More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0168 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0168  surface adhesion protein, putative  100 
 
 		 8682 aa  16810    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.810778 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0188  hypothetical protein  89.5 
 
 		 9030 aa  14500    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220008 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0133  von Willebrand factor, type A  41.94 
 
 		 5218 aa  2463    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809343 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0186  hypothetical protein  78.88 
 
 		 6753 aa  9711    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.306412 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5060  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  39.04 
 
 		 5962 aa  2427    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.943676 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3060  von Willebrand factor type A  45.64 
 
 		 4678 aa  530  1e-148  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3905  outer membrane adhesin like proteiin  36.23 
 
 		 6779 aa  447  1e-123  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0313  putative outer membrane adhesin like proteiin  40.95 
 
 		 4836 aa  426  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.971398 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3982  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.53 
 
 		 6683 aa  415  1e-113  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4098  outer membrane adhesin like proteiin  35.53 
 
 		 6662 aa  415  1e-113  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0491  outer membrane adhesin like proteiin  33.56 
 
 		 7149 aa  416  1e-113  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4004  putative outer membrane adhesin like proteiin  36.16 
 
 		 2239 aa  416  1e-113  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.328168  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0382  putative outer membrane adhesin like proteiin  39.91 
 
 		 5839 aa  399  1e-108  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4139  putative outer membrane adhesin like proteiin  40.28 
 
 		 4122 aa  349  1e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0436  putative outer membrane adhesin like proteiin  38.12 
 
 		 5787 aa  312  2.0000000000000002e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  36.76 
 
 		 4848 aa  288  4.0000000000000003e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1215  type 1 secretion target domain protein  38.52 
 
 		 2542 aa  253  1e-64  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0384  hypothetical protein  44.61 
 
 		 4285 aa  214  6e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0478  outer membrane adhesin like proteiin  41.07 
 
 		 3259 aa  196  2e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0368  cadherin  37.59 
 
 		 5444 aa  176  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3808  outer membrane adhesin like proteiin  46.33 
 
 		 2524 aa  127  9e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355585 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3591  putative outer membrane adhesin like proteiin  40.11 
 
 		 4220 aa  125  3e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1877  hypothetical protein  29.87 
 
 		 1699 aa  124  6e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.070874 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3258  putative outer membrane adhesin like protein  45.77 
 
 		 4214 aa  122  3e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.523735 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4317  RTX toxin, putative  44.64 
 
 		 2768 aa  118  6e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0681  structural toxin protein RtxA  26.98 
 
 		 7919 aa  117  1.0000000000000001e-23  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0477  outer membrane adhesin like proteiin  40 
 
 		 16322 aa  117  1.0000000000000001e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0384  putative outer membrane adhesin like protein  43.79 
 
 		 5442 aa  115  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2342  putative outer membrane adhesin like proteiin  46.31 
 
 		 2812 aa  114  7.000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000136287 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0594  von Willebrand factor, type A  34.78 
 
 		 686 aa  114  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.855968  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1463  VCBS  45.14 
 
 		 2887 aa  114  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.743526 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0699  structural toxin protein RtxA  25.74 
 
 		 7679 aa  109  2e-21  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1310  hypothetical protein  38.84 
 
 		 542 aa  110  2e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0330443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3766  hemolysin-type calcium-binding protein  44.44 
 
 		 1166 aa  108  6e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.234003  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1227  cadherin domain-containing protein  45.75 
 
 		 2251 aa  103  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  41.51 
 
 		 8321 aa  103  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1806  hemolysin-type calcium-binding region  32.99 
 
 		 3184 aa  103  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387385 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3709  hemolysin-type calcium-binding region  40.24 
 
 		 2704 aa  100  9e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.406778 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0006  von Willebrand factor type A  41.86 
 
 		 2452 aa  99.4  3e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05070  putative hemagglutinin/hemolysin-related protein  39.87 
 
 		 4106 aa  98.2  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3199  VCBS  37.07 
 
 		 4854 aa  96.3  2e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0479  outer membrane adhesin like proteiin  41.96 
 
 		 3229 aa  94.7  7e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4079  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  51 
 
 		 485 aa  92.8  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237943  normal  0.0279439 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001580  rTX toxin putative  41.3 
 
 		 2743 aa  90.5  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2165  glycoside hydrolase family protein  53.33 
 
 		 475 aa  89.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.669505  normal  0.045019 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2246  VCBS  38.96 
 
 		 5769 aa  89  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0055  putative hemagglutinin/hemolysin-related protein  39.56 
 
 		 3314 aa  88.2  0.000000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0513  hypothetical protein  52.22 
 
 		 475 aa  88.2  0.000000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0369  putative outer membrane adhesin like proteiin  35.91 
 
 		 2067 aa  87.4  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.936845  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0314  putative outer membrane adhesin like proteiin  37.79 
 
