
 
 		 3699 aa  319  1.9999999999999998e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3233  hypothetical protein  25.8 
 
 		 4465 aa  315  2.9999999999999997e-83  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.226873 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2430  VBCS repeat-containing protein  25.9 
 
 		 3758 aa  284  5e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  27.25 
 
 		 4848 aa  273  1e-70  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0367  VCBS  28.71 
 
 		 6678 aa  260  8e-67  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.410615 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0368  cadherin  30.61 
 
 		 5444 aa  260  8e-67  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0479  outer membrane adhesin like proteiin  26.54 
 
 		 3229 aa  246  9e-63  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4138  hypothetical protein  27.07 
 
 		 3182 aa  235  3e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0738  VCBS  25.72 
 
 		 8871 aa  217  1e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5959  outer membrane adhesin like proteiin  26.76 
 
 		 2567 aa  210  8e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33422  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3739  outer membrane adhesin like proteiin  25.43 
 
 		 4231 aa  207  8e-51  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  32.79 
 
 		 1884 aa  202  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3182  putative outer membrane adhesin-like protein  25.42 
 
 		 3132 aa  196  1e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  26.93 
 
 		 3191 aa  192  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1291  outer membrane adhesin like proteiin  30.47 
 
 		 2555 aa  188  4.0000000000000006e-45  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.983971 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1094  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.22 
 
 		 11716 aa  187  9.000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511917 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3331  outer membrane adhesin like proteiin  24.17 
 
 		 3439 aa  184  5.999999999999999e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4139  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.91 
 
 		 4122 aa  184  5.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0491  outer membrane adhesin like proteiin  28.88 
 
 		 7149 aa  182  2e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  29.01 
 
 		 3474 aa  179  1.9999999999999998e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  28.57 
 
 		 1597 aa  174  8e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5368  outer membrane adhesin like protein  28.83 
 
 		 3927 aa  173  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  27.87 
 
 		 4978 aa  170  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2094  outer membrane adhesin like proteiin  30.74 
 
 		 1428 aa  165  3e-38  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1242  VCBS  27.44 
 
 		 16311 aa  163  2e-37  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1637  VCBS  29.45 
 
 		 2127 aa  156  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0510  putative outer membrane adhesin like proteiin  25.66 
 
 		 2812 aa  149  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0369  putative outer membrane adhesin like proteiin  25.67 
 
 		 2067 aa  145  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.936845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1638  VCBS  28.22 
 
 		 5094 aa  137  7.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0379  VCBS  30.75 
 
 		 7284 aa  135  4.0000000000000003e-29  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.943155 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4603  outer membrane adhesin like proteiin  31.14 
 
 		 1867 aa  135  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.873009  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2653  hypothetical protein  33.82 
 
 		 676 aa  133  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.135557  normal  0.0988839 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  27.6 
 
 		 2839 aa  133  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0563  type 1 secretion C-terminal target domain protein  26.97 
 
 		 1706 aa  129  3e-27  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0565  Ig family protein  25.88 
 
 		 2820 aa  125  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0313  putative outer membrane adhesin like proteiin  47.02 
 
 		 4836 aa  124  7.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.971398 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2342  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.73 
 
 		 2812 aa  123  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000136287 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  31.97 
 
 		 892 aa  123  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1122  outer membrane adhesin like proteiin  26.05 
 
 		 2784 aa  122  3e-25  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.27 
 
 		 994 aa  122  3.9999999999999997e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0189  fibronectin type III domain-containing protein  29.54 
 
 		 2522 aa  120  1.0000000000000001e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0382  putative outer membrane adhesin like proteiin  39.06 
 
 		 5839 aa  120  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3199  VCBS  38.03 
 
 		 4854 aa  117  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0436  putative outer membrane adhesin like proteiin  40.17 
 
 		 5787 aa  116  1.0000000000000001e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0470  Ig family protein  24.39 
 
 		 2853 aa  116  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4098  outer membrane adhesin like proteiin  45.68 
 
