More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_2246 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_2246  VCBS  100 
 
 		 5769 aa  11200    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0632  outer membrane adhesin like proteiin  28.69 
 
 		 7233 aa  536  1e-150  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06128  hypothetical protein  28.15 
 
 		 6211 aa  466  1e-129  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0782  von Willebrand factor type A  28.47 
 
 		 5009 aa  392  1e-107  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000324  autotransporter adhesin  27.36 
 
 		 5123 aa  384  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1662  von Willebrand factor type A  28.51 
 
 		 6006 aa  345  2e-92  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1665  outer membrane adhesin like proteiin  27.79 
 
 		 2825 aa  259  7e-67  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0681  structural toxin protein RtxA  31.1 
 
 		 7919 aa  216  1e-53  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1638  VCBS  47.7 
 
 		 5094 aa  186  1e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1001  C-type lectin domain-containing protein  42.91 
 
 		 3325 aa  185  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2298  hemolysin-type calcium binding protein  31.37 
 
 		 1480 aa  171  5.9999999999999996e-40  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.880239  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0388  hypothetical protein  28.39 
 
 		 3263 aa  167  4.0000000000000004e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1846  putative outer membrane adhesin like proteiin  25.93 
 
 		 4876 aa  164  6e-38  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1637  VCBS  41.11 
 
 		 2127 aa  140  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1666  von Willebrand factor type A  29.05 
 
 		 1232 aa  135  2.0000000000000002e-29  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.854406  normal  0.168302 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0783  outer membrane adhesin like proteiin  30.3 
 
 		 4748 aa  136  2.0000000000000002e-29  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0249  putative calcium binding hemolysin protein  32.34 
 
 		 1499 aa  130  1e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.74922  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5959  outer membrane adhesin like proteiin  45.23 
 
 		 2567 aa  126  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33422  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  32.06 
 
 		 1597 aa  125  3e-26  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0246  putative calcium binding hemolysin protein  31.76 
 
 		 1156 aa  122  9.999999999999999e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.383795  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1806  hemolysin-type calcium-binding region  26.75 
 
 		 3184 aa  116  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.387385 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0986  Hemolysin-type calcium binding domain protein  31.82 
 
 		 4798 aa  115  3e-23  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2591  cadherin  27.69 
 
 		 2145 aa  113  9.000000000000001e-23  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.213456 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1018  hypothetical protein  34.94 
 
 		 2767 aa  113  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.556407 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0054  hypothetical protein  27.94 
 
 		 2353 aa  112  3e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3074  hemolysin-type calcium-binding region:haemolysin-type calcium binding related  32.17 
 
 		 855 aa  111  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0479509  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1441  Ig family protein  27.23 
 
 		 2245 aa  110  1e-21  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.195412  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  31.05 
 
 		 2954 aa  110  1e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4149  RTX toxin, putative  43.15 
 
 		 5020 aa  109  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2550  putative outer membrane adhesin like protein  28.57 
 
 		 3598 aa  108  3e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3739  outer membrane adhesin like proteiin  52.68 
 
 		 4231 aa  107  8e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  30.73 
 
 		 4978 aa  106  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  28.9 
 
 		 5745 aa  105  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2204  peptidase M23  35.42 
 
 		 999 aa  106  2e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  33.26 
 
 		 946 aa  105  3e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0482  Ig family protein  28.82 
 
 		 2132 aa  103  1e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1512  hemolysin-type calcium binding domain-containing protein  26.99 
 
 		 2107 aa  103  1e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.821841  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3089  hemolysin-type calcium-binding region:haemolysin-type calcium binding related  31.67 
 
 		 2689 aa  102  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.470754 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  32.01 
 
 		 4334 aa  102  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1094  putative outer membrane adhesin like proteiin  32.83 
 
 		 11716 aa  101  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.511917 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3233  hypothetical protein  38.38 
 
 		 4465 aa  100  7e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.226873 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0470  Ig family protein  43.8 
 
 		 2853 aa  100  1e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2362  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.34 
 
 		 994 aa  97.8  5e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.112717  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51170  Secreted mannuronan C-5 epimerase  31.65 
 
 		 1839 aa  97.1  9e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1963  hypothetical protein  30.05 
 
 		 1306 aa  97.1  1e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51250  Secreted bifunctional mannuronan C-5 epimerase/alginate lyase  30.72 
 
 		 856 aa  97.1  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  31.57 
 
 		 824 aa  95.9  2e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  32.11 
 
 		 3026 aa  95.9  2e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  30.15 
 
 		 2678 aa  96.3  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6216  outer membrane adhesin like proteiin  39.02 
 
