More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0891 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  85.68 
 
 		 405 aa  661    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 404 aa  816    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  74.14 
 
 		 407 aa  613  9.999999999999999e-175  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  74.81 
 
 		 419 aa  592  1e-168  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  73.95 
 
 		 405 aa  567  1e-160  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  73.95 
 
 		 405 aa  567  1e-160  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  73.95 
 
 		 405 aa  565  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  72.89 
 
 		 403 aa  557  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  67.82 
 
 		 408 aa  558  1e-158  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  68.58 
 
 		 399 aa  547  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  73.38 
 
 		 403 aa  543  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  73.38 
 
 		 403 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  73.38 
 
 		 403 aa  541  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  73.13 
 
 		 403 aa  540  9.999999999999999e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  74.34 
 
 		 375 aa  531  1e-149  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  44.16 
 
 		 397 aa  283  6.000000000000001e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  41.52 
 
 		 410 aa  281  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  39.8 
 
 		 395 aa  281  2e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  40.42 
 
 		 402 aa  276  5e-73  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  43.14 
 
 		 397 aa  275  1.0000000000000001e-72  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  40.92 
 
 		 396 aa  271  2e-71  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  39.85 
 
 		 410 aa  270  2.9999999999999997e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  40.45 
 
 		 395 aa  265  8e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  36.8 
 
 		 398 aa  251  1e-65  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  33.17 
 
 		 410 aa  211  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  31.58 
 
 		 393 aa  206  6e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  33.42 
 
 		 385 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  36.06 
 
 		 385 aa  203  3e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  39.86 
 
 		 289 aa  193  5e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  33.76 
 
 		 422 aa  191  2.9999999999999997e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  33.6 
 
 		 387 aa  190  4e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  31.27 
 
 		 426 aa  183  4.0000000000000006e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  30.89 
 
 		 423 aa  174  2.9999999999999996e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  29.85 
 
 		 379 aa  157  2e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 		 454 aa  143  7e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.73 
 
 		 393 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 		 410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  29.14 
 
 		 395 aa  139  7.999999999999999e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  29.73 
 
 		 388 aa  133  6.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 413 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 412 aa  123  5e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.5 
 
 		 448 aa  121  1.9999999999999998e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  32.46 
 
 		 406 aa  120  3e-26  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  29 
 
 		 392 aa  102  2e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  24.52 
 
 		 372 aa  97.1  5e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  31.96 
 
 		 359 aa  97.1  5e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  26.04 
 
 		 398 aa  95.9  1e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 443 aa  94.7  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.7 
 
 		 451 aa  93.2  8e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 422 aa  90.1  6e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0708  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 381 aa  89  1e-16  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.769717  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.29 
 
 		 426 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 449 aa  87  5e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  26.44 
 
 		 366 aa  85.9  0.000000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.72 
 
 		 435 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.68 
 
 		 426 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  24.16 
 
 		 443 aa  84.7  0.000000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  22.96 
 
 		 440 aa  82.8  0.000000000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01600  Secretion protein HlyD  23.93 
 
 		 390 aa  82.4  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0781997  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  24.34 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.02 
 
 		 381 aa  80.1  0.00000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  25.99 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000007  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  24.82 
 
 		 439 aa  80.1  0.00000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  21.55 
 
 		 402 aa  78.6  0.0000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  23.91 
 
 		 370 aa  77.4  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  22.98 
 
 		 435 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  27.78 
 
 		 392 aa  76.3  0.0000000000009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  27.7 
 
 		 408 aa  76.3  0.0000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.46 
 
 		 380 aa  76.3  0.000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  22.22 
 
 		 442 aa  75.9  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 		 430 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.94 
 
 		 370 aa  75.5  0.000000000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  26.44 
 
 		 435 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 462 aa  74.7  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  25.07 
 
 		 419 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  27.3 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  26.1 
 
 		 411 aa  73.9  0.000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  23.76 
 
 		 439 aa  73.9  0.000000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1559  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  21.99 
 
 		 365 aa  73.9  0.000000000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 		 414 aa  73.6  0.000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 427 aa  72.4  0.00000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  25.99 
 
 		 391 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 450 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.01 
 
 		 383 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  27.51 
 
 		 435 aa  71.6  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.07 
 
 		 377 aa  72  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  32.14 
 
 		 444 aa  71.6  0.00000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 435 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  27.35 
 
 		 436 aa  71.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  32.14 
 
 		 444 aa  71.2  0.00000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  26.57 
 
 		 442 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  32.14 
 
 		 427 aa  71.2  0.00000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 376 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0971  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.34 
 
 		 416 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.39107  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  24.53 
 
 		 413 aa  70.5  0.00000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  26.14 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 365 aa  70.5  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 457 aa  70.5  0.00000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  25.5 
 
 		 454 aa  70.5  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2742  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.21 
 
 		 462 aa  70.1  0.00000000007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.878273  normal  0.333603 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>