174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_5407 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3075  outer membrane adhesin like proteiin  45.66 
 
 		 3508 aa  2388    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5407  hypothetical protein  100 
 
 		 3714 aa  7285    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4138  hypothetical protein  32.58 
 
 		 3182 aa  489  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0676  VCBS  28.27 
 
 		 4661 aa  279  8e-73  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000119465 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1122  outer membrane adhesin like proteiin  28.94 
 
 		 2784 aa  275  2e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0384  hypothetical protein  29.98 
 
 		 4285 aa  275  2e-71  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3623  outer membrane adhesin like protein  29.01 
 
 		 5745 aa  257  3e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000322965 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0479  outer membrane adhesin like proteiin  27.74 
 
 		 3229 aa  255  1e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3952  hypothetical protein  28.28 
 
 		 3191 aa  245  9e-63  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.627694  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3622  conserved repeat domain protein  27.76 
 
 		 4978 aa  240  4e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00000013093 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0510  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.91 
 
 		 2812 aa  240  4e-61  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3331  outer membrane adhesin like proteiin  28.25 
 
 		 3439 aa  237  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3808  outer membrane adhesin like proteiin  28.73 
 
 		 2524 aa  236  6e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000355585 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5959  outer membrane adhesin like proteiin  28.96 
 
 		 2567 aa  235  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.33422  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3199  VCBS  28.87 
 
 		 4854 aa  228  2e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0478  outer membrane adhesin like proteiin  28.03 
 
 		 3259 aa  226  7e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1463  VCBS  30.43 
 
 		 2887 aa  220  4e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.743526 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0369  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.05 
 
 		 2067 aa  217  3.9999999999999995e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.936845  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1242  VCBS  27.07 
 
 		 16311 aa  214  4e-53  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1291  outer membrane adhesin like proteiin  31.14 
 
 		 2555 aa  212  1e-52  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.983971 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2197  hypothetical protein  37.03 
 
 		 5203 aa  211  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4149  RTX toxin, putative  27.44 
 
 		 5020 aa  204  1.9999999999999998e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0367  VCBS  28.44 
 
 		 6678 aa  204  1.9999999999999998e-50  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.410615 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5971  VCBS  29.07 
 
 		 1883 aa  192  1e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.151859  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1068  hypothetical protein  36.71 
 
 		 5166 aa  190  4e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6216  outer membrane adhesin like proteiin  38.52 
 
 		 1728 aa  184  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0355107  normal  0.0464168 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1638  VCBS  27.21 
 
 		 5094 aa  182  8e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.592919 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0314  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.2 
 
 		 1553 aa  172  1e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0526571  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4137  putative outer membrane adhesin like proteiin  29.72 
 
 		 1599 aa  171  4e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6412  outer membrane adhesin like proteiin  34.76 
 
 		 2337 aa  167  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0563  type 1 secretion C-terminal target domain protein  27.17 
 
 		 1706 aa  163  7e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1167  putative outer membrane adhesin like proteiin  25.84 
 
 		 1884 aa  147  4e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001580  rTX toxin putative  26.77 
 
 		 2743 aa  146  8e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0105  VCBS  27.78 
 
 		 1597 aa  138  1.9999999999999998e-30  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.00289742  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2430  VBCS repeat-containing protein  24.74 
 
 		 3758 aa  136  6.999999999999999e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0738  VCBS  25.65 
 
 		 8871 aa  133  5.0000000000000004e-29  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0276  outer membrane adhesin like proteiin  24.13 
 
 		 3091 aa  128  3e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1239  VCBS  44.85 
 
 		 2461 aa  120  3e-25  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0313  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.38 
 
 		 4836 aa  121  3e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.971398 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4139  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.2 
 
 		 4122 aa  120  6e-25  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3540  putative adhesin or RTX toxin  41.15 
 
 		 2060 aa  119  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2179  putative outer membrane adhesin like proteiin  26.04 
 
 		 14916 aa  117  5e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0304  hypothetical protein  27.92 
 
 		 1806 aa  116  7.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2715  VCBS  38.91 
 
 		 3026 aa  115  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3182  putative outer membrane adhesin like proteiin  40.71 
 
 		 2678 aa  115  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4004  putative outer membrane adhesin like proteiin  27.82 
 
 		 2239 aa  113  8.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.328168  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4419  hypothetical protein  38.78 
 
 		 922 aa  109  1e-21  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1560  VCBS  36.63 
 
 		 1838 aa  107  3e-21  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.431864  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2334  lipase, class 3  39.87 
 
 		 2133 aa  106  1e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.352335  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0506  putative outer membrane adhesin like protein  27.41 
 
 		 2816 aa  105  1e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3869  putative outer membrane adhesin like proteiin  23.7 
 
