More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0722 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0721  hemolysin-type calcium-binding region  81.13 
 
 		 1764 aa  794    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0722  hemolysin-type calcium-binding region  100 
 
 		 851 aa  1684    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2335  hemolysin-type calcium-binding region  40.85 
 
 		 2198 aa  306  1.0000000000000001e-81  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4542  serralysin  43.58 
 
 		 1134 aa  304  6.000000000000001e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.303365  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2334  lipase, class 3  39.69 
 
 		 2133 aa  288  4e-76  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.352335  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  42.48 
 
 		 2807 aa  273  8.000000000000001e-72  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2326  hemolysin-type calcium-binding region  40 
 
 		 2467 aa  262  2e-68  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4705  peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin  47.48 
 
 		 1133 aa  254  3e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0427656 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3849  calcium-binding protein, hemolysin-type  44.89 
 
 		 768 aa  254  6e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184239  normal  0.669368 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0632  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  40.92 
 
 		 1415 aa  245  1.9999999999999999e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  37.19 
 
 		 2954 aa  240  8e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4802  glycoside hydrolase family protein  40.6 
 
 		 907 aa  228  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  39.96 
 
 		 3954 aa  228  4e-58  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1708  Hemolysin-type calcium-binding region  47.27 
 
 		 395 aa  225  3e-57  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1733  Ig family protein  46.97 
 
 		 395 aa  223  9e-57  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  36.01 
 
 		 3209 aa  210  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3823  putative hemolysin-type calcium-binding region  38.19 
 
 		 1610 aa  198  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00466543 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  44.37 
 
 		 1532 aa  186  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3353  heme peroxidase  38.54 
 
 		 3608 aa  179  1e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  43.94 
 
 		 1534 aa  179  1e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  35.46 
 
 		 1855 aa  177  6e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4084  mannuronan C-5-epimerase, putative  36.36 
 
 		 1610 aa  176  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.202459  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  35.55 
 
 		 4334 aa  167  1.0000000000000001e-39  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  38.97 
 
 		 3619 aa  163  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3855  hemolysin-type calcium-binding protein  52.2 
 
 		 1029 aa  160  8e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.460711  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4185  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  52.2 
 
 		 1029 aa  160  9e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.610735 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  38.73 
 
 		 3619 aa  159  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4929  hemolysin-type calcium-binding region  30.58 
 
 		 2097 aa  159  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  35.13 
 
 		 3026 aa  155  2e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0358  hemolysin-type calcium-binding region  41.48 
 
 		 503 aa  145  3e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2426  hemolysin-type calcium-binding region  42.21 
 
 		 503 aa  144  8e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0755943  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0822  peptidase domain-containing protein  39.5 
 
 		 820 aa  143  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1710  hemolysin-type calcium-binding region  30.35 
 
 		 1582 aa  142  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0791  heme peroxidase  32.27 
 
 		 2950 aa  138  5e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3059  hemolysin-type calcium-binding region:peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin  38.01 
 
 		 535 aa  137  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.196168 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3523  hemolysin-type calcium-binding region  40.38 
 
 		 462 aa  137  9e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  32.16 
 
 		 824 aa  136  9.999999999999999e-31  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3695  proprotein convertase P  34.99 
 
 		 2911 aa  130  9.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.523637 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0158  Hemolysin-type calcium-binding protein  33.33 
 
 		 1145 aa  119  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3193  metalloprotease, putative  36.77 
 
 		 535 aa  117  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.839169  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0560  hemolysin-type calcium-binding region  31.5 
 
 		 1079 aa  115  3e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545421  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2165  glycoside hydrolase family protein  36.33 
 
 		 475 aa  115  5e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.669505  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4247  hemolysin-type calcium-binding region  30.77 
 
 		 1213 aa  114  7.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.803937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  32.03 
 
 		 946 aa  114  8.000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5000  hemolysin-type calcium-binding region  31.74 
 
 		 574 aa  114  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4380  hemolysin-type calcium-binding region  32.29 
 
 		 448 aa  114  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.081589  normal  0.243614 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  31.47 
 
 		 1279 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0513  hypothetical protein  35.57 
 
 		 475 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2424  glycoside hydrolase family protein  33.44 
 
 		 467 aa  108  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443188 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4884  serralysin  48.65 
 
 		 727 aa  106  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0430  metallophosphoesterase  35.19 
 
 		 2701 aa  103  2e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  30.98 
 
 		 2775 aa  100  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1247  Hemolysin-type calcium-binding region  34.43 
 
