More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5770 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5770  TPR repeat-containing protein  100 
 
 		 764 aa  1570    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0786479  normal  0.562645 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6906  cytochrome C family protein  66.62 
 
 		 758 aa  967    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  80.85 
 
 		 802 aa  1135    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3059  TPR repeat-containing protein  37.35 
 
 		 771 aa  475  1e-132  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  36.36 
 
 		 784 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  37.11 
 
 		 781 aa  462  9.999999999999999e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  35.13 
 
 		 828 aa  457  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  38.13 
 
 		 764 aa  458  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  34.67 
 
 		 817 aa  458  1e-127  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  34.84 
 
 		 773 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3872  cytochrome C family protein  37.22 
 
 		 742 aa  430  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.817906  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  31.69 
 
 		 743 aa  417  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0783  hypothetical protein  34.83 
 
 		 651 aa  413  1e-114  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3652  TPR repeat-containing protein  34.9 
 
 		 729 aa  404  1e-111  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0372176  normal  0.0239407 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2987  TPR domain-containing protein  32.61 
 
 		 778 aa  399  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.353968  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3109  hypothetical protein  35.59 
 
 		 649 aa  379  1e-104  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  35.19 
 
 		 755 aa  379  1e-103  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3991  TPR repeat-containing protein  37.48 
 
 		 687 aa  379  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  31.8 
 
 		 708 aa  355  1e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  30.48 
 
 		 799 aa  346  8e-94  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0379  cytochrome C family protein  29.46 
 
 		 767 aa  268  2.9999999999999995e-70  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.295116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2521  hypothetical protein  24.58 
 
 		 640 aa  120  9e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0100183  normal  0.93164 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1942  hypothetical protein  24.65 
 
 		 425 aa  92.4  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.253838  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2854  TPR repeat-containing protein  19.89 
 
 		 654 aa  79  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000521084 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1803  hypothetical protein  22.94 
 
 		 394 aa  71.6  0.00000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  26.27 
 
 		 351 aa  71.2  0.00000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2292  hypothetical protein  23.6 
 
 		 390 aa  70.5  0.0000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100786 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3498  hypothetical protein  24.03 
 
 		 391 aa  70.1  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.363795  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  31.3 
 
 		 685 aa  68.9  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2523  hypothetical protein  29.46 
 
 		 795 aa  68.9  0.0000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.184422  normal  0.460331 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  27.07 
 
 		 1737 aa  66.6  0.000000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  29.32 
 
 		 878 aa  65.9  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  34.59 
 
 		 636 aa  65.9  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  28.57 
 
 		 810 aa  63.5  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3262  hypothetical protein  23.23 
 
 		 453 aa  63.9  0.00000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.931902  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1499  TPR repeat-containing protein  27.71 
 
 		 486 aa  63.9  0.00000001  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.329638 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  27.69 
 
 		 399 aa  63.5  0.00000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  33.83 
 
 		 612 aa  63.9  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6918  TPR repeat-containing protein  27.85 
 
 		 847 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.378966  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2369  TPR repeat-containing protein  34.13 
 
 		 639 aa  62.8  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.319986  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  33.83 
 
 		 611 aa  63.2  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  28.02 
 
 		 1276 aa  62.8  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2526  tetratricopeptide TPR_2  26.11 
 
 		 1154 aa  62.4  0.00000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.240995 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0011  hypothetical protein  27.6 
 
 		 1138 aa  62  0.00000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.41301  normal  0.0644501 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.21 
 
 		 632 aa  62  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4141  TPR repeat-containing protein  33.33 
 
 		 637 aa  61.2  0.00000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780051  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2288  TPR repeat-containing protein  32.54 
 
 		 740 aa  61.2  0.00000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00731  hypothetical protein  31.13 
 
 		 816 aa  60.8  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.456129 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2445  TPR repeat-containing protein  26.92 
 
 		 351 aa  60.5  0.0000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0758357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  29.66 
 
 		 362 aa  60.8  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2526  hypothetical protein  28.68 
 
