More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3598 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 413 aa  841    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  45.71 
 
 		 412 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  42.82 
 
 		 406 aa  293  4e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  38.59 
 
 		 388 aa  241  1e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  32.68 
 
 		 399 aa  156  7e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  32.71 
 
 		 385 aa  147  3e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  30.31 
 
 		 407 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  31.86 
 
 		 385 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 395 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  30.54 
 
 		 402 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  32.35 
 
 		 397 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  32.97 
 
 		 396 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 387 aa  132  2.0000000000000002e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.25 
 
 		 393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  31.44 
 
 		 398 aa  128  2.0000000000000002e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  31.66 
 
 		 395 aa  126  5e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  27.54 
 
 		 426 aa  125  1e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  29.33 
 
 		 410 aa  123  8e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  28.01 
 
 		 410 aa  121  1.9999999999999998e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 397 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  29.19 
 
 		 423 aa  120  6e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  29.98 
 
 		 419 aa  120  6e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  29.78 
 
 		 408 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  35.51 
 
 		 410 aa  118  1.9999999999999998e-25  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  30.56 
 
 		 289 aa  116  7.999999999999999e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  30.54 
 
 		 405 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 405 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 404 aa  114  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  32.03 
 
 		 403 aa  114  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 403 aa  114  4.0000000000000004e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.24 
 
 		 403 aa  113  5e-24  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 410 aa  113  5e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 403 aa  114  5e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  31.56 
 
 		 405 aa  113  5e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  29.61 
 
 		 405 aa  113  6e-24  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  26.32 
 
 		 393 aa  112  9e-24  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 403 aa  112  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  29.23 
 
 		 379 aa  112  2.0000000000000002e-23  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  32 
 
 		 375 aa  110  6e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  31.18 
 
 		 422 aa  106  8e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  30.26 
 
 		 395 aa  104  2e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  26.29 
 
 		 398 aa  97.1  5e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  25.23 
 
 		 440 aa  96.3  8e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  27.53 
 
 		 372 aa  94  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 		 448 aa  89.7  7e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  25.76 
 
 		 359 aa  85.9  0.000000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  26.35 
 
 		 487 aa  84.3  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.68 
 
 		 454 aa  84.3  0.000000000000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  25.07 
 
 		 402 aa  80.9  0.00000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3899  secretion protein HlyD  24.81 
 
 		 485 aa  74.3  0.000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.553223 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  28.21 
 
 		 462 aa  74.3  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  24.44 
 
 		 455 aa  73.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  23.47 
 
 		 379 aa  72.8  0.00000000001  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.93 
 
 		 355 aa  69.3  0.0000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 361 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  26.87 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0944  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 		 356 aa  68.2  0.0000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0623416  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  24.08 
 
 		 439 aa  68.6  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  23.27 
 
 		 443 aa  68.2  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  25.94 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  27.57 
 
 		 349 aa  68.2  0.0000000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2738  putative RND efflux membrane fusion protein  29.69 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.254191  normal  0.757777 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  25.94 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  26.4 
 
 		 376 aa  67  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.65 
 
 		 415 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  25.65 
 
 		 415 aa  67  0.0000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  25.65 
 
 		 455 aa  66.6  0.0000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0736  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 387 aa  66.6  0.0000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  24.01 
 
 		 374 aa  66.2  0.0000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  25.32 
 
 		 340 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2902  secretion protein HlyD  28.73 
 
 		 464 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.56576  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.74 
 
 		 351 aa  65.5  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3080  efflux transporter  25.19 
 
 		 487 aa  65.9  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  25.65 
 
 		 415 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  25.06 
 
 		 406 aa  65.5  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  25.65 
 
 		 415 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  24.94 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1266  secretion protein HlyD  34.78 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.279661  normal  0.224738 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1523  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 457 aa  65.5  0.000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.116484 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.72 
 
 		 455 aa  65.1  0.000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.568711  normal  0.749765 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 		 455 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 364 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  25.37 
 
 		 415 aa  64.3  0.000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.51 
 
 		 381 aa  64.7  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0915  secretion protein, putative  27.55 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  25.28 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2558  secretion protein HlyD  26.91 
 
 		 451 aa  63.5  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0355119  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2750  secretion protein HlyD  29.23 
 
 		 399 aa  63.2  0.000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.129281  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1680  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 360 aa  62.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.560813 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  26.77 
 
 		 365 aa  61.6  0.00000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0170  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.26 
 
 		 450 aa  62  0.00000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.736393 
 
 
-
 
NC_003296  RS02155  putative transport transmembrane protein  28.25 
 
 		 421 aa  61.2  0.00000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.58284 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 435 aa  61.2  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3362  RND family efflux transporter MFP subunit  27.87 
 
 		 358 aa  61.2  0.00000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0618  RND family efflux transporter MFP subunit  25.23 
 
 		 387 aa  61.6  0.00000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.56 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3932  multidrug resistance protein mdtA precursor  28.67 
 
 		 473 aa  61.2  0.00000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.416339 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1276  secretion protein HlyD  23.53 
 
 		 553 aa  60.8  0.00000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>