More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2010 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 395 aa  800    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  67.76 
 
 		 397 aa  548  1e-155  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  66.25 
 
 		 397 aa  541  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  67.17 
 
 		 396 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  62.94 
 
 		 402 aa  518  1e-146  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  60.2 
 
 		 395 aa  492  9.999999999999999e-139  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  55.47 
 
 		 410 aa  432  1e-120  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  42.89 
 
 		 407 aa  298  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  38.92 
 
 		 398 aa  296  4e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  42.74 
 
 		 399 aa  286  5e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  41.31 
 
 		 419 aa  278  1e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  41.39 
 
 		 408 aa  271  1e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  39.8 
 
 		 404 aa  264  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  41.92 
 
 		 405 aa  263  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  44.35 
 
 		 403 aa  259  4e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.35 
 
 		 403 aa  259  6e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  44.35 
 
 		 403 aa  259  7e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  43.17 
 
 		 403 aa  257  2e-67  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  43.09 
 
 		 405 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  43.09 
 
 		 405 aa  256  3e-67  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  44.06 
 
 		 403 aa  256  4e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  42.38 
 
 		 405 aa  256  7e-67  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  38.28 
 
 		 410 aa  254  3e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  40.76 
 
 		 375 aa  251  2e-65  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  34.22 
 
 		 410 aa  231  1e-59  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  34.67 
 
 		 385 aa  225  8e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  35.12 
 
 		 387 aa  222  7e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  33.07 
 
 		 385 aa  219  7e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  35.75 
 
 		 379 aa  215  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  31.15 
 
 		 393 aa  206  4e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  38.84 
 
 		 289 aa  187  4e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  32.77 
 
 		 422 aa  178  1e-43  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.38 
 
 		 426 aa  176  4e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.31 
 
 		 454 aa  169  9e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  30.61 
 
 		 423 aa  166  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.25 
 
 		 410 aa  163  6e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.11 
 
 		 393 aa  154  2e-36  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 413 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  34.91 
 
 		 388 aa  135  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  27.18 
 
 		 395 aa  132  1.0000000000000001e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  32.82 
 
 		 412 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  35.08 
 
 		 406 aa  129  8.000000000000001e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  23.91 
 
 		 398 aa  111  2.0000000000000002e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  24.07 
 
 		 443 aa  110  4.0000000000000004e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.76 
 
 		 448 aa  110  5e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  25.54 
 
 		 372 aa  109  7.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  30.36 
 
 		 359 aa  98.2  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.74 
 
 		 370 aa  88.2  2e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  24.34 
 
 		 402 aa  85.5  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  25 
 
 		 442 aa  84  0.000000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  23.96 
 
 		 439 aa  83.6  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 416 aa  82.8  0.000000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 392 aa  82.4  0.00000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0235  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.4 
 
 		 356 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01960  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.69 
 
 		 356 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.496395 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  26.7 
 
 		 372 aa  78.6  0.0000000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  22.97 
 
 		 440 aa  78.6  0.0000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.38 
 
 		 380 aa  78.2  0.0000000000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  23.33 
 
 		 455 aa  77.4  0.0000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 449 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.99 
 
 		 358 aa  75.5  0.000000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  22.15 
 
 		 439 aa  73.6  0.000000000005  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  23.79 
 
 		 451 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1988  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 362 aa  73.9  0.000000000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  27.71 
 
 		 371 aa  72.4  0.00000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.62 
 
 		 386 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  22.58 
 
 		 487 aa  71.2  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 397 aa  70.9  0.00000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  23.02 
 
 		 443 aa  70.9  0.00000000004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  24.82 
 
 		 413 aa  70.9  0.00000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  26.8 
 
 		 430 aa  70.5  0.00000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2856  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 		 417 aa  69.7  0.00000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.197237 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2657  cation or acridine efflux membrane fusion protein  26.52 
 
 		 357 aa  69.7  0.00000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  24.38 
 
 		 386 aa  69.7  0.00000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 385 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1638  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.53 
 
 		 373 aa  69.3  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000343262  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  25.26 
 
 		 386 aa  68.6  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.79 
 
 		 389 aa  68.6  0.0000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.24 
 
 		 402 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.12 
 
 		 455 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.09 
 
 		 435 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  23.51 
 
 		 417 aa  67.4  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  31.22 
 
 		 372 aa  67.4  0.0000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  24.51 
 
 		 435 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0520  secretion protein HlyD  25.25 
 
 		 356 aa  67  0.0000000005  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 436 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 396 aa  67  0.0000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  23.17 
 
 		 473 aa  66.6  0.0000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 465 aa  66.6  0.0000000007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2372  secretion protein HlyD  27.3 
 
 		 392 aa  66.2  0.0000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.753301 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 		 435 aa  66.2  0.000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  24.51 
 
 		 413 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  24.51 
 
 		 413 aa  65.5  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0510  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 358 aa  65.9  0.000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0586812  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  24.62 
 
 		 409 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 396 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  23.1 
 
 		 487 aa  66.2  0.000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  21.81 
 
 		 376 aa  65.9  0.000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  24.51 
 
 		 413 aa  65.9  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>