169 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3075 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_5407  hypothetical protein  45.78 
 
 		 3714 aa  2371    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3075  outer membrane adhesin like proteiin  100 
 
 		 3508 aa  6879    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4138  hypothetical protein  30.1 
 
 		 3182 aa  352  7e-95  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1122  outer membrane adhesin like proteiin  29.77 
 
 		 2784 aa  270  5e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0676  VCBS  27.78 
 
 		 4661 aa  253  6e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000119465 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0384  hypothetical protein  28.71 
 
 		 4285 aa  228  2e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1291  outer membrane adhesin like proteiin  30.29 
 
 		 2555 aa  214  2e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.983971 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  28.49 
 
 		 5745 aa  207  2e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0510  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.17 
 
 		 2812 aa  206  9e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0369  putative outer membrane adhesin like proteiin  25.6 
 
 		 2067 aa  203  5e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.936845  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0479  outer membrane adhesin like proteiin  27.46 
 
 		 3229 aa  202  6e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1242  VCBS  27.69 
 
 		 16311 aa  202  7.999999999999999e-50  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5959  outer membrane adhesin like proteiin  28.3 
 
 		 2567 aa  202  1.0000000000000001e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33422  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4149  RTX toxin, putative  27.41 
 
 		 5020 aa  197  4e-48  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3808  outer membrane adhesin like proteiin  27.82 
 
 		 2524 aa  193  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355585 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1068  hypothetical protein  29.81 
 
 		 5166 aa  189  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  26.19 
 
 		 4978 aa  187  4.0000000000000006e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  27.47 
 
 		 1883 aa  186  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2197  hypothetical protein  28.93 
 
 		 5203 aa  180  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1463  VCBS  28.41 
 
 		 2887 aa  177  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.743526 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3199  VCBS  28.21 
 
 		 4854 aa  177  3.9999999999999995e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3331  outer membrane adhesin like proteiin  28.84 
 
 		 3439 aa  163  6e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0478  outer membrane adhesin like proteiin  26.16 
 
 		 3259 aa  158  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2430  VBCS repeat-containing protein  24.75 
 
 		 3758 aa  149  1e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0367  VCBS  24.89 
 
 		 6678 aa  147  4e-33  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.410615 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0314  putative outer membrane adhesin like proteiin  28.18 
 
 		 1553 aa  145  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0526571  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6216  outer membrane adhesin like proteiin  36.19 
 
 		 1728 aa  145  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0355107  normal  0.0464168 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4137  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.44 
 
 		 1599 aa  144  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1638  VCBS  25.88 
 
 		 5094 aa  140  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6412  outer membrane adhesin like proteiin  34.42 
 
 		 2337 aa  137  3e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  27.22 
 
 		 1597 aa  133  8.000000000000001e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  22.72 
 
 		 3816 aa  132  1.0000000000000001e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3182  putative outer membrane adhesin-like protein  33.21 
 
 		 3132 aa  130  5e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0276  outer membrane adhesin like proteiin  25.6 
 
 		 3091 aa  128  2e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1560  VCBS  41.14 
 
 		 1838 aa  124  3e-26  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431864  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  26.33 
 
 		 3191 aa  124  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4004  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.75 
 
 		 2239 aa  124  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.328168  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1152  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.94 
 
 		 3363 aa  122  1.9999999999999998e-25  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0563  type 1 secretion C-terminal target domain protein  28.8 
 
 		 1706 aa  120  5e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3233  hypothetical protein  29.02 
 
 		 4465 aa  120  5e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.226873 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0675  Pyrrolo-quinoline quinone  34.43 
 
 		 3066 aa  119  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00895028 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0304  hypothetical protein  27.61 
 
 		 1806 aa  115  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2334  lipase, class 3  34.32 
 
 		 2133 aa  115  2.0000000000000002e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.352335  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  40 
 
 		 4334 aa  115  2.0000000000000002e-23  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1239  VCBS  40.54 
 
 		 2461 aa  114  4.0000000000000004e-23  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  25.92 
 
 		 1884 aa  112  2e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  36.31 
 
 		 3954 aa  111  2e-22  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  35.79 
 
 		 3026 aa  111  3e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0313  putative outer membrane adhesin like proteiin  28.93 
 
 		 4836 aa  110  5e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.971398 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001580  rTX toxin putative  24.87 
 
 		 2743 aa  110  5e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0565  Ig family protein  32.37 
 
