More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3872 on replicon NC_009956
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009956  Dshi_3872  hemolysin-type calcium-binding region  100 
 
 
1895 aa  3551    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308786  normal 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  49.14 
 
 
1164 aa  278  7e-73  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  31.31 
 
 
3954 aa  266  3e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  32.08 
 
 
4334 aa  265  6e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_4929  hemolysin-type calcium-binding region  29.3 
 
 
2097 aa  260  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1242  Hemolysin-type calcium-binding region  34.15 
 
 
1400 aa  236  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2426  Hemolysin-type calcium-binding region  29.92 
 
 
1884 aa  233  3e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.484615  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0560  hemolysin-type calcium-binding region  31.23 
 
 
1079 aa  223  1.9999999999999999e-56  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.545421  normal  0.459398 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1877  Hemolysin-type calcium-binding region  29.01 
 
 
4800 aa  219  4e-55  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  28.51 
 
 
1855 aa  211  1e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  36.08 
 
 
946 aa  209  6e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  35.29 
 
 
2954 aa  203  1.9999999999999998e-50  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2034  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  32.4 
 
 
1363 aa  201  1.0000000000000001e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  0.277467 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3695  proprotein convertase P  31.13 
 
 
2911 aa  200  2.0000000000000003e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.523637 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  31.81 
 
 
1279 aa  197  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0632  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  31.19 
 
 
1415 aa  196  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4644  Allergen V5/Tpx-1 related  46.29 
 
 
833 aa  181  1e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.738369  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1696  metallophosphoesterase  42.78 
 
 
2105 aa  180  2e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  39.86 
 
 
1795 aa  179  4e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2326  hemolysin-type calcium-binding region  27.43 
 
 
2467 aa  176  3.9999999999999995e-42  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  44.61 
 
 
2667 aa  174  1e-41  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0158  Hemolysin-type calcium-binding protein  31.3 
 
 
1145 aa  172  7e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0246  putative calcium binding hemolysin protein  31.53 
 
 
1156 aa  171  1e-40  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.383795  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3216  hypothetical protein  37.99 
 
 
595 aa  170  2.9999999999999998e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  decreased coverage  0.00990527  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4754  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  40.83 
 
 
3427 aa  169  4e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1623  hypothetical protein  39.18 
 
 
613 aa  168  1.0000000000000001e-39  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.54291  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  38.21 
 
 
3619 aa  166  3e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1416  hypothetical protein  39.16 
 
 
1424 aa  166  4.0000000000000004e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.259976  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3374  hemolysin-type calcium-binding region  45.05 
 
 
491 aa  166  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.337821 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  37.97 
 
 
3619 aa  166  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1701  5'-nucleotidase domain-containing protein  46.48 
 
 
980 aa  164  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.507606  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  36.89 
 
 
1534 aa  162  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2591  cadherin  44.03 
 
 
2145 aa  162  6e-38  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.213456 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0805  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  37.37 
 
 
1236 aa  161  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0249  putative calcium binding hemolysin protein  31.07 
 
 
1499 aa  159  6e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.74922  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  49.26 
 
 
589 aa  158  1e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3539  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  36.99 
 
 
556 aa  157  2e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223263  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6816  Hemolysin-type calcium-binding region  38.5 
 
 
526 aa  156  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4192  hemolysin-type calcium-binding region  46.85 
 
 
1287 aa  156  2.9999999999999998e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0793  hemolysin-type calcium-binding region  39.94 
 
 
795 aa  155  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.873812  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  36.43 
 
 
1532 aa  155  7e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  36.79 
 
 
2678 aa  155  8e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0484  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  43.91 
 
 
2668 aa  154  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1113  hemolysin-type calcium-binding region; RTX toxin  40.13 
 
 
437 aa  153  4e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4565  hemolysin-type calcium-binding region  36.84 
 
 
387 aa  152  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.520328  normal  0.522149 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4191  hemolysin-type calcium-binding region  47.03 
 
 
982 aa  152  8e-35  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.735923  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3353  heme peroxidase  36.41 
 
 
3608 aa  151  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1441  Ig family protein  26.64 
 
 
2245 aa  150  3e-34  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.195412  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  40.82 
 
 
2775 aa  149  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4242  hemolysin-type calcium-binding protein  28.97 
 
 
1544 aa  149  5e-34  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1710  hemolysin-type calcium-binding region  26.18 
 
 
1582 aa  148  8.000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2775  hemolysin-type calcium-binding region  39.38 
 
 
437 aa  148  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.256809  normal  0.811903 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  34.47 
 
