231 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2916 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 449 aa  904    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3566  RND family efflux transporter MFP subunit  71 
 
 		 435 aa  620  1e-176  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.338138  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2205  membrane-fusion protein  61.52 
 
 		 455 aa  513  1e-144  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  53.97 
 
 		 443 aa  479  1e-134  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  46.5 
 
 		 442 aa  411  1e-113  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  46.62 
 
 		 439 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  39.64 
 
 		 451 aa  324  3e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  33.49 
 
 		 455 aa  238  1e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  33.64 
 
 		 440 aa  231  3e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  34.48 
 
 		 439 aa  221  1.9999999999999999e-56  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  24.53 
 
 		 393 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.82 
 
 		 410 aa  91.3  3e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0242  secretion protein HlyD  26.12 
 
 		 414 aa  89.7  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000372515  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  24.7 
 
 		 398 aa  84.3  0.000000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 		 413 aa  80.9  0.00000000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  21.62 
 
 		 408 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  24.83 
 
 		 395 aa  77  0.0000000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  22.48 
 
 		 395 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  24.08 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.47 
 
 		 471 aa  74.7  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  22.3 
 
 		 407 aa  73.2  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  21.23 
 
 		 396 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  23.43 
 
 		 397 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 388 aa  71.2  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  22.25 
 
 		 410 aa  71.2  0.00000000003  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  21.23 
 
 		 399 aa  70.5  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  26.42 
 
 		 410 aa  69.3  0.0000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.85 
 
 		 478 aa  68.6  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  21.28 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  23.33 
 
 		 385 aa  65.9  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  22.84 
 
 		 372 aa  65.5  0.000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  22.39 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3552  multidrug efflux system subunit MdtA  20.88 
 
 		 413 aa  63.5  0.000000007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  21.99 
 
 		 402 aa  62.4  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  22.66 
 
 		 369 aa  62.8  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  22.78 
 
 		 385 aa  62.8  0.00000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  21.74 
 
 		 419 aa  62  0.00000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3393  secretion protein HlyD family protein  26.38 
 
 		 350 aa  62  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  21.35 
 
 		 426 aa  61.6  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  22.49 
 
 		 422 aa  61.2  0.00000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  22.41 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  21.56 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3939  RND family efflux transporter MFP subunit  22.84 
 
 		 367 aa  61.2  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.407918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.41 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 		 387 aa  60.1  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  23.43 
 
 		 487 aa  59.3  0.0000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.27 
 
 		 454 aa  58.9  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  22.17 
 
 		 369 aa  59.3  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.54 
 
 		 446 aa  58.9  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2004  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 		 380 aa  58.9  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.23 
 
 		 462 aa  58.5  0.0000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  21.72 
 
 		 422 aa  58.2  0.0000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 		 418 aa  57.8  0.0000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1569  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 404 aa  57.8  0.0000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  21.52 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.94 
 
 		 393 aa  57.4  0.0000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  21.52 
 
 		 415 aa  57.4  0.0000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0616  secretion protein HlyD  25.37 
 
 		 388 aa  57  0.0000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.77466  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.52 
 
 		 415 aa  57  0.0000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  22.02 
 
 		 369 aa  57  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  21.52 
 
 		 415 aa  57  0.0000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  21.52 
 
 		 455 aa  56.6  0.0000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  23.06 
 
 		 413 aa  56.6  0.0000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  21.88 
 
 		 423 aa  56.6  0.0000009  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  22.85 
 
 		 289 aa  56.2  0.000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  23.28 
 
 		 441 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  23.06 
 
 		 413 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  23.06 
 
 		 413 aa  56.6  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0259  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 		 412 aa  56.2  0.000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1124  RND family efflux transporter MFP subunit  22.94 
 
 		 408 aa  56.2  0.000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.360909 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  21.26 
 
 		 415 aa  55.8  0.000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.28 
 
 		 441 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.95 
 
 		 442 aa  55.5  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1651  secretion protein HlyD  20.48 
 
 		 407 aa  55.1  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.986785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  25.96 
 
 		 489 aa  55.5  0.000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  21.26 
 
 		 415 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  22.79 
 
 		 413 aa  55.1  0.000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.13 
 
 		 432 aa  55.1  0.000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  21.36 
 
 		 426 aa  55.1  0.000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  20.91 
 
 		 405 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  22.47 
 
 		 418 aa  54.7  0.000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  21.26 
 
 		 415 aa  55.1  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3353  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.55 
 
 		 396 aa  54.3  0.000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.462389  normal  0.0123154 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  22.79 
 
 		 413 aa  54.3  0.000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5483  HlyD family secretion protein  22.25 
 
 		 396 aa  54.3  0.000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0155996  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  21.89 
 
 		 407 aa  54.3  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4261  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 347 aa  53.9  0.000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  21.23 
 
 		 417 aa  53.1  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  23.62 
 
 		 411 aa  53.1  0.000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  19.64 
 
 		 405 aa  52.8  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  20.91 
 
 		 405 aa  53.1  0.00001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  20.91 
 
 		 405 aa  53.1  0.00001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  23.69 
 
 		 406 aa  53.1  0.00001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1963  putative secretion protein, HlyD family  21.58 
 
 		 390 aa  52.8  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000072673  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  21.36 
 
 		 426 aa  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.29 
 
 		 396 aa  52  0.00002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  20 
 
 		 407 aa  52  0.00002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 		 399 aa  52.4  0.00002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  20.91 
 
 		 403 aa  52  0.00002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>