More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4542 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4542  serralysin  100 
 
 		 1134 aa  2191    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.303365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4705  peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin  46.14 
 
 		 1133 aa  701    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0427656 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0721  hemolysin-type calcium-binding region  44.46 
 
 		 1764 aa  518  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0632  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  43.45 
 
 		 1415 aa  426  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2326  hemolysin-type calcium-binding region  41.66 
 
 		 2467 aa  419  9.999999999999999e-116  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  42.46 
 
 		 2807 aa  352  2e-95  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  36.98 
 
 		 3954 aa  352  2e-95  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3059  hemolysin-type calcium-binding region:peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin  45.22 
 
 		 535 aa  328  5e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.196168 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3193  metalloprotease, putative  44.93 
 
 		 535 aa  319  2e-85  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.839169  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0722  hemolysin-type calcium-binding region  43.58 
 
 		 851 aa  303  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2334  lipase, class 3  37.85 
 
 		 2133 aa  281  3e-74  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.352335  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  36.03 
 
 		 4334 aa  250  1e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2335  hemolysin-type calcium-binding region  39.73 
 
 		 2198 aa  241  5.999999999999999e-62  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3849  calcium-binding protein, hemolysin-type  46.95 
 
 		 768 aa  233  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184239  normal  0.669368 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3695  proprotein convertase P  33.41 
 
 		 2911 aa  225  4e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.523637 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  36.41 
 
 		 1855 aa  224  4.9999999999999996e-57  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  33.62 
 
 		 3026 aa  221  8.999999999999998e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  45.58 
 
 		 2954 aa  215  2.9999999999999995e-54  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0616  peptidase, metallopeptidases  30.86 
 
 		 745 aa  205  4e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  30.24 
 
 		 3209 aa  203  1.9999999999999998e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4929  hemolysin-type calcium-binding region  30.67 
 
 		 2097 aa  199  3e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1733  Ig family protein  46.45 
 
 		 395 aa  197  7e-49  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1708  Hemolysin-type calcium-binding region  46.45 
 
 		 395 aa  197  9e-49  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4802  glycoside hydrolase family protein  40.44 
 
 		 907 aa  197  1e-48  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  30.43 
 
 		 1532 aa  189  2e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5287  serralysin  32.69 
 
 		 648 aa  187  8e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0822  peptidase domain-containing protein  37.01 
 
 		 820 aa  184  7e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3353  heme peroxidase  37.53 
 
 		 3608 aa  184  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3823  putative hemolysin-type calcium-binding region  38.11 
 
 		 1610 aa  182  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00466543 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0158  Hemolysin-type calcium-binding protein  33.92 
 
 		 1145 aa  179  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5278  peptidase domain-containing protein  29.96 
 
 		 1112 aa  177  8e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1710  hemolysin-type calcium-binding region  33.61 
 
 		 1582 aa  169  2e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  37.61 
 
 		 3619 aa  169  4e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1553  Serralysin  36.42 
 
 		 476 aa  166  2.0000000000000002e-39  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2110  Serralysin  41.44 
 
 		 480 aa  167  2.0000000000000002e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.67403  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  37.61 
 
 		 3619 aa  166  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2909  Serralysin  37.31 
 
 		 474 aa  164  8.000000000000001e-39  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0791  heme peroxidase  30.98 
 
 		 2950 aa  164  1e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3993  hemolysin-type calcium-binding protein  28.34 
 
 		 1112 aa  162  5e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.515402  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2111  Serralysin  39.86 
 
 		 481 aa  159  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2112  Serralysin  40.96 
 
 		 478 aa  159  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.69031  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0210  serralysin  33.49 
 
 		 504 aa  159  3e-37  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00868189 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4185  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  48.15 
 
 		 1029 aa  154  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.610735 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3855  hemolysin-type calcium-binding protein  48.15 
 
 		 1029 aa  154  8e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.460711  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4143  alkaline metalloproteinase precursor  35.84 
 
 		 479 aa  152  3e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.100514  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4884  serralysin  29.55 
 
 		 727 aa  152  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  35.23 
 
 		 1534 aa  151  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2678  epralysin. metallo peptidase. MEROPS family M10B  35.67 
 
 		 486 aa  145  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00596813 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4084  mannuronan C-5-epimerase, putative  39.06 
 
 		 1610 aa  145  6e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.202459  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1397  peptidase M10, serralysin-like protein  37.34 
 
 		 614 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11813  normal  0.552003 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1872  serralysin  32.79 
 