 		 965 aa  99  4e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2298  hemolysin-type calcium binding protein  29.08 
 
 		 1480 aa  98.6  5e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.880239  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0162  Hemolysin-type calcium-binding protein  31.01 
 
 		 833 aa  98.2  6e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3539  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  30.6 
 
 		 556 aa  97.8  8e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223263  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.14 
 
 		 1795 aa  97.8  8e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0246  putative calcium binding hemolysin protein  30.02 
 
 		 1156 aa  97.1  1e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  38.69 
 
 		 1019 aa  97.1  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0249  putative calcium binding hemolysin protein  27.63 
 
 		 1499 aa  95.9  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.74922  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1872  serralysin  44.94 
 
 		 531 aa  95.5  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.043105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  34.3 
 
 		 1197 aa  95.9  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1509  hemolysin-type calcium-binding region  28.51 
 
 		 1628 aa  94.7  6e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180172  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1748  Hemolysin-type calcium-binding region  30.59 
 
 		 759 aa  94.4  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.155596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0230  neutral zinc metallopeptidase  44.3 
 
 		 531 aa  94.4  8e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2246  VCBS  29.75 
 
 		 5769 aa  94  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1397  peptidase M10, serralysin-like protein  53.06 
 
 		 614 aa  94  1e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11813  normal  0.552003 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1242  Hemolysin-type calcium-binding region  30.48 
 
 		 1400 aa  93.6  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.87 
 
 		 2678 aa  93.2  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  28.6 
 
 		 1164 aa  91.7  5e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3089  hemolysin-type calcium-binding region:haemolysin-type calcium binding related  29.96 
 
 		 2689 aa  90.9  8e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.470754 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0616  peptidase, metallopeptidases  29.57 
 
 		 745 aa  90.9  8e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2426  Hemolysin-type calcium-binding region  30.92 
 
 		 1884 aa  89.7  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.484615  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3643  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  26.74 
 
 		 1180 aa  89.4  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0124  hemolysin-type calcium-binding region  29.45 
 
 		 515 aa  89  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.968152 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4058  hemolysin-type calcium-binding region  31.96 
 
 		 1072 aa  88.2  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.402749  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0583  putative Ig  36.32 
 
 		 1055 aa  87.8  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1897  Nidogen, extracellular region  33.06 
 
 		 1557 aa  85.9  0.000000000000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  28.86 
 
 		 2667 aa  85.9  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2425  hypothetical protein  29.89 
 
 		 559 aa  86.3  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.306646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1879  Hemolysin-type calcium-binding region  30.99 
 
 		 2836 aa  85.5  0.000000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3548  glycoside hydrolase family 16  33.52 
 
 		 486 aa  84.7  0.000000000000006  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3993  hemolysin-type calcium-binding protein  30.4 
 
 		 1112 aa  84.3  0.000000000000008  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.515402  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1944  hypothetical protein  42.65 
 
 		 621 aa  83.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.69459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5287  serralysin  32.49 
 
 		 648 aa  83.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33710  Secreted mannuronan C5-epimerase  27.84 
 
 		 998 aa  83.2  0.00000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51250  Secreted bifunctional mannuronan C-5 epimerase/alginate lyase  28.93 
 
 		 856 aa  82.4  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2034  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  29.89 
 
 		 1363 aa  82  0.00000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  0.277467 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51180  Secreted mannuronan C-5 epimerase  27.7 
 
 		 998 aa  82.4  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4192  hemolysin-type calcium-binding region  30.28 
 
 		 1287 aa  82  0.00000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2439  hemolysin-type calcium-binding region  32.41 
 
 		 1286 aa  81.6  0.00000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.220432 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4162  outer membrane adhesin like proteiin  32.14 
 
 		 4687 aa  81.3  0.00000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2577  hemolysin-type calcium-binding region  28.02 
 
 		 1383 aa  81.3  0.00000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100249  normal  0.0162919 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4357  Hemolysin-type calcium-binding region  42.37 
 
 		 546 aa  81.3  0.00000000000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0160  Hemolysin-type calcium-binding protein  30.95 
 
 		 1390 aa  80.5  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2550  putative outer membrane adhesin like protein  27.42 
 
 		 3598 aa  80.1  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2298  heme peroxidase  39.05 
 
 		 1650 aa  80.9  0.0000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3872  hemolysin-type calcium-binding region  30.82 
 
 		 1895 aa  80.1  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1963  hypothetical protein  26.53 
 
 		 1306 aa  79.7  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5278  peptidase domain-containing protein  30 
 
 		 1112 aa  79.7  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>