More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0766 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 407 aa  822    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  73.28 
 
 		 419 aa  590  1e-167  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  74.14 
 
 		 404 aa  587  1e-166  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  75.37 
 
 		 405 aa  580  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  69.21 
 
 		 408 aa  578  1e-164  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  75.06 
 
 		 405 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  75.06 
 
 		 405 aa  572  1.0000000000000001e-162  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  74.26 
 
 		 405 aa  568  1e-161  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  70.28 
 
 		 399 aa  569  1e-161  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  73.88 
 
 		 403 aa  565  1e-160  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  74.38 
 
 		 403 aa  552  1e-156  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  74.38 
 
 		 403 aa  551  1e-156  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  74.38 
 
 		 403 aa  551  1e-155  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  74.13 
 
 		 403 aa  549  1e-155  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  76.6 
 
 		 375 aa  547  1e-154  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  45.04 
 
 		 397 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  42.57 
 
 		 397 aa  301  2e-80  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  42.89 
 
 		 395 aa  298  1e-79  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  42.89 
 
 		 396 aa  295  9e-79  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  41.94 
 
 		 410 aa  294  1e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  42.78 
 
 		 402 aa  293  4e-78  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  38.85 
 
 		 410 aa  285  1.0000000000000001e-75  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.07 
 
 		 395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  39.07 
 
 		 398 aa  259  6e-68  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  32.98 
 
 		 393 aa  216  5e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  34.74 
 
 		 410 aa  213  4.9999999999999996e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  34.87 
 
 		 385 aa  209  7e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  32.91 
 
 		 385 aa  207  3e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  35.01 
 
 		 387 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  36.16 
 
 		 422 aa  197  3e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  40.07 
 
 		 289 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  31.09 
 
 		 426 aa  178  1e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  33.44 
 
 		 379 aa  168  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  29.4 
 
 		 423 aa  166  5e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.09 
 
 		 410 aa  150  3e-35  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  31.31 
 
 		 388 aa  144  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  30.31 
 
 		 413 aa  142  9.999999999999999e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.44 
 
 		 454 aa  141  1.9999999999999998e-32  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 393 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  32.74 
 
 		 406 aa  134  3e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  28.54 
 
 		 412 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  28.47 
 
 		 395 aa  127  3e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.79 
 
 		 448 aa  112  1.0000000000000001e-23  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  24.23 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 392 aa  102  9e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  27.95 
 
 		 398 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  31.89 
 
 		 359 aa  98.6  2e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  25.79 
 
 		 422 aa  92.4  1e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  26.14 
 
 		 440 aa  91.7  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  22.97 
 
 		 443 aa  90.5  5e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  27.2 
 
 		 400 aa  88.2  2e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01600  Secretion protein HlyD  25.25 
 
 		 390 aa  87.8  3e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0781997  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  26.62 
 
 		 411 aa  87  5e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  22.41 
 
 		 402 aa  86.3  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2802  RND family efflux transporter MFP subunit  28.86 
 
 		 430 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.662741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  24.14 
 
 		 439 aa  83.2  0.000000000000007  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  26.79 
 
 		 366 aa  83.2  0.000000000000007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  25.83 
 
 		 415 aa  82.4  0.00000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  25.83 
 
 		 415 aa  81.6  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  25.83 
 
 		 415 aa  81.6  0.00000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.24 
 
 		 426 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  26.23 
 
 		 415 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  22.48 
 
 		 443 aa  81.3  0.00000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  26.23 
 
 		 415 aa  81.3  0.00000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  25.61 
 
 		 426 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  25.56 
 
 		 455 aa  80.5  0.00000000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  27.93 
 
 		 414 aa  80.9  0.00000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  26.57 
 
 		 460 aa  80.1  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.17 
 
 		 455 aa  79.7  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2521  secretion protein HlyD  25.63 
 
 		 435 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.770973  normal  0.223141 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2186  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 435 aa  79.7  0.00000000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  25.56 
 
 		 415 aa  79.7  0.00000000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3585  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 435 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1559  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  23.04 
 
 		 365 aa  78.2  0.0000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1590  RND efflux system, membrane fusion protein CmeA  25.52 
 
 		 367 aa  78.6  0.0000000000002  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2329  RND family efflux transporter MFP subunit  28.87 
 
 		 436 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.4455  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  27.55 
 
 		 427 aa  78.6  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 		 381 aa  78.2  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  25.68 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 435 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  21.92 
 
 		 442 aa  77.4  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2104  RND family efflux transporter MFP subunit  25.76 
 
 		 450 aa  77.4  0.0000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1206  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 419 aa  77.4  0.0000000000004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0570202  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3395  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.33 
 
 		 389 aa  77  0.0000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  26.23 
 
 		 454 aa  77.4  0.0000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  24.94 
 
 		 462 aa  77  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.62 
 
 		 451 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 457 aa  77  0.0000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 444 aa  76.6  0.0000000000007  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1364  membrane fusion protein MdtA  26.11 
 
 		 442 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.284522  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  25.99 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.93 
 
 		 380 aa  76.3  0.0000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.36 
 
 		 414 aa  76.3  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  25.28 
 
 		 487 aa  76.3  0.0000000000009  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 427 aa  75.9  0.000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  25 
 
 		 444 aa  76.3  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  23.87 
 
 		 370 aa  75.5  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  30.1 
 
 		 377 aa  75.5  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  28.11 
 
 		 457 aa  75.9  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>