More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_2468 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2167  RND family efflux transporter MFP subunit  82.37 
 
 		 396 aa  674    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2468  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 397 aa  795    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17063  normal  0.298309 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2178  RND family efflux transporter MFP subunit  73.8 
 
 		 397 aa  608  1e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.569446  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1711  secretion protein HlyD  66.17 
 
 		 402 aa  551  1e-155  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000765458  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2010  RND family efflux transporter MFP subunit  67.76 
 
 		 395 aa  548  1e-155  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.397997  normal  0.117138 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  66.16 
 
 		 395 aa  544  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000699486  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4484  RND family efflux transporter MFP subunit  55.58 
 
 		 410 aa  452  1.0000000000000001e-126  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.878232  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0766  RND family efflux transporter MFP subunit  45.04 
 
 		 407 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0817385 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0659  RND family efflux transporter MFP subunit  42.53 
 
 		 399 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3096  membrane-fusion protein  41.03 
 
 		 398 aa  297  3e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.651787  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2743  hypothetical protein  46.36 
 
 		 408 aa  296  4e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0801  RND family efflux transporter MFP subunit  42.93 
 
 		 419 aa  287  2e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00999  Membrane-fusion protein  41.22 
 
 		 410 aa  268  2e-70  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.341025  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0891  RND family efflux transporter MFP subunit  44.16 
 
 		 404 aa  265  1e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0889  RND family efflux transporter MFP subunit  46.23 
 
 		 405 aa  263  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.436675 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0789  RND family efflux transporter MFP subunit  44.99 
 
 		 405 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3234  RND family efflux transporter MFP subunit  42.9 
 
 		 405 aa  261  2e-68  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.704192  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3337  RND family efflux transporter MFP subunit  42.62 
 
 		 405 aa  260  4e-68  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0946  hypothetical protein  44.71 
 
 		 375 aa  256  5e-67  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3528  RND family efflux transporter MFP subunit  46.04 
 
 		 403 aa  256  7e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0886  RND family efflux transporter MFP subunit  46.34 
 
 		 403 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3453  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.04 
 
 		 403 aa  255  1.0000000000000001e-66  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0839  RND family efflux transporter MFP subunit  46.04 
 
 		 403 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3647  RND family efflux transporter MFP subunit  46.04 
 
 		 403 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0404  RND family efflux transporter MFP subunit  33.96 
 
 		 387 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0540732  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06546  hypothetical protein  35.96 
 
 		 385 aa  220  3.9999999999999997e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1841  secretion protein HlyD  32.92 
 
 		 410 aa  219  5e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02659  putative multidrug resistance protein  35.42 
 
 		 379 aa  215  8e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.196626  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000669  membrane-fusion protein  33.15 
 
 		 385 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0476  RND family efflux transporter MFP subunit  35.71 
 
 		 422 aa  198  1.0000000000000001e-49  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.189255  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4647  RND family efflux transporter MFP subunit  30.79 
 
 		 426 aa  189  7e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0668  Acr family membrane-fusion protein  31.66 
 
 		 393 aa  186  5e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0329  HlyD family secretion protein  37.32 
 
 		 289 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0875281  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2268  membrane-fusion protein  31.83 
 
 		 423 aa  181  2e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.250456  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2379  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 		 410 aa  159  8e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2361  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.89 
 
 		 393 aa  159  1e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.506027  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6347  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.68 
 
 		 454 aa  144  3e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  29.85 
 
 		 406 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1976  RND family efflux transporter MFP subunit  32.47 
 
 		 412 aa  134  3.9999999999999996e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.912402  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3598  RND family efflux transporter MFP subunit  32.35 
 
 		 413 aa  134  3.9999999999999996e-30  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1448  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 		 388 aa  131  2.0000000000000002e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00133129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3933  ATP synthase F1, beta subunit  26.74 
 
 		 395 aa  116  6.9999999999999995e-25  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1849  putative RND efflux system protein, MFP subunit  23.06 
 
 		 372 aa  105  2e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4863  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.27 
 
