More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3428 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3428  TPR domain-containing protein  100 
 
 		 399 aa  781    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2334  TPR repeat-containing protein  98.5 
 
 		 399 aa  770    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.752324  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2507  TPR repeat-containing protein  92.88 
 
 		 351 aa  636    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800453  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2445  TPR repeat-containing protein  85.47 
 
 		 351 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0758357  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2654  hypothetical protein  59.72 
 
 		 351 aa  392  1e-108  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2970  TPR repeat-containing protein  57.14 
 
 		 364 aa  359  6e-98  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.47174  normal  0.17281 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3102  TPR domain protein  57.75 
 
 		 389 aa  344  2e-93  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0131637  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3904  TPR domain-containing protein  37.79 
 
 		 755 aa  152  1e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.041716  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2526  tetratricopeptide TPR_2  28.33 
 
 		 784 aa  89.4  9e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.82201 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3410  TPR repeat-containing protein  30.57 
 
 		 781 aa  86.7  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.892203 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1945  TPR repeat-containing protein  28.06 
 
 		 828 aa  83.2  0.000000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1449  tetratricopeptide TPR_2  27.37 
 
 		 799 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0602  hypothetical protein  27.52 
 
 		 817 aa  74.7  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.141077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1328  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  31.94 
 
 		 810 aa  70.5  0.00000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.929548  normal  0.0143336 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24161  hypothetical protein  27.52 
 
 		 661 aa  69.3  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24101  hypothetical protein  26.59 
 
 		 725 aa  69.3  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1237  TPR repeat-containing protein  28.57 
 
 		 802 aa  68.9  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.200313 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1300  TPR repeat-containing protein  31.94 
 
 		 878 aa  67.4  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1639  tetratricopeptide TPR_2  27.94 
 
 		 773 aa  67  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.858734 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02941  hypothetical protein  29.29 
 
 		 1676 aa  66.6  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.673691 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0930  TPR repeat-containing protein  24.46 
 
 		 329 aa  66.6  0.0000000008  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1094  TPR repeat-containing protein  27.37 
 
 		 685 aa  65.9  0.000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1988  TPR repeat-containing protein  28.05 
 
 		 764 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.645033 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2378  TPR domain-containing protein  23.55 
 
 		 743 aa  63.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2224  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  28.44 
 
 		 884 aa  63.9  0.000000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003600  TPR domain protein  27.73 
 
 		 708 aa  63.5  0.000000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.210834  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2403  tetratricopeptide TPR_4  26.97 
 
 		 267 aa  63.2  0.000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000143988  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2993  TPR repeat-containing protein  30.65 
 
 		 789 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312978 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3340  TPR repeat-containing protein  32.65 
 
 		 828 aa  62  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.710571 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0917  TPR repeat-containing protein  28.22 
 
 		 566 aa  61.6  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00563549 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0152  TPR repeat-containing protein  31.47 
 
 		 828 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0165  TPR repeat-containing protein  31.47 
 
 		 828 aa  61.6  0.00000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0585605  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1273  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 		 879 aa  61.2  0.00000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0336  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  22.8 
 
 		 557 aa  60.8  0.00000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000572448  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4603  TPR repeat-containing protein  26.74 
 
 		 722 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.524488 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0157  TPR repeat-containing protein  30.17 
 
 		 465 aa  60.8  0.00000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2942  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.71 
 
 		 632 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_23981  hypothetical protein  26.95 
 
 		 587 aa  60.5  0.00000005  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.167552 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1312  TPR repeat-containing protein  25 
 
 		 1069 aa  59.7  0.00000008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.530092  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3643  TPR domain-containing protein  24.38 
 
 		 1979 aa  59.7  0.00000008  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0301  TPR repeat-containing protein  30.99 
 
 		 1827 aa  60.1  0.00000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  26.86 
 
 		 3145 aa  59.7  0.00000008  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1093  TPR repeat-containing protein  27.37 
 
 		 681 aa  59.7  0.00000009  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.353622  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5770  TPR repeat-containing protein  25.18 
 
 		 764 aa  59.7  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0786479  normal  0.562645 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1582  TPR repeat-containing protein  27.46 
 
 		 767 aa  59.7  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000189935  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0691  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  29.61 
 
 		 883 aa  58.9  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.953113 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3213  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.18 
 
 		 639 aa  58.9  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000022774  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2213  sulfotransferase  26.92 
 
 		 656 aa  59.3  0.0000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1361  TPR repeat-containing protein  28.04 
 
 		 1276 aa  58.9  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0446  TPR repeat-containing protein  27.01 
 
 		 377 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.021695 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2515  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.34 
 
