More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_1806 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_1806  hemolysin-type calcium-binding region  100 
 
 		 3184 aa  6249    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387385 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0632  outer membrane adhesin like proteiin  27.95 
 
 		 7233 aa  369  1e-100  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0006  von Willebrand factor type A  49.79 
 
 		 2452 aa  330  2.0000000000000001e-88  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1665  outer membrane adhesin like proteiin  29.77 
 
 		 2825 aa  256  5.000000000000001e-66  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1846  putative outer membrane adhesin like proteiin  32.33 
 
 		 4876 aa  222  1e-55  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1662  von Willebrand factor type A  39.67 
 
 		 6006 aa  218  1.9999999999999998e-54  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0782  von Willebrand factor type A  35.75 
 
 		 5009 aa  192  7e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0384  hypothetical protein  34.84 
 
 		 4285 aa  185  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0594  von Willebrand factor, type A  34.08 
 
 		 686 aa  182  7e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.855968  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0478  outer membrane adhesin like proteiin  29.08 
 
 		 3259 aa  176  1e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06128  hypothetical protein  28.84 
 
 		 6211 aa  169  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0368  cadherin  33.4 
 
 		 5444 aa  167  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000324  autotransporter adhesin  29.05 
 
 		 5123 aa  162  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0008  Hemolysin-type calcium-binding region  31.28 
 
 		 2336 aa  152  1.0000000000000001e-34  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0388  hypothetical protein  30.84 
 
 		 3263 aa  140  4e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0783  outer membrane adhesin like proteiin  34.69 
 
 		 4748 aa  136  6.999999999999999e-30  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0313  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.7 
 
 		 4836 aa  129  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.971398 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0681  structural toxin protein RtxA  32.03 
 
 		 7919 aa  127  4e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1666  von Willebrand factor type A  30.43 
 
 		 1232 aa  127  5e-27  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.854406  normal  0.168302 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0699  structural toxin protein RtxA  29.12 
 
 		 7679 aa  118  2.0000000000000002e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0436  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.93 
 
 		 5787 aa  110  4e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4004  putative outer membrane adhesin like proteiin  36.72 
 
 		 2239 aa  109  9e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.328168  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0186  hypothetical protein  34.03 
 
 		 6753 aa  107  3e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306412 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4098  outer membrane adhesin like proteiin  35.88 
 
 		 6662 aa  107  5e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3982  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.88 
 
 		 6683 aa  107  6e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3905  outer membrane adhesin like proteiin  36.42 
 
 		 6779 aa  106  8e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0168  surface adhesion protein, putative  33.56 
 
 		 8682 aa  105  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.810778 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1215  type 1 secretion target domain protein  38.53 
 
 		 2542 aa  105  2e-20  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0188  hypothetical protein  33.56 
 
 		 9030 aa  104  3e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220008 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1877  hypothetical protein  45.35 
 
 		 1699 aa  104  3e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.070874 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  49.67 
 
 		 8321 aa  103  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0133  von Willebrand factor, type A  30.81 
 
 		 5218 aa  103  7e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809343 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02371  hypothetical protein  25.85 
 
 		 2127 aa  103  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5060  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  33.12 
 
 		 5962 aa  102  9e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.943676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3060  von Willebrand factor type A  33.93 
 
 		 4678 aa  102  1e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1310  hypothetical protein  49.35 
 
 		 542 aa  100  4e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0330443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0747  outer membrane adhesin like proteiin  28.71 
 
 		 1598 aa  99.4  1e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.525894 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2246  VCBS  29.48 
 
 		 5769 aa  98.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1463  VCBS  34.6 
 
 		 2887 aa  90.5  5e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.743526 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3709  hemolysin-type calcium-binding region  44.7 
 
 		 2704 aa  89.7  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.406778 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3258  putative outer membrane adhesin like protein  45.33 
 
 		 4214 aa  89  0.000000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.523735 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0382  putative outer membrane adhesin like proteiin  34 
 
 		 5839 aa  86.3  0.000000000000009  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0479  outer membrane adhesin like proteiin  39.87 
 
 		 3229 aa  85.9  0.00000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2342  putative outer membrane adhesin like proteiin  42.38 
 
 		 2812 aa  85.9  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000136287 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3766  hemolysin-type calcium-binding protein  44.17 
 
 		 1166 aa  84.7  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.234003  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4317  RTX toxin, putative  46.26 
 
 		 2768 aa  83.6  0.00000000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0306  hypothetical protein  41.36 
 
 		 1350 aa  83.2  0.00000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05070  putative hemagglutinin/hemolysin-related protein  55.29 
 
 		 4106 aa  82.4  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3199  VCBS  39.75 
 
 		 4854 aa  82.4  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3808  outer membrane adhesin like proteiin  41.67 
 
 		 2524 aa  82.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355585 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0491  outer membrane adhesin like proteiin  34.6 
 