 		 2820 aa  109  8e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  38.75 
 
 		 1855 aa  108  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2179  putative outer membrane adhesin like proteiin  34.67 
 
 		 14916 aa  108  3e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3964  hypothetical protein  33.13 
 
 		 940 aa  107  4e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.820547  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  30.53 
 
 		 1019 aa  107  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0387  cadherin  32.53 
 
 		 938 aa  106  7e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0482  Ig family protein  33.63 
 
 		 2132 aa  105  1e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0470  Ig family protein  29.7 
 
 		 2853 aa  105  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4754  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  29.41 
 
 		 3427 aa  104  3e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0392  Ig family protein  33.19 
 
 		 2001 aa  102  1e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3540  putative adhesin or RTX toxin  36.57 
 
 		 2060 aa  100  4e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4891  hypothetical protein  28.88 
 
 		 337 aa  100  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.504039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0738  VCBS  36.18 
 
 		 8871 aa  100  6e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0382  putative outer membrane adhesin like proteiin  31.57 
 
 		 5839 aa  98.6  2e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  36.99 
 
 		 2678 aa  97.4  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3642  putative outer membrane adhesin like protein  32.44 
 
 		 4791 aa  96.3  9e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0612  hemolysin-type calcium-binding region  32.58 
 
 		 12741 aa  95.9  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1047  hypothetical protein  38.46 
 
 		 492 aa  95.9  1e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000670981  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3728  cadherin  29.8 
 
 		 3089 aa  95.9  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4139  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.35 
 
 		 4122 aa  95.1  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  26.04 
 
 		 8321 aa  94  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0591  FG-GAP  31.82 
 
 		 813 aa  92.4  1e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.41506  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1339  Hemolysin-type calcium-binding region  38.28 
 
 		 8980 aa  91.7  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4251  Ig family protein  35.1 
 
 		 2802 aa  90.1  8e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.676511 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  28.78 
 
 		 3474 aa  89.7  9e-16  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1637  VCBS  27.24 
 
 		 2127 aa  88.2  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4098  outer membrane adhesin like proteiin  33.02 
 
 		 6662 aa  87.8  0.000000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3982  putative outer membrane adhesin like proteiin  33.02 
 
 		 6683 aa  87.8  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3905  outer membrane adhesin like proteiin  33.02 
 
 		 6779 aa  87.4  0.000000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2342  putative outer membrane adhesin like proteiin  28.76 
 
 		 2812 aa  87  0.000000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000136287 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0419  hemolysin-type calcium-binding region  29.19 
 
 		 1022 aa  86.3  0.000000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0424  hemolysin-type calcium-binding region  29.51 
 
 		 1017 aa  86.3  0.00000000000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.316008  normal  0.221114 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0477  outer membrane adhesin like proteiin  24.73 
 
 		 16322 aa  84.7  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4419  hypothetical protein  31.58 
 
 		 922 aa  84.3  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0491  outer membrane adhesin like proteiin  43.33 
 
 		 7149 aa  84.3  0.00000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0797  outer membrane adhesin like proteiin  25.64 
 
 		 1141 aa  84  0.00000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000422857  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3063  VCBS  24.36 
 
 		 1269 aa  84  0.00000000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0246  hypothetical protein  28.24 
 
 		 426 aa  81.6  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3323  hypothetical protein  29.6 
 
 		 3477 aa  80.9  0.0000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00195201 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  29.49 
 
 		 824 aa  80.5  0.0000000000006  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1367  putative outer membrane adhesin like proteiin  25.63 
 
 		 3396 aa  79  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.410312 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4317  RTX toxin, putative  33.65 
 
 		 2768 aa  79  0.000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3161  outer membrane adhesin-like protein  24.83 
 
 		 1269 aa  78.2  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4951  hypothetical protein  26.49 
 
 		 3394 aa  78.6  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1450  hemolysin-type calcium-binding region  27.87 
 
 		 917 aa  77.8  0.000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0841616  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1087  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.45 
 
 		 5098 aa  77.8  0.000000000004  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000320164 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  27.06 
 
 		 3193 aa  77  0.000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3080  hypothetical protein  24.96 
 
 		 2853 aa  77  0.000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2620  outer membrane adhesin like proteiin  29.54 
 
 		 513 aa  75.9  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160364  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  28.01 
 
 		 2816 aa  75.9  0.00000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>