More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_2743 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  100 
 
 		 408 aa  820    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  69.21 
 
 		 407 aa  578  1e-164  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  69.25 
 
 		 419 aa  556  1e-157  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  68.62 
 
 		 399 aa  556  1e-157  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  71.85 
 
 		 405 aa  550  1e-155  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  71.36 
 
 		 405 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  71.36 
 
 		 405 aa  546  1e-154  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  70.97 
 
 		 403 aa  541  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  69.8 
 
 		 405 aa  534  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  67.82 
 
 		 404 aa  533  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  70.9 
 
 		 403 aa  527  1e-148  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.65 
 
 		 403 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  70.9 
 
 		 403 aa  525  1e-148  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  70.9 
 
 		 403 aa  526  1e-148  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  72.3 
 
 		 375 aa  523  1e-147  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  46.36 
 
 		 397 aa  296  5e-79  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  43.02 
 
 		 402 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  41.83 
 
 		 395 aa  276  4e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  42.86 
 
 		 396 aa  272  7e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  41.39 
 
 		 395 aa  271  1e-71  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  41.11 
 
 		 397 aa  270  2e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  41.73 
 
 		 410 aa  267  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  40.27 
 
 		 410 aa  263  4e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  37.56 
 
 		 398 aa  244  3e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  35.54 
 
 		 385 aa  205  1e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  33.95 
 
 		 410 aa  203  4e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  35.26 
 
 		 385 aa  202  8e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  40.21 
 
 		 289 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  30.63 
 
 		 393 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  32.8 
 
 		 387 aa  183  5.0000000000000004e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  36.02 
 
 		 422 aa  180  4e-44  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 		 426 aa  171  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  31.2 
 
 		 423 aa  160  5e-38  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  32.92 
 
 		 379 aa  159  9e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29 
 
 		 393 aa  137  4e-31  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  30.52 
 
 		 395 aa  132  7.999999999999999e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.16 
 
 		 410 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  31.77 
 
 		 406 aa  126  7e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  31.03 
 
 		 412 aa  125  1e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.44 
 
 		 454 aa  123  5e-27  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  29.2 
 
 		 388 aa  121  3e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.35 
 
 		 448 aa  118  9.999999999999999e-26  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  29.78 
 
 		 413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  30.89 
 
 		 392 aa  102  1e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  24.04 
 
 		 443 aa  99  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  24.09 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  30.85 
 
 		 359 aa  90.5  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31870  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  26.73 
 
 		 426 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.58 
 
 		 370 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.64 
 
 		 440 aa  85.1  0.000000000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2708  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.41 
 
 		 426 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0286088  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1562  RND family efflux transporter MFP subunit  24.63 
 
 		 451 aa  82.8  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  25.42 
 
 		 398 aa  80.5  0.00000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1392  RND efflux system membrane fusion protein  26.4 
 
 		 419 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0449025  normal  0.0986293 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0533  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.97 
 
 		 381 aa  79.7  0.00000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 435 aa  79.7  0.00000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  24.21 
 
 		 439 aa  77.8  0.0000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 		 355 aa  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  21.62 
 
 		 449 aa  78.2  0.0000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5556  HlyD family secretion protein  23.44 
 
 		 460 aa  77.8  0.0000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.357056  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  33.16 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1073  RND family efflux transporter MFP subunit  33.16 
 
 		 412 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000967621  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01600  Secretion protein HlyD  24.01 
 
 		 390 aa  77  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.0781997  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  33.16 
 
 		 412 aa  77  0.0000000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5035  HlyD family secretion protein  28.19 
 
 		 396 aa  76.6  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.611497 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.13 
 
 		 367 aa  76.3  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 		 390 aa  75.1  0.000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0565  CmeA  23.88 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.000015665  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  29.12 
 
 		 441 aa  75.5  0.000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0535  secretion protein HlyD  24.6 
 
 		 366 aa  73.9  0.000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  23.13 
 
 		 402 aa  74.3  0.000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  21.24 
 
 		 442 aa  73.6  0.000000000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1172  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 454 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.118061 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 361 aa  73.6  0.000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  22.02 
 
 		 443 aa  72.8  0.000000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.62 
 
 		 455 aa  72.8  0.00000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  24.5 
 
 		 422 aa  72.4  0.00000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1187  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.65 
 
 		 412 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.917574  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  31.58 
 
 		 377 aa  72  0.00000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3493  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 381 aa  71.6  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6340  secretion protein HlyD  27.11 
 
 		 369 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.900675  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1660  RND family efflux transporter MFP subunit  27.47 
 
 		 369 aa  72  0.00000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1198  RND family efflux transporter MFP subunit  27.75 
 
 		 457 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495254  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1739  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 369 aa  72  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357806  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  28.45 
 
 		 407 aa  72  0.00000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3475  secretion protein HlyD-like protein  24.73 
 
 		 373 aa  71.2  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.555415 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4306  HlyD family secretion protein  26.92 
 
 		 456 aa  71.2  0.00000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0237047  normal  0.270235 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3182  RND family efflux transporter MFP subunit  32.65 
 
 		 412 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2842  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.87 
 
 		 455 aa  71.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.416467  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3181  RND family efflux transporter MFP subunit  32.65 
 
 		 412 aa  71.6  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3493  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexE  32.29 
 
 		 476 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2569  secretion protein HlyD  26.7 
 
 		 462 aa  70.9  0.00000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103631 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.94 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 		 361 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.204612 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  29.89 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0742  secretion protein HlyD  32.67 
 
 		 400 aa  70.5  0.00000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.460648 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  26.21 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3325  RND family efflux transporter MFP subunit  32.14 
 
 		 412 aa  70.1  0.00000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  30.46 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0719  secretion protein HlyD  27.76 
 
 		 457 aa  70.1  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>