More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_4084 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4084  mannuronan C-5-epimerase, putative  100 
 
 		 1610 aa  3172    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.202459  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3823  putative hemolysin-type calcium-binding region  89.44 
 
 		 1610 aa  2848    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00466543 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51230  Secreted mannuronan C-5 epimerase  51.94 
 
 		 874 aa  640    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51190  Secreted mannuronan C-5 epimerase  55.43 
 
 		 1403 aa  689    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.156968  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51180  Secreted mannuronan C-5 epimerase  50.46 
 
 		 998 aa  826    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51170  Secreted mannuronan C-5 epimerase  49.24 
 
 		 1839 aa  796    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33710  Secreted mannuronan C5-epimerase  50.96 
 
 		 998 aa  820    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51250  Secreted bifunctional mannuronan C-5 epimerase/alginate lyase  50 
 
 		 856 aa  622  1e-176  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51200  Secreted mannuronan C-5 epimerase  58.65 
 
 		 553 aa  585  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227069  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49400  Secreted mannuronan C5-epimerase-like protein  53.11 
 
 		 532 aa  478  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51240  Calcium-binding protein  38.47 
 
 		 1168 aa  330  2.0000000000000001e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.214851  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42310  hypothetical protein  47.69 
 
 		 858 aa  258  5e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.809887  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49360  hypothetical protein  46.41 
 
 		 901 aa  244  9e-63  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49350  hypothetical protein  45.48 
 
 		 889 aa  242  4e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3849  calcium-binding protein, hemolysin-type  42.99 
 
 		 768 aa  240  2e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184239  normal  0.669368 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4929  hemolysin-type calcium-binding region  35.58 
 
 		 2097 aa  215  7e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2334  lipase, class 3  41.53 
 
 		 2133 aa  210  2e-52  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.352335  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2335  hemolysin-type calcium-binding region  41.18 
 
 		 2198 aa  202  6e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0124  hemolysin-type calcium-binding region  39.62 
 
 		 515 aa  195  7e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.968152 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0722  hemolysin-type calcium-binding region  36.36 
 
 		 851 aa  190  2e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4542  serralysin  37.71 
 
 		 1134 aa  187  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.303365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4705  peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin  37.81 
 
 		 1133 aa  185  6e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0427656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0721  hemolysin-type calcium-binding region  36.19 
 
 		 1764 aa  181  1e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2326  hemolysin-type calcium-binding region  43.57 
 
 		 2467 aa  179  4e-43  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  39.88 
 
 		 3209 aa  176  2.9999999999999996e-42  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  43.67 
 
 		 2807 aa  175  5.999999999999999e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33540  hypothetical protein  38.1 
 
 		 340 aa  174  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.386759  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  44.69 
 
 		 2954 aa  172  5e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3353  heme peroxidase  45.61 
 
 		 3608 aa  171  9e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  45.95 
 
 		 3619 aa  166  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  45.95 
 
 		 3619 aa  163  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4802  glycoside hydrolase family protein  41 
 
 		 907 aa  163  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1886  hemolysin-type calcium-binding region  40.07 
 
 		 495 aa  162  6e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1708  Hemolysin-type calcium-binding region  36.72 
 
 		 395 aa  159  4e-37  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1733  Ig family protein  36.16 
 
 		 395 aa  155  5e-36  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3695  proprotein convertase P  41.18 
 
 		 2911 aa  150  2.0000000000000003e-34  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.523637 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0632  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  34.68 
 
 		 1415 aa  148  8.000000000000001e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  40.36 
 
 		 1855 aa  144  1.9999999999999998e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  44.59 
 
 		 4334 aa  143  3e-32  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0616  peptidase, metallopeptidases  32.35 
 
 		 745 aa  142  4.999999999999999e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3059  hemolysin-type calcium-binding region:peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin  40.87 
 
 		 535 aa  139  5e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.196168 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  46.35 
 
 		 1534 aa  137  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  36.53 
 
 		 3954 aa  137  1.9999999999999998e-30  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  45.83 
 
 		 1532 aa  135  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  35.38 
 
 		 824 aa  134  1.0000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3193  metalloprotease, putative  38.89 
 
 		 535 aa  130  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.839169  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3643  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  28.74 
 
 		 1180 aa  129  6e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0560  hemolysin-type calcium-binding region  38.25 
 
 		 1079 aa  128  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545421  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0822  peptidase domain-containing protein  35.34 
 
 		 820 aa  126  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4185  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  42.13 
 
 		 1029 aa  124  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.610735 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3855  hemolysin-type calcium-binding protein  42.13 
 