 
3209 aa  146  3e-33  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0822  peptidase domain-containing protein  36.25 
 
 
820 aa  146  4e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5716  CHRD domain containing protein  39.48 
 
 
460 aa  145  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1247  Hemolysin-type calcium-binding region  32.4 
 
 
965 aa  145  6e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  37.93 
 
 
9867 aa  145  6e-33  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1879  Hemolysin-type calcium-binding region  28.75 
 
 
2836 aa  145  9e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7966  Hemolysin-type calcium-binding region  39.7 
 
 
341 aa  144  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4162  outer membrane adhesin like proteiin  43.6 
 
 
4687 aa  144  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1884  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  45.7 
 
 
588 aa  144  1.9999999999999998e-32  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0760067  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1895  hypothetical protein  40.33 
 
 
850 aa  143  3.9999999999999997e-32  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0996991 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0162  Hemolysin-type calcium-binding protein  30.74 
 
 
833 aa  142  8.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7343  Hemolysin-type calcium-binding region  39.67 
 
 
615 aa  141  1e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5032  hemolysin-type calcium-binding region  40 
 
 
387 aa  141  1e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.867375 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3919  hemolysin-type calcium-binding region  44.53 
 
 
393 aa  140  2e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.525194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3007  hemolysin-type calcium-binding region  44.73 
 
 
363 aa  140  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.448328  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1662  hemolysin-type calcium-binding region  48.15 
 
 
260 aa  140  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3089  hemolysin-type calcium-binding region:haemolysin-type calcium binding related  38.85 
 
 
2689 aa  137  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.470754 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  46.39 
 
 
561 aa  134  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06445  bifunctional hemolysin-adenylate cyclase  30.71 
 
 
860 aa  133  3e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1569  Hemolysin-type calcium-binding region  43.31 
 
 
341 aa  132  6e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.722713  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  38.99 
 
 
824 aa  132  7.000000000000001e-29  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  40.87 
 
 
1043 aa  131  1.0000000000000001e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  45.38 
 
 
1712 aa  130  3e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8151  CHRD domain containing protein  43.12 
 
 
460 aa  128  9e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.159577  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5060  hemolysin-type calcium-binding region  39.06 
 
 
396 aa  128  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0131  hemolysin-type calcium-binding region  42.91 
 
 
357 aa  128  1e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4562  hemolysin-type calcium-binding region  45.9 
 
 
245 aa  127  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.478129 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1981  hemolysin-type calcium-binding region  40.28 
 
 
734 aa  127  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1795  Allergen V5/Tpx-1 family protein  48.33 
 
 
421 aa  127  3e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.797719 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0405  hemolysin-type calcium-binding region  46.25 
 
 
709 aa  125  6e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2786  hemolysin-type calcium-binding region  30.68 
 
 
518 aa  125  8e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.248121  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1664  hemolysin-type calcium-binding region  39.58 
 
 
741 aa  125  9e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.273862  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4582  Hemolysin-type calcium-binding region  48.31 
 
 
639 aa  124  9.999999999999999e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.518219 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0791  heme peroxidase  31.71 
 
 
2950 aa  124  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0804  hemolysin-type calcium-binding region  43.03 
 
 
2885 aa  124  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  37.79 
 
 
950 aa  124  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1936  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  42.74 
 
 
1016 aa  123  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1905  putative outer membrane adhesin like proteiin  43.67 
 
 
1963 aa  122  7e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.849124 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1200  hemolysin-type calcium-binding region  25.24 
 
 
1864 aa  122  7.999999999999999e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  unclonable  0.0007986  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1854  hemolysin-type calcium-binding region  45.81 
 
 
5171 aa  121  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000611986 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4552  glycoside hydrolase family protein  51.19 
 
 
686 aa  121  1.9999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4064 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0102  putative calcium binding hemolysin protein  29.05 
 
 
1217 aa  120  3e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2319  FG-GAP repeat-containing protein  29 
 
 
2807 aa  120  3e-25  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2439  hemolysin-type calcium-binding region  28.68 
 
 
1286 aa  120  3e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.220432 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0591  FG-GAP  42.92 
 
 
813 aa  120  3e-25  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.41506  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0360  hemolysin-type calcium-binding region  45.89 
 
 
243 aa  120  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.624774 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4306  hemolysin-type calcium-binding region  31.6 
 
 
682 aa  119  6e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0651981 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2577  hemolysin-type calcium-binding region  29.7 
 
 
1383 aa  119  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0100249  normal  0.0162919 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>