More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3800 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3800  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 404 aa  819    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.582867  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1886  efflux transporter, RND family, MFP subunit  53.61 
 
 		 379 aa  392  1e-108  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0158662  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  47.62 
 
 		 397 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  51.08 
 
 		 392 aa  365  1e-100  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1836  multidrug efflux transport protein EefA  53.56 
 
 		 373 aa  367  1e-100  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000609578 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3586  RND family efflux transporter MFP subunit  51.92 
 
 		 386 aa  364  1e-99  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2479  RND family efflux transporter MFP subunit  53.31 
 
 		 384 aa  363  2e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4006  RND family efflux transporter MFP subunit  51.65 
 
 		 386 aa  364  2e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  52.43 
 
 		 400 aa  359  4e-98  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3719  RND family efflux transporter MFP subunit  55.38 
 
 		 353 aa  359  6e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1927  multidrug efflux transport protein EefA  53.56 
 
 		 373 aa  358  9.999999999999999e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000645896 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3499  RND family efflux transporter MFP subunit  51.61 
 
 		 395 aa  345  7e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0344164  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4061  RND family efflux transporter MFP subunit  49.05 
 
 		 383 aa  342  8e-93  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000265031  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1870  secretion protein HlyD  47.1 
 
 		 428 aa  340  2e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  47.11 
 
 		 405 aa  339  4e-92  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  47.17 
 
 		 394 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  48.38 
 
 		 394 aa  336  3.9999999999999995e-91  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.66 
 
 		 399 aa  336  5e-91  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  47.71 
 
 		 386 aa  335  7.999999999999999e-91  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.09 
 
 		 433 aa  332  6e-90  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01888  drug efflux lipoprotein  50.45 
 
 		 409 aa  332  9e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.524066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.9 
 
 		 422 aa  330  4e-89  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  46.76 
 
 		 395 aa  327  3e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2512  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.51 
 
 		 383 aa  324  2e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  46.56 
 
 		 418 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  46.56 
 
 		 418 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.62 
 
 		 395 aa  322  6e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  46.01 
 
 		 418 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  48.65 
 
 		 386 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000318769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  44.62 
 
 		 381 aa  320  3.9999999999999996e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.62 
 
 		 381 aa  319  6e-86  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  44.62 
 
 		 381 aa  319  6e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  46.63 
 
 		 379 aa  318  7.999999999999999e-86  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3553  multidrug resistance protein AcrA/AcrE family  47.34 
 
 		 378 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  46.35 
 
 		 382 aa  313  4.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  46.39 
 
 		 425 aa  311  1e-83  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0152  RND family efflux transporter MFP subunit  46.07 
 
 		 385 aa  311  1e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3863  RND family efflux transporter MFP subunit  47.53 
 
 		 382 aa  311  1e-83  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.77 
 
 		 415 aa  311  1e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  45.36 
 
 		 400 aa  311  2e-83  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  45.05 
 
 		 423 aa  310  2.9999999999999997e-83  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01880  Secretion protein HlyD  47.32 
 
 		 383 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  46.34 
 
 		 409 aa  310  2.9999999999999997e-83  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2238  secretion protein HlyD  46.03 
 
 		 431 aa  310  2.9999999999999997e-83  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2894  RND family efflux transporter MFP subunit  44.3 
 
 		 397 aa  310  4e-83  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.781676  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  46.34 
 
 		 409 aa  309  5e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  45.75 
 
 		 381 aa  309  5e-83  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  46.3 
 
 		 395 aa  309  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  46.3 
 
 		 395 aa  309  6.999999999999999e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  46.07 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.07 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  46.07 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  46.07 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  46.3 
 
 		 388 aa  308  1.0000000000000001e-82  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  46.07 
 
 		 409 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  46.07 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  46.07 
 
 		 397 aa  308  1.0000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  45.21 
 
 		 397 aa  307  2.0000000000000002e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  46.32 
 
 		 442 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  46.05 
 
 		 383 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  43.37 
 
 		 385 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.35 
 
 		 393 aa  306  5.0000000000000004e-82  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.143252  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0090  RND family efflux transporter MFP subunit  45.87 
 
 		 381 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  43.37 
 
 		 385 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  43.37 
 
 		 385 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  43.37 
 
 		 385 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  43.37 
 
 		 385 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  43.37 
 
 		 385 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  43.37 
 
 		 385 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  43.37 
 
 		 385 aa  305  8.000000000000001e-82  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.12 
 
 		 405 aa  305  1.0000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.34834  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0131  RND family efflux transporter MFP subunit  47.03 
 
 		 383 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000302028  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  46.17 
 
 		 431 aa  304  2.0000000000000002e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4046  RND family efflux transporter MFP subunit  45.01 
 
 		 382 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  43.09 
 
 		 385 aa  303  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.33 
 
 		 398 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  44.74 
 
 		 382 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  46.94 
 
 		 424 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  46.94 
 
 		 424 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  46.94 
 
 		 424 aa  302  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.74 
 
 		 397 aa  302  9e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3699  RND family efflux transporter MFP subunit  47.04 
 
 		 390 aa  301  1e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  46.56 
 
 		 412 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  45.83 
 
 		 386 aa  300  2e-80  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3837  RND family efflux transporter MFP subunit  44.47 
 
 		 382 aa  301  2e-80  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  45.88 
 
 		 420 aa  300  4e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3582  acriflavine resistance protein E  47.14 
 
 		 385 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.372723  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3689  acriflavine resistance protein E  47.14 
 
 		 385 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.10776 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2112  RND family efflux transporter MFP subunit  44.11 
 
 		 450 aa  299  6e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3655  acriflavine resistance protein E  47.14 
 
 		 385 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.369196 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3560  acriflavine resistance protein E  44.17 
 
 		 385 aa  299  7e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0550362  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0441  efflux transporter, RND family, MFP subunit  44.17 
 
 		 385 aa  297  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2866  secretion protein HlyD  43.24 
 
 		 400 aa  297  2e-79  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.21396  normal  0.0804187 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0441  RND family efflux transporter MFP subunit  44.17 
 
 		 385 aa  297  2e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.693626 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3750  acriflavine resistance protein E  44.17 
 
 		 385 aa  297  2e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00329123  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3458  acriflavine resistance protein E  44.17 
 
 		 385 aa  297  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000310651  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3704  RND family efflux transporter MFP subunit  42.62 
 
 		 379 aa  298  2e-79  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.596756 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  45.45 
 
 		 387 aa  297  2e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  46.28 
 
 		 412 aa  296  3e-79  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  44.32 
 
 		 406 aa  296  4e-79  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>