More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5000 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_5000  hemolysin-type calcium-binding region  100 
 
 		 574 aa  1116    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00410599 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4185  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  48.4 
 
 		 1029 aa  188  2e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.610735 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3855  hemolysin-type calcium-binding protein  48.4 
 
 		 1029 aa  188  3e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.460711  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0632  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  36.9 
 
 		 1415 aa  165  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1397  peptidase M10, serralysin-like protein  36.22 
 
 		 614 aa  159  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.11813  normal  0.552003 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3695  proprotein convertase P  35.36 
 
 		 2911 aa  152  1e-35  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.523637 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  39.15 
 
 		 2807 aa  150  6e-35  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0560  hemolysin-type calcium-binding region  39.23 
 
 		 1079 aa  149  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545421  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  36.56 
 
 		 4334 aa  145  2e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4357  Hemolysin-type calcium-binding region  39.29 
 
 		 546 aa  144  6e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2334  lipase, class 3  33.86 
 
 		 2133 aa  143  8e-33  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.352335  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  35.19 
 
 		 3954 aa  142  9.999999999999999e-33  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0230  neutral zinc metallopeptidase  34.91 
 
 		 531 aa  141  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0791  heme peroxidase  35.7 
 
 		 2950 aa  140  6e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1708  Hemolysin-type calcium-binding region  38.04 
 
 		 395 aa  138  2e-31  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  39 
 
 		 2954 aa  138  2e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  32.66 
 
 		 3209 aa  138  3.0000000000000003e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1733  Ig family protein  37.73 
 
 		 395 aa  137  5e-31  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1872  serralysin  38.72 
 
 		 531 aa  135  3e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.043105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4705  peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin  37.79 
 
 		 1133 aa  133  6.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0427656 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1944  hypothetical protein  41.52 
 
 		 621 aa  130  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.69459  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2335  hemolysin-type calcium-binding region  33.64 
 
 		 2198 aa  130  7.000000000000001e-29  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  33.66 
 
 		 1019 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4929  hemolysin-type calcium-binding region  37.43 
 
 		 2097 aa  127  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0583  putative Ig  33.26 
 
 		 1055 aa  127  8.000000000000001e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1710  hemolysin-type calcium-binding region  37.85 
 
 		 1582 aa  126  9e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2326  hemolysin-type calcium-binding region  33.33 
 
 		 2467 aa  126  1e-27  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  35.79 
 
 		 2775 aa  126  1e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3353  heme peroxidase  36.68 
 
 		 3608 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0822  peptidase domain-containing protein  35.8 
 
 		 820 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3886  hemolysin-type calcium-binding region  40.32 
 
 		 540 aa  125  2e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.559219  normal  0.150584 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4058  hemolysin-type calcium-binding region  33.33 
 
 		 1072 aa  124  4e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.402749  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  37.25 
 
 		 824 aa  124  4e-27  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5278  peptidase domain-containing protein  50.72 
 
 		 1112 aa  124  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3993  hemolysin-type calcium-binding protein  32.17 
 
 		 1112 aa  122  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.515402  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4254  Hemolysin-type calcium-binding region  41.11 
 
 		 540 aa  121  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.129402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2424  glycoside hydrolase family protein  40.64 
 
 		 467 aa  117  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443188 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2165  glycoside hydrolase family protein  46.47 
 
 		 475 aa  116  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.669505  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0513  hypothetical protein  46.47 
 
 		 475 aa  115  3e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0722  hemolysin-type calcium-binding region  31.74 
 
 		 851 aa  115  3e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0616  peptidase, metallopeptidases  30.33 
 
 		 745 aa  114  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3849  calcium-binding protein, hemolysin-type  34.82 
 
 		 768 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.184239  normal  0.669368 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4802  glycoside hydrolase family protein  34.76 
 
 		 907 aa  114  4.0000000000000004e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0160  Hemolysin-type calcium-binding protein  32.88 
 
 		 1390 aa  114  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  37.19 
 
 		 3619 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  37.27 
 
 		 3619 aa  113  8.000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4380  hemolysin-type calcium-binding region  31.9 
 
 		 448 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.081589  normal  0.243614 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  36.25 
 
 		 3026 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0430  metallophosphoesterase  33.46 
 
 		 2701 aa  113  1.0000000000000001e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1877  Hemolysin-type calcium-binding region  32.04 
 
 		 4800 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  35.01 
 
 		 1855 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  35.96 
 
 		 946 aa  110  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4242  hemolysin-type calcium-binding protein  33.96 
 