 		 448 aa  102  1e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.298467 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2385  RND family efflux transporter MFP subunit  25.2 
 
 		 443 aa  100  4e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.471992  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1894  RND family efflux transporter MFP subunit  20.05 
 
 		 398 aa  99  1e-19  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.229485 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3902  RND family efflux transporter MFP subunit  26.05 
 
 		 392 aa  96.7  6e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.538028 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2448  membrane-fusion protein-like  30.68 
 
 		 359 aa  89.7  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.674132  normal  0.332439 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3095  RND family efflux transporter MFP subunit  23.01 
 
 		 440 aa  87.8  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1939  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.24 
 
 		 370 aa  87.4  4e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.128072 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3187  RND family efflux transporter MFP subunit  25.73 
 
 		 439 aa  83.6  0.000000000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.230309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  28.1 
 
 		 372 aa  82.4  0.00000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2584  CzcB subfamily membrane fusion protein  25.62 
 
 		 409 aa  80.1  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0379  hypothetical protein  22.87 
 
 		 439 aa  79  0.0000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06540  hypothetical protein  25 
 
 		 442 aa  77.4  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0177  hypothetical protein  21.84 
 
 		 406 aa  75.5  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0123  RND family efflux transporter MFP subunit  22.65 
 
 		 417 aa  75.5  0.000000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.713324 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1757  RND family efflux transporter MFP subunit  22.43 
 
 		 443 aa  75.1  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0654458  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.71 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 381 aa  74.7  0.000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03415  hypothetical protein  27.31 
 
 		 371 aa  73.9  0.000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 381 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.61 
 
 		 381 aa  74.3  0.000000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  25.67 
 
 		 424 aa  73.2  0.000000000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.5 
 
 		 397 aa  73.2  0.000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0906  RND family efflux transporter MFP subunit  26.57 
 
 		 391 aa  72.4  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  28.51 
 
 		 465 aa  72.4  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  26.15 
 
 		 385 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3037  efflux transporter  24.84 
 
 		 402 aa  72  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.732235  normal  0.830026 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  22.14 
 
 		 451 aa  71.2  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  24.24 
 
 		 413 aa  70.9  0.00000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  24.17 
 
 		 410 aa  70.9  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3065  secretion protein HlyD  23.35 
 
 		 487 aa  70.5  0.00000000005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.757879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  24.22 
 
 		 413 aa  70.1  0.00000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  25.52 
 
 		 410 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002593  membrane-fusion protein  29.34 
 
 		 372 aa  69.7  0.00000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00429247  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 		 438 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.444201  normal  0.22934 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.4 
 
 		 383 aa  68.6  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.63 
 
 		 438 aa  68.2  0.0000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.544766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1215  multidrug efflux system subunit MdtA  25.57 
 
 		 444 aa  68.6  0.0000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3855  RND family efflux transporter MFP subunit  26.58 
 
 		 438 aa  68.6  0.0000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.336679  normal  0.260987 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3103  multidrug efflux system subunit MdtA  25.57 
 
 		 427 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4636  secretion protein HlyD  28.04 
 
 		 403 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.38 
 
 		 380 aa  68.6  0.0000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  27.43 
 
 		 386 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1332  multidrug efflux system subunit MdtA  25.57 
 
 		 444 aa  67.8  0.0000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.713792  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  25.99 
 
 		 374 aa  67.4  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1058  RND family efflux transporter MFP subunit  21.56 
 
 		 455 aa  67.8  0.0000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  24.55 
 
 		 406 aa  67  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2877  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 435 aa  67  0.0000000005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.53 
 
 		 400 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2916  RND family efflux transporter MFP subunit  21.28 
 
 		 449 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.266604  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.54 
 
 		 402 aa  66.6  0.0000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1988  RND family efflux transporter MFP subunit  25.51 
 
 		 362 aa  66.6  0.0000000007  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 365 aa  66.6  0.0000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  24.93 
 
 		 386 aa  66.6  0.0000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  24.77 
 
 		 404 aa  66.6  0.0000000008  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1077  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1145  RND family efflux transporter MFP subunit  30.96 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00324803  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>