 		 1553 aa  87  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0526571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4711  putative secreted calcium-binding protein  42.33 
 
 		 219 aa  85.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.779916  normal  0.14825 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1662  hemolysin-type calcium-binding region  50.5 
 
 		 260 aa  86.3  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3922  hemolysin-type calcium-binding protein  53.68 
 
 		 313 aa  85.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3435  hemolysin-type calcium-binding region  51.38 
 
 		 219 aa  85.5  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.489484  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2705  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin type  51.14 
 
 		 517 aa  84  0.0000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0718596 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3548  glycoside hydrolase family 16  40.27 
 
 		 486 aa  83.2  0.0000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  43.28 
 
 		 1883 aa  83.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1997  Hemolysin-type calcium-binding region  52.27 
 
 		 786 aa  83.2  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.177214 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1998  Hemolysin-type calcium-binding region  52.27 
 
 		 817 aa  82.8  0.0000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0671214 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4091  hemolysin-type calcium-binding region  52.63 
 
 		 313 aa  82.4  0.0000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.402698 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3154  hemolysin-type calcium-binding region  41.09 
 
 		 202 aa  81.6  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0996816 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3509  hemolysin-type calcium-binding region, RTX  41.09 
 
 		 202 aa  81.6  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0424  hemolysin-type calcium-binding region  42.41 
 
 		 1017 aa  81.6  0.0000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.316008  normal  0.221114 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0419  hemolysin-type calcium-binding region  42.41 
 
 		 1022 aa  81.3  0.0000000000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4728  endonuclease/exonuclease/phosphatase  54.76 
 
 		 2346 aa  80.9  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0249  putative calcium binding hemolysin protein  52.5 
 
 		 1499 aa  80.5  0.000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.74922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1696  metallophosphoesterase  51.85 
 
 		 2105 aa  80.5  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.85 
 
 		 1795 aa  80.1  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  53.85 
 
 		 3619 aa  79.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0986  Hemolysin-type calcium binding domain protein  59.21 
 
 		 4798 aa  79.7  0.000000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  42.86 
 
 		 9867 aa  80.1  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3664  hemolysin-type calcium-binding region  42.28 
 
 		 678 aa  80.1  0.000000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.157401  normal  0.209171 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  52.75 
 
 		 3619 aa  79  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4138  hypothetical protein  37.84 
 
 		 3182 aa  79  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  39.51 
 
 		 1164 aa  79  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2424  glycoside hydrolase family protein  55.81 
 
 		 467 aa  78.6  0.000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.443188 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3160  hemolysin-type calcium-binding region  51.02 
 
 		 523 aa  78.6  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.243046 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0008  Hemolysin-type calcium-binding region  34.08 
 
 		 2336 aa  78.2  0.000000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  52.38 
 
 		 2667 aa  77.8  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  38.52 
 
 		 1534 aa  77.8  0.000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0398  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  34.9 
 
 		 1073 aa  77.8  0.000000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0246  putative calcium binding hemolysin protein  52.5 
 
 		 1156 aa  77.4  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0822  peptidase domain-containing protein  41.46 
 
 		 820 aa  77  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0798  hypothetical protein  55 
 
 		 1538 aa  77.4  0.00000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2550  putative outer membrane adhesin like protein  52.5 
 
 		 3598 aa  77  0.00000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1944  hypothetical protein  50 
 
 		 621 aa  77.8  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.69459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0388  hypothetical protein  34.78 
 
 		 3263 aa  77  0.00000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  52.81 
 
 		 2678 aa  77  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2704  peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, cyclophilin type  54.65 
 
 		 453 aa  77  0.00000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.0626056 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3872  hemolysin-type calcium-binding region  43.28 
 
 		 1895 aa  76.6  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00951  hypothetical protein  29.75 
 
 		 373 aa  77  0.00000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.139227 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3353  heme peroxidase  51.65 
 
 		 3608 aa  77  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5172  hemolysin-type calcium-binding region  51.19 
 
 		 516 aa  75.9  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.484438  normal  0.743168 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1854  hemolysin-type calcium-binding region  31.4 
 
 		 5171 aa  76.3  0.00000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000611986 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1795  Allergen V5/Tpx-1 family protein  53.16 
 
 		 421 aa  75.9  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.797719 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0122  hemolysin-type calcium-binding region  56.92 
 
 		 534 aa  76.3  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.589398  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1905  putative outer membrane adhesin like proteiin  45.45 
 
 		 1963 aa  75.9  0.00000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.849124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0747  outer membrane adhesin like proteiin  38.53 
 
 		 1598 aa  75.9  0.00000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.525894 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0412  beta-Ig-H3/fasciclin  43.59 
 
 		 510 aa  75.5  0.00000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.821212  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4186  hypothetical protein  41.88 
 
 		 760 aa  75.5  0.00000000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394785 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>