 		 1544 aa  109  2e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0158  Hemolysin-type calcium-binding protein  32.67 
 
 		 1145 aa  108  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0530  hypothetical protein  46.54 
 
 		 448 aa  107  5e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.34 
 
 		 2678 aa  107  6e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0358  hemolysin-type calcium-binding region  32.61 
 
 		 503 aa  107  8e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4542  serralysin  36.89 
 
 		 1134 aa  106  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.303365  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1416  hypothetical protein  34.37 
 
 		 1424 aa  105  3e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259976  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  34.85 
 
 		 1534 aa  105  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2426  hemolysin-type calcium-binding region  32.3 
 
 		 503 aa  103  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0755943  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  33.33 
 
 		 2667 aa  102  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5959  outer membrane adhesin like proteiin  34.6 
 
 		 2567 aa  101  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33422  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1242  Hemolysin-type calcium-binding region  34.49 
 
 		 1400 aa  100  9e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1509  hemolysin-type calcium-binding region  34.71 
 
 		 1628 aa  100  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.180172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3539  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  30.42 
 
 		 556 aa  99.8  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223263  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0721  hemolysin-type calcium-binding region  33.33 
 
 		 1764 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3523  hemolysin-type calcium-binding region  32.93 
 
 		 462 aa  98.2  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2426  Hemolysin-type calcium-binding region  32.67 
 
 		 1884 aa  96.3  1e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.484615  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3872  hemolysin-type calcium-binding region  31.12 
 
 		 1895 aa  96.7  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308786  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0805  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.79 
 
 		 1236 aa  95.1  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2500  hypothetical protein  40.4 
 
 		 462 aa  94.7  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.967827  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  30.66 
 
 		 1532 aa  92.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0162  Hemolysin-type calcium-binding protein  33.64 
 
 		 833 aa  91.7  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0131  hemolysin-type calcium-binding region  31.9 
 
 		 357 aa  92  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4884  serralysin  43.59 
 
 		 727 aa  92  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1200  hemolysin-type calcium-binding region  29 
 
 		 1864 aa  90.9  5e-17  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.0007986  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3643  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  34.95 
 
 		 1180 aa  90.9  6e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3216  hypothetical protein  31.23 
 
 		 595 aa  90.9  6e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00990527  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5287  serralysin  33.04 
 
 		 648 aa  90.5  7e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3823  putative hemolysin-type calcium-binding region  47.01 
 
 		 1610 aa  90.1  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00466543 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.4 
 
 		 1795 aa  88.6  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1879  Hemolysin-type calcium-binding region  31.87 
 
 		 2836 aa  88.6  3e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  31.39 
 
 		 1164 aa  88.2  4e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1748  Hemolysin-type calcium-binding region  33.61 
 
 		 759 aa  87.8  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.155596  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3059  hemolysin-type calcium-binding region:peptidase M10A and M12B, matrixin and adamalysin  32.17 
 
 		 535 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.196168 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1113  hemolysin-type calcium-binding region; RTX toxin  30.71 
 
 		 437 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2298  hemolysin-type calcium binding protein  30.33 
 
 		 1480 aa  86.7  0.000000000000001  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.880239  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0556  proprotein convertase P  31.6 
 
 		 764 aa  86.3  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.392755  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2593  periplasmic protein TonB links inner and outer membranes-like  33.43 
 
 		 1197 aa  85.9  0.000000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0238559  normal  0.0624657 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  36.26 
 
 		 1883 aa  84.7  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4247  hemolysin-type calcium-binding region  32.89 
 
 		 1213 aa  84.7  0.000000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.803937  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2298  heme peroxidase  51.15 
 
 		 1650 aa  84.7  0.000000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1450  hemolysin-type calcium-binding region  35.53 
 
 		 917 aa  84.3  0.000000000000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0841616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6876  Hemolysin-type calcium-binding region  41.33 
 
 		 547 aa  84.3  0.000000000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4644  Allergen V5/Tpx-1 related  31.37 
 
 		 833 aa  84  0.000000000000007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.738369  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  36.41 
 
 		 1712 aa  83.2  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1247  Hemolysin-type calcium-binding region  35 
 
 		 965 aa  83.2  0.00000000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6850  Hemolysin-type calcium-binding region  41.1 
 
 		 565 aa  82  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1741  Hemolysin-type calcium-binding region  30.66 
 
 		 329 aa  82  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>