 		 732 aa  60.5  0.0000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.0463083 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  29.08 
 
 		 725 aa  60.5  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  24.86 
 
 		 1979 aa  59.7  0.0000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0549  TPR repeat-containing protein  32.33 
 
 		 635 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2910  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  34.88 
 
 		 257 aa  59.3  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0603977  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1028  TPR repeat-containing protein  32.33 
 
 		 635 aa  59.7  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.608823  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3963  TPR repeat-containing protein  29.26 
 
 		 264 aa  59.3  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.187703 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  27.13 
 
 		 909 aa  58.9  0.0000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  26.82 
 
 		 620 aa  58.9  0.0000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  27.13 
 
 		 681 aa  58.5  0.0000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  29.92 
 
 		 637 aa  58.2  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0825  TPR repeat-containing protein  27.13 
 
 		 739 aa  57.8  0.0000007  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.423694  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18191  hypothetical protein  32.11 
 
 		 425 aa  57.8  0.0000008  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.888115 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  29.83 
 
 		 626 aa  57.8  0.0000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  28.14 
 
 		 4079 aa  57.8  0.0000008  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4342  TPR repeat-containing protein  28.93 
 
 		 1406 aa  57.8  0.0000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  32.54 
 
 		 626 aa  57.4  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  32.54 
 
 		 614 aa  57  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  32.54 
 
 		 626 aa  57.4  0.000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0815  TPR repeat-containing protein  32.63 
 
 		 235 aa  57  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.0605859  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  32.54 
 
 		 614 aa  57.4  0.000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3197  O-GlcNAc transferase, p110 subunit  28.4 
 
 		 395 aa  57  0.000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.187148  normal  0.017581 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  32.54 
 
 		 614 aa  57.4  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  32.54 
 
 		 614 aa  57  0.000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0911  tetratricopeptide TPR_4  26.17 
 
 		 875 aa  57  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.379762  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  27.37 
 
 		 620 aa  57  0.000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  32.54 
 
 		 614 aa  57  0.000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0087  TPR repeat-containing protein  26.83 
 
 		 366 aa  57  0.000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1547  TPR domain-containing protein  31.25 
 
 		 473 aa  56.2  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.661842  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3428  TPR domain-containing protein  27.34 
 
 		 399 aa  56.6  0.000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4803  tetratricopeptide TPR_3  25.69 
 
 		 340 aa  56.6  0.000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2034  TPR repeat-containing protein  30.37 
 
 		 416 aa  56.6  0.000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1260  TPR repeat-containing protein  27.42 
 
 		 573 aa  56.2  0.000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.439457 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2530  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 608 aa  56.2  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.187337  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0742  hypothetical protein  23.42 
 
 		 563 aa  56.6  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.345511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2918  hypothetical protein  22.16 
 
 		 469 aa  56.2  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1501  TPR repeat-containing protein  27.22 
 
 		 629 aa  56.2  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.961258  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24191  hypothetical protein  25.77 
 
 		 545 aa  56.2  0.000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18211  hypothetical protein  25.38 
 
 		 603 aa  55.8  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.905605 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3295  TPR repeat-containing protein  27.35 
 
 		 311 aa  55.5  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3746  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 602 aa  55.8  0.000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.824926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0060  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 562 aa  55.8  0.000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3741  TPR repeat-containing protein  35.34 
 
 		 1106 aa  55.5  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  24.62 
 
 		 448 aa  55.8  0.000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  23.48 
 
 		 622 aa  55.8  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5131  TPR repeat-containing protein  26.95 
 
 		 361 aa  55.1  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000131061 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0166  TPR repeat-containing protein  30.38 
 
 		 754 aa  55.1  0.000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.268335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2822  TPR repeat-containing protein  32.56 
 
 		 257 aa  55.1  0.000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3801  TPR repeat-containing protein  26.94 
 
 		 713 aa  55.5  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.386604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0913  TPR repeat-containing protein  31.01 
 
 		 280 aa  55.1  0.000004  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.249159  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>