 		 1728 aa  95.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0355107  normal  0.0464168 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  32.21 
 
 		 1279 aa  95.5  3e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  31 
 
 		 2816 aa  95.5  3e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0699  structural toxin protein RtxA  24.49 
 
 		 7679 aa  94.4  6e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7343  Hemolysin-type calcium-binding region  31.95 
 
 		 615 aa  94.4  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  26.66 
 
 		 4848 aa  94.4  6e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1152  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.69 
 
 		 3363 aa  94  7e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1242  VCBS  32.95 
 
 		 16311 aa  94  9e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2094  outer membrane adhesin like proteiin  30.05 
 
 		 1428 aa  93.6  9e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6412  outer membrane adhesin like proteiin  29.89 
 
 		 2337 aa  93.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1247  Hemolysin-type calcium-binding region  35.13 
 
 		 965 aa  93.6  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  29.59 
 
 		 2775 aa  93.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5060  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  40.26 
 
 		 5962 aa  93.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.943676 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0722  hemolysin-type calcium-binding region  29.75 
 
 		 851 aa  93.6  1e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3265  Ig family protein  30.84 
 
 		 3209 aa  92.8  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.594871  decreased coverage  0.00759247 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0565  Ig family protein  44.63 
 
 		 2820 aa  92.4  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6410  hypothetical protein  30.25 
 
 		 1781 aa  92.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.885103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  43.92 
 
 		 9867 aa  92.8  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0949  fibronectin, type III domain-containing protein  29.79 
 
 		 892 aa  92.4  2e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.687248  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  31.59 
 
 		 3474 aa  92.4  3e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  29.63 
 
 		 1534 aa  91.3  5e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.52 
 
 		 1884 aa  90.9  6e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3643  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  25.58 
 
 		 1180 aa  89.7  0.000000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0822  peptidase domain-containing protein  29.41 
 
 		 820 aa  89.7  0.000000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2034  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  29.84 
 
 		 1363 aa  90.1  0.000000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.055815  normal  0.277467 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3686  parallel beta-helix repeat-containing protein  35.83 
 
 		 1066 aa  89.7  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.346515 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1701  5'-nucleotidase domain-containing protein  32.28 
 
 		 980 aa  89  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.507606  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_33710  Secreted mannuronan C5-epimerase  30.98 
 
 		 998 aa  89  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51180  Secreted mannuronan C-5 epimerase  31.13 
 
 		 998 aa  89  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0168  surface adhesion protein, putative  38.96 
 
 		 8682 aa  89  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.810778 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0380  VCBS  36.65 
 
 		 1586 aa  89  0.000000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.101859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51190  Secreted mannuronan C-5 epimerase  30.25 
 
 		 1403 aa  89  0.000000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.156968  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_14361  hypothetical protein  27.66 
 
 		 4723 aa  88.2  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0392  Ig family protein  47.32 
 
 		 2001 aa  88.2  0.000000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0188  hypothetical protein  38.96 
 
 		 9030 aa  88.2  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0220008 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2357  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.52 
 
 		 850 aa  88.2  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6214  hypothetical protein  31.23 
 
 		 1752 aa  87.8  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0213789 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4186  hypothetical protein  41.52 
 
 		 760 aa  87.8  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51240  Calcium-binding protein  28.78 
 
 		 1168 aa  87.4  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.214851  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0299  hemolysin-type calcium binding domain-containing protein  28.5 
 
 		 1607 aa  87  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1592  hemolysin-type calcium binding domain-containing protein  27.03 
 
 		 1789 aa  86.7  0.00000000000001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49350  hypothetical protein  27.48 
 
 		 889 aa  86.7  0.00000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0583  putative Ig  48.48 
 
 		 1055 aa  85.9  0.00000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0133  von Willebrand factor, type A  50 
 
 		 5218 aa  86.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.809343 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  30.54 
 
 		 3619 aa  86.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3540  putative adhesin or RTX toxin  42.13 
 
 		 2060 aa  86.3  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2501  Cadherin  31.72 
 
 		 942 aa  85.9  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.390828  normal  0.873412 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5002  hemolysin-type calcium-binding region  30.47 
 
 		 1532 aa  85.1  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0763111  normal  0.53255 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  41.91 
 
 		 1883 aa  85.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  30.09 
 
 		 3619 aa  85.1  0.00000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  32.5 
 
 		 1164 aa  84.7  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>