 		 265 aa  59.3  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00000326196  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03573  tetratricopeptide repeat family  28.27 
 
 		 690 aa  58.5  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.432087  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0083  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.21 
 
 		 2240 aa  58.9  0.0000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02811  hypothetical protein  26.99 
 
 		 837 aa  58.2  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.370164 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3466  TPR repeat-containing protein  29.75 
 
 		 374 aa  57.4  0.0000004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1858  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.17 
 
 		 326 aa  57  0.0000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1704  TPR repeat-containing protein  23.81 
 
 		 265 aa  57  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.12979e-21 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_19711  hypothetical protein  26.98 
 
 		 865 aa  57  0.0000006  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.372007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3831  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  33.33 
 
 		 1034 aa  56.6  0.0000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0133068 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3199  TPR repeat-containing protein  23.86 
 
 		 565 aa  56.6  0.0000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.714786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4728  TPR repeat-containing protein  26.9 
 
 		 718 aa  56.6  0.0000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.346608 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1172  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 4079 aa  56.6  0.0000007  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  28.12 
 
 		 700 aa  56.6  0.0000008  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0783  hypothetical protein  27.19 
 
 		 651 aa  56.2  0.0000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02961  hypothetical protein  27.69 
 
 		 594 aa  56.2  0.0000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2530  TPR repeat-containing protein  26.51 
 
 		 608 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.187337  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5110  TPR repeat-containing protein  29.33 
 
 		 288 aa  55.8  0.000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.163263  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1233  TPR repeat-containing protein  25.4 
 
 		 909 aa  55.8  0.000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.161918  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2499  PEP-CTERM system TPR-repeat lipoprotein  27.47 
 
 		 935 aa  56.2  0.000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00842249  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2550  TPR repeat-containing protein  25.81 
 
 		 670 aa  55.8  0.000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.507483  normal  0.0818134 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1957  hypothetical protein  28.36 
 
 		 475 aa  55.8  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.00211883  hitchhiker  0.00150316 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0156  TPR repeat-containing protein  30.56 
 
 		 955 aa  55.8  0.000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1841  TPR repeat-containing protein  26.09 
 
 		 3035 aa  55.1  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0487  TPR repeat-containing protein  29.33 
 
 		 566 aa  55.5  0.000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.679539 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1492  glycosyl transferase family protein  21.65 
 
 		 1737 aa  55.5  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.315595  normal  0.552274 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3747  TPR repeat-containing protein  32.56 
 
 		 1005 aa  55.5  0.000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2862  TPR repeat-containing protein  23.23 
 
 		 448 aa  55.1  0.000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.375816 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0687  TPR repeat-containing protein  31.52 
 
 		 2262 aa  55.5  0.000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00419541 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0955  TPR repeat-containing protein  25.93 
 
 		 637 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2321  TPR repeat-containing protein  27.08 
 
 		 475 aa  54.7  0.000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.084712  decreased coverage  0.00212856 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4301  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.7 
 
 		 363 aa  54.3  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.124533 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4981  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.21 
 
 		 384 aa  54.7  0.000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.389941 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0100  TPR domain-containing protein  31.06 
 
 		 790 aa  54.3  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.990506 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2579  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.96 
 
 		 786 aa  54.3  0.000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0911  TPR repeat-containing protein  29.41 
 
 		 515 aa  54.7  0.000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.19098  hitchhiker  0.00518464 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3059  TPR repeat-containing protein  27.34 
 
 		 771 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24071  hypothetical protein  24.24 
 
 		 622 aa  54.3  0.000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1530  TPR repeat-containing protein  27.93 
 
 		 873 aa  54.7  0.000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0304158  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1087  TPR repeat-containing protein  25.64 
 
 		 808 aa  54.3  0.000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0698  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  24.61 
 
 		 784 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1344  TPR repeat-containing protein  25.63 
 
 		 471 aa  54.3  0.000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.641665  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1257  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  29.73 
 
 		 237 aa  53.9  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1657  TPR repeat-containing protein  26.67 
 
 		 594 aa  54.3  0.000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0658919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2231  TPR repeat-containing protein  22.86 
 
 		 265 aa  54.3  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00000000660918  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6906  cytochrome C family protein  28.95 
 
 		 758 aa  53.9  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.361368 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1683  TPR repeat-containing protein  23.96 
 
 		 362 aa  53.9  0.000005  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4239  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  25.7 
 
 		 363 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0867  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.8 
 
 		 200 aa  53.9  0.000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.23056  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4611  TPR domain-containing protein  29.56 
 
 		 615 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.100536 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2475  peptidoglycan-binding LysM  25.76 
 
 		 632 aa  53.9  0.000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00625277  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>