 		 7149 aa  81.6  0.0000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4139  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.33 
 
 		 4122 aa  80.9  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3591  putative outer membrane adhesin like proteiin  45.07 
 
 		 4220 aa  80.5  0.0000000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0477  outer membrane adhesin like proteiin  59.46 
 
 		 16322 aa  77.4  0.000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0384  putative outer membrane adhesin like protein  51.4 
 
 		 5442 aa  75.9  0.00000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  31.45 
 
 		 4848 aa  74.7  0.00000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0314  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.21 
 
 		 1553 aa  74.3  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0526571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4603  outer membrane adhesin like proteiin  25.45 
 
 		 1867 aa  73.2  0.00000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.873009  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  46.15 
 
 		 1883 aa  72.4  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3933  PKD domain containing protein  37.6 
 
 		 1502 aa  72.8  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.114839  normal  0.527223 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1619  cadherin  46.59 
 
 		 1202 aa  71.2  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.42147  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0055  putative hemagglutinin/hemolysin-related protein  36.97 
 
 		 3314 aa  71.2  0.0000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1227  cadherin domain-containing protein  55.56 
 
 		 2251 aa  70.9  0.0000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4138  hypothetical protein  35.98 
 
 		 3182 aa  70.1  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0369  putative outer membrane adhesin like proteiin  41.04 
 
 		 2067 aa  67.4  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.936845  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.77 
 
 		 1795 aa  67  0.000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3885  RTX cytolytic toxin protein A  49.32 
 
 		 1394 aa  66.6  0.000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3849  calcium-binding protein, hemolysin-type  34.25 
 
 		 768 aa  65.9  0.00000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184239  normal  0.669368 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0020  hemolysin-type calcium-binding protein  31.05 
 
 		 2890 aa  65.1  0.00000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13810  Alginate lyase  42.31 
 
 		 417 aa  65.1  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1696  metallophosphoesterase  40.77 
 
 		 2105 aa  65.1  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001580  rTX toxin putative  38.17 
 
 		 2743 aa  64.7  0.00000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1416  hypothetical protein  42.5 
 
 		 1424 aa  64.3  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259976  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4728  endonuclease/exonuclease/phosphatase  46.43 
 
 		 2346 aa  63.9  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  29.86 
 
 		 3209 aa  62.4  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0304  hypothetical protein  46.15 
 
 		 1806 aa  62.8  0.0000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1495  von Willebrand factor type A  33.33 
 
 		 2478 aa  62.4  0.0000002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  38.06 
 
 		 9867 aa  61.6  0.0000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1313  hypothetical protein  32.54 
 
 		 2202 aa  61.6  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0210  serralysin  40.91 
 
 		 504 aa  61.6  0.0000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868189 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3160  hemolysin-type calcium-binding region  56.25 
 
 		 523 aa  61.6  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.243046 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0281  protein of unknown function DUF839  51.61 
 
 		 686 aa  61.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1569  Hemolysin-type calcium-binding region  40.74 
 
 		 341 aa  60.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.722713  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0050  hemolysin-type calcium-binding region  54.24 
 
 		 2296 aa  60.5  0.0000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.133604 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6850  Hemolysin-type calcium-binding region  52 
 
 		 565 aa  60.5  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7966  Hemolysin-type calcium-binding region  40.15 
 
 		 341 aa  60.5  0.0000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0124  hemolysin-type calcium-binding region  45.71 
 
 		 515 aa  60.1  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.968152 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1936  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  37.04 
 
 		 1016 aa  59.7  0.0000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4084  mannuronan C-5-epimerase, putative  43.02 
 
 		 1610 aa  59.7  0.0000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.202459  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2425  hypothetical protein  46.05 
 
 		 559 aa  59.7  0.0000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.306646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4884  serralysin  33.33 
 
 		 727 aa  59.7  0.0000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1710  hemolysin-type calcium-binding region  71.11 
 
 		 1582 aa  60.1  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3074  hemolysin-type calcium-binding region:haemolysin-type calcium binding related  51.56 
 
 		 855 aa  59.7  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0479509  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1562  RTX toxins and related Ca2+-binding proteins-like  63.83 
 
 		 769 aa  59.7  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.618227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1884  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  50.79 
 
 		 588 aa  59.7  0.0000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0760067  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1337  Integrins alpha chain  42.27 
 
 		 1434 aa  58.9  0.000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.153084  normal  0.903463 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1554  Hemolysin-type calcium-binding region  47.06 
 
 		 677 aa  58.9  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1339  Hemolysin-type calcium-binding region  57.41 
 
 		 8980 aa  59.3  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1701  5'-nucleotidase domain-containing protein  36.84 
 
 		 980 aa  58.9  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.507606  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3878  lipase  59.57 
 
 		 709 aa  58.5  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0292806 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>