 		 531 aa  143  1.9999999999999998e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.043105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_48060  alkaline metalloproteinase precursor  38.46 
 
 		 479 aa  143  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0741923 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2387  serralysin  32.18 
 
 		 490 aa  142  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.590992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0230  neutral zinc metallopeptidase  32.33 
 
 		 531 aa  141  7e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1509  hemolysin-type calcium-binding region  29.54 
 
 		 1628 aa  138  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180172  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3332  alkaline metalloendoprotease  34.34 
 
 		 475 aa  137  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0560  hemolysin-type calcium-binding region  28.56 
 
 		 1079 aa  137  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545421  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3163  serralysin  35.23 
 
 		 476 aa  136  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.829675  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1442  metalloprotease  30.13 
 
 		 513 aa  135  6e-30  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.066501  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3363  epralysin. metallo peptidase. MEROPS family M10B  33.23 
 
 		 468 aa  127  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4247  hemolysin-type calcium-binding region  27.56 
 
 		 1213 aa  125  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.803937  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2426  Hemolysin-type calcium-binding region  30.64 
 
 		 1884 aa  124  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.484615  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3983  serralysin  35.44 
 
 		 785 aa  124  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  30.46 
 
 		 824 aa  121  7e-26  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0118  serralysin  32.92 
 
 		 444 aa  119  1.9999999999999998e-25  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0160  Hemolysin-type calcium-binding protein  30.58 
 
 		 1390 aa  119  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4037  metalloprotease  32.92 
 
 		 442 aa  119  3e-25  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4367  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  32.5 
 
 		 1269 aa  118  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4429  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  32.5 
 
 		 1269 aa  119  5e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.332356 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4088  metalloprotease  33.03 
 
 		 444 aa  117  8.999999999999998e-25  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.850416 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3523  hemolysin-type calcium-binding region  46.26 
 
 		 462 aa  116  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1242  Hemolysin-type calcium-binding region  29.87 
 
 		 1400 aa  114  8.000000000000001e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  28.72 
 
 		 2678 aa  113  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0627  peptidase M10, serralysin-like protein  28.02 
 
 		 606 aa  109  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0162  Hemolysin-type calcium-binding protein  29.07 
 
 		 833 aa  108  5e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  29.52 
 
 		 1197 aa  108  5e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0358  hemolysin-type calcium-binding region  39 
 
 		 503 aa  108  6e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2165  glycoside hydrolase family protein  37.74 
 
 		 475 aa  107  9e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.669505  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1877  Hemolysin-type calcium-binding region  29.36 
 
 		 4800 aa  106  3e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5000  hemolysin-type calcium-binding region  36.89 
 
 		 574 aa  105  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410599 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2426  hemolysin-type calcium-binding region  37.21 
 
 		 503 aa  105  4e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0755943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0513  hypothetical protein  37.26 
 
 		 475 aa  105  6e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0556  proprotein convertase P  26.03 
 
 		 764 aa  103  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.392755  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1879  Hemolysin-type calcium-binding region  28.77 
 
 		 2836 aa  102  3e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2424  glycoside hydrolase family protein  34.71 
 
 		 467 aa  102  5e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443188 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06445  bifunctional hemolysin-adenylate cyclase  28 
 
 		 860 aa  102  6e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4058  hemolysin-type calcium-binding region  31.2 
 
 		 1072 aa  100  1e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.402749  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3185  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  29.72 
 
 		 768 aa  100  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1897  Nidogen, extracellular region  40.19 
 
 		 1557 aa  99.8  2e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2439  hemolysin-type calcium-binding region  29.03 
 
 		 1286 aa  98.6  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.220432 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  27.19 
 
 		 1279 aa  97.1  2e-18  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2034  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  28.05 
 
 		 1363 aa  96.3  3e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  0.277467 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0430  metallophosphoesterase  35.66 
 
 		 2701 aa  95.5  4e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  31.18 
 
 		 946 aa  95.5  5e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3539  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  28.65 
 
 		 556 aa  95.5  5e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223263  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4357  Hemolysin-type calcium-binding region  45.38 
 
 		 546 aa  94.7  8e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1247  Hemolysin-type calcium-binding region  30.35 
 
 		 965 aa  94.4  1e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2493  serralysin  32.82 
 
 		 1631 aa  94  1e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0241163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3643  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  43.48 
 
 		 1180 aa  92.4  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3220  hypothetical protein  36.69 
 
 		 713 aa  92.4  5e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.160301  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>