More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_2268 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  100 
 
 		 423 aa  849    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  43.6 
 
 		 426 aa  338  9.999999999999999e-92  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  32.17 
 
 		 395 aa  207  2e-52  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  36.46 
 
 		 422 aa  208  2e-52  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  33.24 
 
 		 396 aa  199  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  31.85 
 
 		 402 aa  197  3e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  32.56 
 
 		 410 aa  193  4e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.79 
 
 		 410 aa  193  6e-48  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  31.83 
 
 		 397 aa  192  8e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 		 410 aa  189  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  38.6 
 
 		 289 aa  188  2e-46  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  32.55 
 
 		 393 aa  187  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  30.62 
 
 		 419 aa  181  2.9999999999999997e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  30.61 
 
 		 395 aa  179  9e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  29.4 
 
 		 407 aa  177  3e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  32.82 
 
 		 410 aa  176  9e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  30.14 
 
 		 397 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  33.08 
 
 		 405 aa  172  9e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  31.2 
 
 		 408 aa  171  3e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  31.04 
 
 		 404 aa  169  7e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  31.03 
 
 		 398 aa  169  9e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  29.8 
 
 		 399 aa  167  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  31.97 
 
 		 405 aa  155  9e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 405 aa  155  1e-36  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  34.29 
 
 		 412 aa  155  2e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 405 aa  155  2e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 403 aa  151  2e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  30.51 
 
 		 403 aa  150  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  30.84 
 
 		 375 aa  150  5e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 387 aa  149  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 403 aa  149  7e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.99 
 
 		 403 aa  149  9e-35  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.5 
 
 		 393 aa  149  9e-35  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  30.99 
 
 		 403 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  31.02 
 
 		 385 aa  145  1e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  30.93 
 
 		 379 aa  141  1.9999999999999998e-32  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  30.72 
 
 		 385 aa  139  8.999999999999999e-32  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 406 aa  138  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  29.19 
 
 		 413 aa  125  1e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.32 
 
 		 448 aa  114  4.0000000000000004e-24  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  26 
 
 		 395 aa  111  2.0000000000000002e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  26.64 
 
 		 388 aa  110  5e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.98 
 
 		 454 aa  100  4e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.28 
 
 		 455 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  29.26 
 
 		 359 aa  99.4  1e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  22.44 
 
 		 443 aa  97.4  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  25.75 
 
 		 440 aa  97.1  5e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0119  CmeA  25.16 
 
 		 373 aa  93.2  7e-18  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  24.11 
 
 		 379 aa  91.7  2e-17  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  25.26 
 
 		 372 aa  90.9  4e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  26.81 
 
 		 367 aa  90.5  5e-17  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  23.58 
 
 		 372 aa  89  1e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 464 aa  89.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  25.9 
 
 		 462 aa  87.4  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0390  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  25.9 
 
 		 367 aa  87  5e-16  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0416  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  25.62 
 
 		 367 aa  86.7  8e-16  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  27.84 
 
 		 386 aa  85.9  0.000000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  24.13 
 
 		 398 aa  85.9  0.000000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 385 aa  84.7  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.51 
 
 		 451 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  26.85 
 
 		 473 aa  84.3  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  27.05 
 
 		 451 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  23.91 
 
 		 392 aa  84  0.000000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  25.28 
 
 		 402 aa  82  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  24.5 
 
 		 366 aa  80.9  0.00000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  24.68 
 
 		 430 aa  80.9  0.00000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  24.85 
 
 		 436 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.15 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 408 aa  80.5  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  28.1 
 
 		 451 aa  80.1  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 383 aa  80.1  0.00000000000008  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000507809  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 457 aa  79.3  0.0000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0565  CmeA  25.66 
 
 		 354 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000015665  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.63 
 
 		 435 aa  79  0.0000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  24.71 
 
 		 360 aa  79  0.0000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  26.29 
 
 		 386 aa  78.6  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.55 
 
 		 373 aa  77.4  0.0000000000005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  25.79 
 
 		 411 aa  77.4  0.0000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  24.51 
 
 		 439 aa  77  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000504  probable Co/Zn/Cd efflux system membrane fusion protein  27.06 
 
 		 375 aa  76.6  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  23.32 
 
 		 426 aa  76.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  25.43 
 
 		 415 aa  76.3  0.000000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  25.43 
 
 		 415 aa  76.3  0.000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  25.43 
 
 		 415 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.14 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  25.14 
 
 		 455 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3309  RND family efflux transporter MFP subunit  23.54 
 
 		 430 aa  75.5  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.717365 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1559  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  23.78 
 
 		 365 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  24.4 
 
 		 400 aa  75.5  0.000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  25.14 
 
 		 415 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  25.14 
 
 		 415 aa  75.1  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  25.43 
 
 		 415 aa  75.5  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  22.79 
 
 		 426 aa  75.1  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3445  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.19 
 
 		 403 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.25741  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.43 
 
 		 415 aa  74.3  0.000000000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.7 
 
 		 391 aa  73.9  0.000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.05 
 
 		 370 aa  73.9  0.000000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  23.32 
 
 		 435 aa  73.6  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  25.43 
 
 		 383 aa  73.6  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2259  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 		 397 aa  73.2  0.000000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.141283  normal  0.411522 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>