 		 1029 aa  124  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.460711  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0430  metallophosphoesterase  34.41 
 
 		 2701 aa  123  3e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  34.52 
 
 		 3026 aa  121  9.999999999999999e-26  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5287  serralysin  34.64 
 
 		 648 aa  120  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0791  heme peroxidase  37.06 
 
 		 2950 aa  115  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  34.12 
 
 		 1197 aa  115  9e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1748  Hemolysin-type calcium-binding region  35.41 
 
 		 759 aa  112  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.155596  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0358  hemolysin-type calcium-binding region  43.6 
 
 		 503 aa  112  8.000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3548  glycoside hydrolase family 16  35.14 
 
 		 486 aa  110  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2426  hemolysin-type calcium-binding region  43.6 
 
 		 503 aa  108  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0755943  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2550  putative outer membrane adhesin like protein  31.09 
 
 		 3598 aa  108  8e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0158  Hemolysin-type calcium-binding protein  37.88 
 
 		 1145 aa  106  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1554  Hemolysin-type calcium-binding region  37.78 
 
 		 677 aa  105  7e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.469173 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1897  Nidogen, extracellular region  38.34 
 
 		 1557 aa  104  2e-20  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3523  hemolysin-type calcium-binding region  43.07 
 
 		 462 aa  103  2e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  32.89 
 
 		 2678 aa  102  7e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2165  glycoside hydrolase family protein  49.58 
 
 		 475 aa  100  2e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.669505  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3539  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  32.3 
 
 		 556 aa  100  2e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223263  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0249  putative calcium binding hemolysin protein  29.6 
 
 		 1499 aa  98.6  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.74922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4884  serralysin  34.29 
 
 		 727 aa  98.6  9e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1094  putative outer membrane adhesin like proteiin  47.86 
 
 		 11716 aa  97.8  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511917 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0513  hypothetical protein  48.74 
 
 		 475 aa  97.4  2e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0246  putative calcium binding hemolysin protein  29.64 
 
 		 1156 aa  96.7  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5278  peptidase domain-containing protein  34.78 
 
 		 1112 aa  95.5  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2424  glycoside hydrolase family protein  33.21 
 
 		 467 aa  95.5  8e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443188 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4247  hemolysin-type calcium-binding region  34.33 
 
 		 1213 aa  94  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.803937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0565  Ig family protein  46.79 
 
 		 2820 aa  92.8  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  48.06 
 
 		 1019 aa  92  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5000  hemolysin-type calcium-binding region  45.14 
 
 		 574 aa  92  8e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410599 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0583  putative Ig  32.5 
 
 		 1055 aa  91.3  1e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4058  hemolysin-type calcium-binding region  33.85 
 
 		 1072 aa  91.7  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.402749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1463  VCBS  49.32 
 
 		 2887 aa  90.9  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.743526 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0470  Ig family protein  45.13 
 
 		 2853 aa  90.5  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5874  Hemolysin-type calcium-binding region  33.72 
 
 		 621 aa  90.9  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.132218  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0800  Hemolysin-type calcium-binding region  33.72 
 
 		 621 aa  90.9  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_27271  hypothetical protein  37.68 
 
 		 715 aa  89.4  5e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0392  Ig family protein  43.22 
 
 		 2001 aa  89.7  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3993  hemolysin-type calcium-binding protein  33.44 
 
 		 1112 aa  89.4  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.515402  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3074  hemolysin-type calcium-binding region:haemolysin-type calcium binding related  34.65 
 
 		 855 aa  88.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0479509  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25821  hypothetical protein  37.76 
 
 		 1111 aa  88.2  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16670  serralysin-like metalloprotease family protiein  33.5 
 
 		 214 aa  87.8  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.160077  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2298  heme peroxidase  41.84 
 
 		 1650 aa  87.4  0.000000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1872  serralysin  52.78 
 
 		 531 aa  87  0.000000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.043105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3739  outer membrane adhesin like proteiin  49.07 
 
 		 4231 aa  85.9  0.000000000000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0230  neutral zinc metallopeptidase  50.93 
 
 		 531 aa  84.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_25851  hypothetical protein  38.93 
 
 		 1121 aa  85.1  0.00000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2298  hemolysin-type calcium binding protein  34.2 
 
 		 1480 aa  84.7  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.880239  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2426  Hemolysin-type calcium-binding region  33.03 
 
 		 1884 aa  84.3  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.484615  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4162  outer membrane adhesin like proteiin  31.91 
 
 		 4687 aa  84  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  27.95 
 
 		 946 aa  84.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>