 		 6662 aa  115  3e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3982  putative outer membrane adhesin like proteiin  45.68 
 
 		 6683 aa  115  4.0000000000000004e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3905  outer membrane adhesin like proteiin  45.34 
 
 		 6779 aa  113  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4004  putative outer membrane adhesin like proteiin  45.68 
 
 		 2239 aa  113  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.328168  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4071  parallel beta-helix repeat-containing protein  40.43 
 
 		 1109 aa  110  9e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.041867 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3709  hemolysin-type calcium-binding region  38.33 
 
 		 2704 aa  110  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.406778 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4189  Ig family protein  33.87 
 
 		 2503 aa  107  9e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  38.05 
 
 		 3816 aa  107  9e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1018  hypothetical protein  27.79 
 
 		 2767 aa  107  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.556407 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20050  hypothetical protein  30.43 
 
 		 721 aa  106  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.127306  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0188  hypothetical protein  41.51 
 
 		 9030 aa  105  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220008 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1877  hypothetical protein  41.21 
 
 		 1699 aa  105  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.070874 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0314  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.45 
 
 		 1553 aa  105  5e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0526571  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5060  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  41.03 
 
 		 5962 aa  105  5e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.943676 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0168  surface adhesion protein, putative  41.51 
 
 		 8682 aa  104  8e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.810778 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0054  hypothetical protein  29.76 
 
 		 2353 aa  104  8e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0186  hypothetical protein  42.14 
 
 		 6753 aa  104  8e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306412 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3591  putative outer membrane adhesin like proteiin  44.58 
 
 		 4220 aa  103  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1806  hemolysin-type calcium-binding region  49.67 
 
 		 3184 aa  103  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387385 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0477  outer membrane adhesin like proteiin  44.51 
 
 		 16322 aa  102  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4317  RTX toxin, putative  43.93 
 
 		 2768 aa  102  4e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0133  von Willebrand factor, type A  47.24 
 
 		 5218 aa  100  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809343 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0006  von Willebrand factor type A  47.86 
 
 		 2452 aa  100  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  28.53 
 
 		 1883 aa  100  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1752  proprotein convertase, P  35.19 
 
 		 1367 aa  99.8  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3766  hemolysin-type calcium-binding protein  38.46 
 
 		 1166 aa  99  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.234003  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2814  peptidase-like  26.89 
 
 		 2334 aa  99  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3075  outer membrane adhesin like proteiin  26.04 
 
 		 3508 aa  98.6  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1227  cadherin domain-containing protein  42.77 
 
 		 2251 aa  98.2  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1152  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.61 
 
 		 3363 aa  98.2  6e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001580  rTX toxin putative  26.16 
 
 		 2743 aa  98.2  6e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.08 
 
 		 850 aa  98.2  6e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3686  parallel beta-helix repeat-containing protein  38.1 
 
 		 1066 aa  98.2  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.346515 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3060  von Willebrand factor type A  41.73 
 
 		 4678 aa  97.8  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1965  hypothetical protein  29.5 
 
 		 711 aa  97.4  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.973431  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3258  putative outer membrane adhesin like protein  35.17 
 
 		 4214 aa  97.4  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.523735 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06128  hypothetical protein  34.86 
 
 		 6211 aa  95.9  3e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0384  putative outer membrane adhesin like protein  37.06 
 
 		 5442 aa  94.4  8e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  27.09 
 
 		 9867 aa  93.2  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2554  proprotein convertase, P  39.31 
 
 		 1363 aa  92.4  3e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0681  structural toxin protein RtxA  42.76 
 
 		 7919 aa  92  4e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1215  type 1 secretion target domain protein  45.45 
 
 		 2542 aa  92.4  4e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3885  RTX cytolytic toxin protein A  30.67 
 
 		 1394 aa  91.7  5e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1310  hypothetical protein  43.04 
 
 		 542 aa  92  5e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0330443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3642  putative outer membrane adhesin like protein  39.61 
 
 		 4791 aa  91.7  6e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3694  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.01 
 
 		 2507 aa  91.3  7e-16  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>