 		 3816 aa  105  2e-20  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  40.4 
 
 		 1855 aa  103  9e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3233  hypothetical protein  32.96 
 
 		 4465 aa  102  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.226873 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0387  cadherin  34.78 
 
 		 938 aa  102  2e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  38.67 
 
 		 4334 aa  101  3e-19  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1152  putative outer membrane adhesin like proteiin  38.56 
 
 		 3363 aa  100  4e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3459  YD repeat-containing protein  34.84 
 
 		 3193 aa  100  5e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0582  Integrins alpha chain  33.52 
 
 		 1019 aa  100  6e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0797  outer membrane adhesin like proteiin  25.64 
 
 		 1141 aa  99.8  9e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000422857  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3964  hypothetical protein  34.73 
 
 		 940 aa  99.4  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.820547  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4754  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  33.71 
 
 		 3427 aa  99.4  1e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3470  hemolysin-type calcium-binding region  35.97 
 
 		 9867 aa  98.6  2e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5368  outer membrane adhesin like protein  25.94 
 
 		 3927 aa  98.6  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1339  Hemolysin-type calcium-binding region  43.65 
 
 		 8980 aa  98.6  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4891  hypothetical protein  33.15 
 
 		 337 aa  97.4  5e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.504039  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0306  hypothetical protein  29.08 
 
 		 1350 aa  97.1  6e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0798  hypothetical protein  28.02 
 
 		 3474 aa  95.1  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3182  putative outer membrane adhesin-like protein  31.07 
 
 		 3132 aa  94.7  3e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3728  cadherin  33.13 
 
 		 3089 aa  94  6e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2160  Hemolysin-type calcium-binding region  35.53 
 
 		 3954 aa  93.6  6e-17  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0470  Ig family protein  34.29 
 
 		 2853 aa  93.2  8e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0612  hemolysin-type calcium-binding region  43.55 
 
 		 12741 aa  93.2  9e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1637  VCBS  26.51 
 
 		 2127 aa  92.4  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003404  putative RTX toxin  26.73 
 
 		 4848 aa  91.3  3e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4251  Ig family protein  40.13 
 
 		 2802 aa  90.5  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.676511 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0591  FG-GAP  32.26 
 
 		 813 aa  87.8  0.000000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.41506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1672  beta strand repeat-containing protein  33.33 
 
 		 3391 aa  87.4  0.000000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.0848841 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0565  Ig family protein  35.29 
 
 		 2820 aa  87  0.000000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0482  Ig family protein  34.34 
 
 		 2132 aa  85.9  0.00000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0392  Ig family protein  35.05 
 
 		 2001 aa  85.1  0.00000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3642  putative outer membrane adhesin like protein  30.62 
 
 		 4791 aa  84.7  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4317  RTX toxin, putative  29.7 
 
 		 2768 aa  82.8  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0491  outer membrane adhesin like proteiin  40.54 
 
 		 7149 aa  82.8  0.0000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2286  outer membrane adhesin like proteiin  32.32 
 
 		 510 aa  81.6  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1087  putative outer membrane adhesin like proteiin  41.61 
 
 		 5098 aa  82.4  0.0000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000320164 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0477  outer membrane adhesin like proteiin  26.31 
 
 		 16322 aa  81.3  0.0000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0419  hemolysin-type calcium-binding region  26.69 
 
 		 1022 aa  80.9  0.0000000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1294  polyhydroxyalkanoate synthesis repressor PhaR  26.22 
 
 		 8321 aa  80.9  0.0000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.359322 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0424  hemolysin-type calcium-binding region  31.58 
 
 		 1017 aa  80.5  0.0000000000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.316008  normal  0.221114 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0675  Pyrrolo-quinoline quinone  29.94 
 
 		 3066 aa  80.5  0.0000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00895028 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2620  outer membrane adhesin like proteiin  34.54 
 
 		 513 aa  79.3  0.000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.160364  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0379  VCBS  33.78 
 
 		 7284 aa  77.4  0.000000000005  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.943155 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0380  VCBS  43.81 
 
 		 1586 aa  77  0.000000000006  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.101859  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0435  conserved repeat domain protein  27.88 
 
 		 2886 aa  76.3  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000465  fibronectin type III domain protein  27.22 
 
 		 2839 aa  75.9  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1047  hypothetical protein  35.67 
 
 		 492 aa  75.5  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000670981  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1663  Hemolysin-type calcium-binding region  30.67 
 
 		 824 aa  75.1  0.00000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.157908  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0384  putative outer membrane adhesin like protein  30.9 
 
 		 5442 aa  75.5  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3393  putative outer membrane adhesin like protein  31.14 
 
 		 1215 aa  74.7  0.00000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0139307 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0560  putative outer membrane adhesin like protein  30.53 
 
 		 1215 aa  74.7  0.00000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>