More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7282 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011981  Avi_7282  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 377 aa  760    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.548499  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5660  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.48 
 
 		 371 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.852771  normal  0.84907 
 
 
-
 
NC_003296  RS03087  putative cation-efflux system signal peptide protein  48.22 
 
 		 375 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.297372 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2968  RND family efflux transporter MFP subunit  48.78 
 
 		 413 aa  275  1.0000000000000001e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0222457 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.72 
 
 		 357 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7484  HlyD family secretion protein  44.54 
 
 		 351 aa  258  9e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.832684  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4105  secretion protein HlyD  46.86 
 
 		 383 aa  252  7e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0739298  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4833  RND family efflux transporter MFP subunit  40.66 
 
 		 392 aa  230  3e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2136  putative transporter lipoprotein transmembrane  41.49 
 
 		 391 aa  230  3e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.123404  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2621  secretion protein HlyD  39.95 
 
 		 367 aa  229  7e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15044  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2411  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.1 
 
 		 410 aa  220  3.9999999999999997e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.733291  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3965  RND family efflux transporter MFP subunit  43.43 
 
 		 362 aa  220  3.9999999999999997e-56  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000185194 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0458  secretion protein HlyD  41.59 
 
 		 378 aa  219  7.999999999999999e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.217472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3372  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.72 
 
 		 390 aa  216  4e-55  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0461986  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3901  RND family efflux transporter MFP subunit  41.25 
 
 		 396 aa  215  9.999999999999999e-55  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.843954  normal  0.11743 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4022  RND family efflux transporter MFP subunit  41.42 
 
 		 390 aa  214  1.9999999999999998e-54  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.780048  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4663  RND family efflux transporter MFP subunit  41.4 
 
 		 394 aa  205  1e-51  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4544  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.11 
 
 		 379 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.80936 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3472  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.11 
 
 		 379 aa  200  3e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.000321827  normal  0.111591 
 
 
-
 
NC_003296  RS01779  transporter lipoprotein transmembrane  40.18 
 
 		 1405 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  29.41 
 
 		 440 aa  140  3.9999999999999997e-32  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2353  RND family efflux transporter MFP subunit  29.94 
 
 		 442 aa  137  3.0000000000000003e-31  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1281  RND family efflux transporter MFP subunit  28.22 
 
 		 386 aa  126  7e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0104305 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2084  RND efflux membrane fusion protein  31.75 
 
 		 427 aa  120  3.9999999999999996e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0429  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.36 
 
 		 413 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  30.36 
 
 		 413 aa  114  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3024  secretion protein HlyD  30.32 
 
 		 363 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.756641  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4108  putative secretion protein (HlyD)  30.29 
 
 		 391 aa  108  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.331978  normal  0.146318 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0465  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.76 
 
 		 413 aa  107  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.254107  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.2 
 
 		 367 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  28.04 
 
 		 367 aa  99.8  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2377  RND family efflux transporter MFP subunit  29.97 
 
 		 609 aa  99.8  7e-20  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.40782  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5087  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.55 
 
 		 357 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.156095  normal  0.0832308 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1373  RND family efflux transporter MFP subunit  30.45 
 
 		 409 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000149577 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  26.76 
 
 		 378 aa  94.7  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3888  Fis family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 389 aa  95.1  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0700006  normal  0.958295 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  28.32 
 
 		 385 aa  93.6  5e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  23.9 
 
 		 354 aa  91.7  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1311  HlyD family secretion protein  27.7 
 
 		 357 aa  91.3  3e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  24.06 
 
 		 358 aa  90.9  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 354 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  24.21 
 
 		 354 aa  90.5  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 359 aa  90.5  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.21 
 
 		 354 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.21 
 
 		 354 aa  90.1  5e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.73 
 
 		 408 aa  90.5  5e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  26.64 
 
 		 361 aa  90.5  5e-17  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1255  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 391 aa  89.7  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.518513 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  24.27 
 
 		 354 aa  89  1e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4858  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.08 
 
 		 388 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.368814  normal  0.345614 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  31.04 
 
 		 381 aa  89.4  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 358 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  27.19 
 
 		 368 aa  88.6  2e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4033  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.02 
 
 		 396 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.53 
 
 		 380 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5104  RND family efflux transporter MFP subunit  27.43 
 
 		 427 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 352 aa  88.6  2e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  25.47 
 
 		 372 aa  87.4  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 		 365 aa  87.8  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1666  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 		 396 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0854593  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  29.87 
 
 		 417 aa  87.4  3e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1325  RND family efflux transporter MFP subunit  26.28 
 
 		 370 aa  87.4  4e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.784041  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0471  secretion protein HlyD  28.48 
 
 		 404 aa  87  4e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.94 
 
 		 380 aa  87  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  25.47 
 
 		 368 aa  87  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  24.86 
 
 		 395 aa  87  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  27.1 
 
 		 364 aa  87  5e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 365 aa  86.7  6e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 384 aa  86.7  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 365 aa  86.7  6e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.62 
 
 		 397 aa  86.7  6e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.92 
 
 		 397 aa  86.3  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3797  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 376 aa  86.3  8e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2690  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.24 
 
 		 360 aa  85.9  9e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 349 aa  86.3  9e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  25.16 
 
 		 372 aa  85.5  0.000000000000001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  28.39 
 
 		 365 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1309  efflux protein  27.53 
 
 		 364 aa  85.5  0.000000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 342 aa  85.9  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1925  HlyD family secretion protein  24.21 
 
 		 354 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.94 
 
 		 367 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4341  RND family efflux transporter MFP subunit  27.95 
 
 		 394 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0450  RND family efflux transporter MFP subunit  26.26 
 
 		 407 aa  84.7  0.000000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.825026 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4710  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.95 
 
 		 383 aa  85.1  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 417 aa  84.3  0.000000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.93 
 
 		 377 aa  84.3  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 381 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01940  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.52 
 
 		 383 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.34804 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  27.62 
 
 		 367 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  26.06 
 
 		 368 aa  84  0.000000000000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 348 aa  84  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  25.6 
 
 		 366 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3608  secretion protein HlyD  28.79 
 
 		 400 aa  83.6  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.221607  normal  0.363906 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0234  RND efflux membrane fusion protein precursor  27.63 
 
 		 367 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2041  RND family mulitdrug efflux protein  29.66 
 
 		 374 aa  83.6  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.527576 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.5 
 
 		 355 aa  83.2  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>